在元末明初，朱元璋率领起义军，最后将元朝的未代皇帝元顺帝赶到草原上去，恢复了大汉故土。在这个时期，因为这样那样的原因，所以有数百万蒙古人留在了中国国内，那么这些人最终的下场会是怎样的呢。
由于当年蒙古人打下中原之后，对汉人采取奴役政策。在蒙古人的政策里把人分为好几等，汉人是其中最低的一种，很多时候，汉人的命甚至不及一头牲口的命。总之在元朝的时候，汉人的命运是相当的悲惨的。所以最后汉人在朱元璋的统率下，最终灭掉了元朝，将蒙古人赶回了草原。从这一点上讲，朱元璋可谓是居功至伟。
由于当年蒙古人对汉人可谓是相当的狠，所以对于在境内留存的数百万蒙古人，很多人甚至主张以牙还牙，像当年蒙古人对汉人一样杀掉。但事实上朱元璋并不像历史传记里面所说的那样狠，他并没有采取众多人所主张的那种办法，而是采取了较为仁慈的一种办法，就是想方设法将这些蒙古人同化。
首先，在徐达率军将元顺帝赶出中原的时候，朱元璋颁布圣旨只追究元朝皇族的罪行，而会追究老百姓的责任，因为老百姓是无辜的，所以命令徐达将所俘虏的蒙古人都释放。同时还鼓励蒙古人参加明朝的军队，后来在明朝的边军中，有不少的蒙古人帮助明朝军队镇守边疆。
对于这些留在中国的蒙古人，朱元璋也采取了很多方法进行同化，其中主要的几点就是蒙古人学习汉语，不许学习蒙古文。蒙古的女子只能嫁给汉人，而蒙古男子不能娶蒙古女子，只能娶其他民族的女子。这样几代下来，大部分蒙古人自然就会被汉人所同化，这可谓是解决境内众多蒙古人的一个非常好的办法。
总之在历史上朱元璋并没有传说中的那么差，在对待境内众多蒙古人的时候，朱元璋都是采用比较仁慈的办法，将众多蒙古人同化，而没有采用杀戮的方法。
