元朝灭宋之后，对待宋室的手段的确要温和很多。1275年，蒙古军队连克南宋城池，抵达临安，宋朝太皇太后谢道清带领小皇帝宋恭帝出城投降，南宋正式灭亡。元世祖忽必烈对宋朝的宗室以及降臣，都给予了优厚的待遇。宋恭帝被封为瀛国公，后被送往西藏出家，成为一代藏创佛教大师；而太皇太后谢道清则被元朝封为寿春郡夫人，谢道清一开始以为身体抱恙而无法前往大都，元朝破例准许其在临安养病。可见，元朝对宋朝的皇室是相当不错的。
至于金国皇室，究竟是否被蒙古军队杀光，这已经无从考证。以为金国最后的两任皇帝金哀宗完颜守绪和金末帝完颜承麟（仅在位半天）在蒙宋联军攻入蔡州后，相继自杀殉国。从这个角度来看，金国皇帝倒是比宋朝的皇帝更有气节，所谓“君王死社稷”来形容金国皇帝，倒是比较合适的。至于蒙古下令杀尽完颜氏这个说法，多半也是不太真实的。但不可否认的是，蒙古在灭金之后，金国人口锐减（多因蒙古军队的屠戮所致），但在灭宋之后，江南的人口减少量与北方相比，可以说是比较少了。
蒙古对金宋两国态度不同，主要是基于两个原因。
金国和蒙古是世仇，这一点人尽皆知。金国在统一北方后，为了防止漠北的游牧民族扰乱威胁自己的统治，于是对蒙古实行减丁政策，即每年派兵深入漠北，见到蒙古男性牧民便杀，如男性未及车轮高，则斩去其手指，使之不能射箭握刀。同时，金国积极利用蒙古和塔塔尔的矛盾，成功捕获了蒙古的大汗俺巴孩汗（金熙宗时期），并将俺巴孩汗置于木驴上活活钉死。可以说，蒙古和金国，有弑祖灭族之恨。据说，俺巴孩汗去世前便诅咒金国，被蒙古子孙灭尽。自然，当蒙古灭金之后，新仇旧账一起算，没有丝毫手软。
至于南宋，蒙古和宋实际上并没有宿怨，灭宋只不过是其统一天下的一个必经途径。因此，蒙古没有必要对南宋赶尽杀绝。另外，临安的宋朝政府投降之后，各地尚有不少的汉人组织起来，抵抗元朝，其中势力最大的便是陆秀夫张世杰和文天祥等人。元朝政府为了收买人心，瓦解和分化抵抗势力，有必要优待宋室，以给抵抗者一种开明友好的信号以维持统治。
除了历史上的恩怨之外，宋金命运不同的原因很大程度上取决于蒙古统治者。蒙古灭金时期的统治者是大汗窝阔台。窝阔台时期的蒙古，尚未完全习得攻心统治之术，对于屠城等手段并不抵制。因此，对于当时的蒙古而言，屠城对于战胜者而言是比较正常的一件事，在这种理念的指导下，金国自然是免不了被蹂躏一番。而蒙古灭宋时期的统治者则是元世祖忽必烈。忽必烈此人胸怀宽广，颇有一番“亚欧领主”的气派，他对于中原的儒家文明较为推崇，深得统治驭之术的精髓，因此，忽必烈对于屠城一事向来是不太赞同的。因为忽必烈的个人气度与见识，使得南宋免遭屠戮之苦。
