明朝创立京察制度，是为有效加强对中央官员的管理与监督，为实现京察汰不职、警有位的初衷，京察的每一环节都有严格的制度规定，然而由于各种因素的相互作用，京察时官员并不能严格遵守制度规定。
至万历时期，京察逐渐演变成不同政治利益集团，打击异己的工具，不仅对万历朝政局造成冲击，甚至对明末官场政治生态都有重大的消极影响。
明代前中期京察尚能起到规范京官行为、澄清官场风气的作用，但“立法虽善，而奉法者容或有不尽焉”，至万历时期，政争纷起，京察如同虚设，依权附势的官员即使赃秽狼籍仍可逃避察典。
万历二十一年（1593年）京察，主察官员秉公执法，贪邪必汰，试图恢复京察权威，但最终主察官员相继去职，表明京察已无法正常运行。
此后万历三十三年（1605年）、万历三十九年（1611年）、万历四十五年（1617年）三次京察，更是沦为各党派角逐的战场。
京察被别有用心的操作，其职能大大消退。如四品及以上官员自陈功过流于形式；五品及以下官员的访单和考语内容不实；制定的考察标准“八目”具有很强的随意性；京察前的准备环节和京察后的拾遗环节，不同政治利益集团相互攻击。
对四品及以上官员，令其上疏自陈功过的考察形式，皇帝信任大臣会根据实际情况实事求是上疏自陈，但在实施过程中并非如此。
可以理解的是，阁臣、大小九卿及都察院，派遣到地方的巡抚等官，已身居四品以上的高位，极少会主动表白自己的过错请求罢免。
大臣自陈疏中往往避重就轻，如毛伯温自陈疏言，他已五十八岁，牙齿如今也已掉落三个，入仕有三十余年之久，但效绩靡存。
无关痛痒的自陈功过，自然不会被罢黜。再有大臣极会揣摩皇帝心思，自陈疏往往献媚讨好。
明神宗消极怠政，对朝政带来极大的负面影响，明神宗也不愿当代及后世认为他是一位不作为的皇帝，大臣自陈疏中总是表明是臣子的问题，而与皇帝无关。
如首辅王锡爵考察自陈疏大意言：官先论相，可以警有位，法先论贵，可以示至公。并说他于法于官都不应当在众官之后，若皇上为他破坏成规，则庶僚必定会有因他而议法者，因此他愿以不肖之身首被斥免，如此而来，可肃政纪、重公典。
字里行间表达的是为皇帝着想，明神宗自然不允所辞。官员并不是真心求去，根据自陈疏所陈述的不职根本不足以将其罢斥，因此自陈制度仅仅流于形式，不能发挥应有的作用。
考语与访单是对五品及以下官员进行考察的主要依据，一定程度上决定着官员的去留。
万历时期党派林立、政争纷起，不同派别出于排除异己的需要，势必会在该官员考语及访单上做文章。
考语由于是各衙门堂上官为其属官填注，相比由科道官填注的访单，考语涉及的由于党争而出现不实的因素较少。
但各堂上官在填注考语时时常掺杂个人情感。对亲近的官员填注考语多“标榜溢美之词”，而自己所不喜的官员便给出不符实际的差评。
由于若某衙门罢黜官员过多，该衙门堂上官或许也难辞其咎，需承担一定的领导职责，因此往往为逃避承担责任而填注较好的考语。
另一方面，堂上官为避免日后官员因怨恨而报复的麻烦，也往往填注好的考语，这些皆无关官员政绩。
针对考语不实的现象，明神宗曾敕谕吏部，各官的考语及弹劾官员的本章，都要核实清楚明白，不得出现雕琢文辞的现象，防止隐晦失实的弊端。在实施过程中考语不实现象显然无法避免。
访单由科道官通过咨访后，对五品及以下京官进行填注，其目的是在考语之外，通过博采众闻全面了解该官员的政绩，使京察结果更加公平合理，但万历后期利用访单中伤所恶者屡出不穷。
万历三十九年（1611年）辛亥京察，科臣王绍徽向吏部尚书孙丕扬建议访单当列四款，即淮上之党、东林之党、顾、李之党、王元翰之党，目的是利用访单打击政敌。
万历四十五年（1617年）丁巳京察时，齐、楚、浙三党盘踞言路，而访单又主要由言官填注，访单真实性可想而知。
如王之寀在梃击案中得罪三党，在丁巳京察时三党攒造虚单，王之寀访单内容则是赃私狼籍。
官员填注访单往往匿名肆意行私，贤否混淆，是非倒置，最终出现“虽开列秽状满纸，莫知出于谁氏”的局面。
针对匿名填写的不实访单，造成的“铨曹误听而黜陟，因以欠当”的后果，明廷明令禁止，规定见到匿名访单的出现便烧毁，并且不追究被言者的过错，但并不能从根本上解决问题。
京察时考察有过官员，按照“八目”、“四科”进行分别处分。所谓“八目”，即是对官员考察所依据的标准，“曰贪、曰酷、曰浮躁、曰不及、曰老、曰病、曰罢、曰不谨”。
所谓“四科”，即是针对被察官员所犯“八目”何项而进行的处分，贪、酷，为民；不谨、罢软，冠带闲住；老、疾，致仕；才力不及、浮躁浅露，降调外任。
堂审结束后，吏部上呈的考察疏需注明该官所犯“八目”何款，以待上裁。
被察官员中，若有被皇帝了解的官员，皇帝或给出处分，一般情况下，官员降黜便会如例。
考察标准虽有明文规定，但在实际运行中易受人为的主观因素的影响，万历后期，党派林立，更是使得“八目”在实际运行中与制度规范相背离。
“八目”各项规定细密，但在确定官员所犯何款时具有很强的模糊性。在运行过程中行事者往往“不体朝廷之意，而皆袭为含糊暧昧不明之说”，徒列其名，而不指其实，稍加操作便会出现名实不符的情况。
“老”，即年龄老迈，“疾”，即疾病之意，在实际考察中，老、疾者并不一定被罢黜，要看其行政能力是否受到影响，甚至讲求年老者资历深，如郑继之年已八十有余，仍命他任吏部尚书主持万历四十五年（1617年）丁巳京察。
“老”、“疾”是四品以上官员自陈疏中自陈不职的常规理由，通常情况下，皇帝不允所辞。
“贪”，即贪污受贿，“酷”，即残暴苛刻，贪污受贿、残暴苛刻向来是为官者的大忌，对贪、酷者处罚结果直接贬斥为民。
万历四十五年（1617年）丁巳京察时，三党欲驱除王之寀，对其访单填注便是赃私狼藉等语。“浮躁”，即性情不定、为政冲动，“不及”，即才力不及；“罢软”，即能力薄弱、态度怠惰，“不谨”，即言行不合官体、礼法。
对于考察标注，各款可解释的空间较大。浮躁、不及者降调外任；罢软、不谨者冠带闲住，而“不及”与“罢软”、“浮躁”与“不谨”，两款之间对官员处分不同，但界定较为模糊，在万历时期政争中，便成为打压异己势力的有效手段。
京察本应是一件严肃而公正的大事，拾遗的目的是纠拾漏网之官。
而科道拾遗不少来自于匿名弹劾，其中有挟私报复的弹劾也没有出处以供查证，“迹类匿名，事属用计，中间即挟私报复者，孰从而辨之”。
匿名弹劾为徇私舞弊行为提供了便利，拾遗很难收到预期的效果。拾遗是科道官分内之事，但科道官也并非总是公正。
万历前中期，阁臣往往借助科道官拾遗打击所恶之人，而万历后期，齐楚浙三党盘踞言路，拾遗完全成为三党驱除异己的工具。
如万历四十五年（1617年）丁巳京察，齐楚浙三党一时鼎盛，王图因在万历三十九年（1611年）辛亥京察时刚正不阿得罪他们，在丁巳京察中王图被拾遗纠劾，冠带闲住。
王之寀因首发梃击案得罪邪党，在丁巳京察中也难逃拾遗被论，被列贪酷，王之寀被革职。
明朝之所以开创京察制度，目的是规范官员行为、澄清官场风气。至万历时期，京察已沦为党争的工具，发挥不了应有的作用。京察制度失效，随之而来的是官员更加腐败。
臣工贪墨成风，依权附势，“今之士人，以官爵为性命，以钻刺为风俗，以贿赂为交际，以嘱托为当然，以狥情为盛德，以请教为谦厚”。
科臣王元翰曾就当时状况，直言不讳地向明神宗言：近来有两大变，群臣百官志期得官，唯利是图，此是一变；皇帝不恤人言，甚至天象异常以示告谴也不为所动，又是一变。
因为君心之变才有庶僚之变，如今挽救洪水、流寇之变容易，而挽救君心和庶僚之变难。
万历时期特殊的政治环境，言论逐渐开放，而言官具有的弹劾之权和京察中拾遗之权，是党派之争中清除政敌的有效手段。
万历三十九年（1611年）辛亥京察后，言路成为官场上极具影响的政治力量，万历四十五年（1617年）丁巳京察，各言官把自身“风闻”特权发挥得淋漓尽致。
明神宗心厌言官，倦于党争，最直接的表现便是科道和各衙门缺官不补。万历四十五年（1617年）丁巳京察后，缺官现象更加严重，朝堂局势更加混乱。
自万历二十年代之后已出现科道官久虚不补的情况，至万历四十五年（1617年）丁巳京察后，科臣仅有八九员，道臣仅有六七员。
六科之中无堂上官，无署印之官，各省按差无人。方从哲曾说他每次经过各科门前，只见一副冷清惨淡的景象，见到六科旷废至此，便可知十三道的情况了，科道衙门设立是祖宗以贻后世的，如今沦落到此等景象。
根据制度规定，六科中每科设有都给事中一员，左右给事中各一员，给事中共设有三十二员，十三道共设御史一百一十员。
万历四十五年（1617年）十月，“六科止于四人，而五科之印皆无所属。十三道止于五人，而人兼数事”。南京六科规定设给事中七员，南京十三道设御史三十员。
至万历四十六年（1618年）十一月，南京科臣仅剩一员，共缺六员；南京十三道御史仅剩四员，共缺二十余员。
科道缺官不补，严重影响到朝政的正常运行。“六科之设，原与六部相表里，而每科之有都给事中，尤所以重印务而专责成，不可一日缺者也”，至万历四十七年（1619年）六月，六科之中皆无都给事中，无人掌印，甚至刑科空无一人。
六科相应工作无法正常开展，“各部以事体相关，因抄发无人，诸务寝阁”，正如吏科给事中张孔教所言“六科无人则六部事废”。
礼科无人，不仅废礼科及礼部之事，亦废王府名封、婚丧及大臣忧恤之事。并且言路无人弹劾，百官贪墨成风，法纪废弛。南京都察院右都御史宋仕也曾提到南京都察院状况，即使一人身兼数差也日益不足用。
不仅科道秩序混乱，阁臣、廷臣同样缺官严重。万历中期以来，内阁时常一人独相，或出现阁中无人的情况，但最终明神宗也会推补阁臣。
至万历四十五年（1617年）丁巳京察后，吴道南求去，阁中仅方从哲一人，方从哲屡疏请会推阁臣，但明神宗皆置之不理，他感叹道：“国朝二百余年，从未有推补阁臣如此之难者也。”
方从哲说，我朝阁臣虽没有宰相之名，但有辅助皇帝之责，上到国家大礼大政，下到民生休戚，天下之政务，事无巨细，有哪一项不来问阁臣的？“故必得其人而后辅理可资，亦必多其人而后协恭有赖”，阁臣非六七人即有四五人，而如今仅他一人，责任重大而独力实在难以胜任，但明神宗仍不为所动。
至万历四十七年（1619年），从大学士方从哲疏中所言，我们可以得知九卿衙门处境同样惨淡。如今九卿衙门，只有户部和通政司堂上官在位，二衙门有正官掌印，刑部和工部堂上官空缺，由其他衙门官员兼署掌事掌印。
都察院和大理寺无人掌事无人掌印，大理寺堂上官久缺，一切大小狱讼，没有经过大理寺评定，刑部则无法结案。
吏部自吏部尚书赵焕故去无人掌事无人掌印，如今缺官严重，用人为第一紧要之事，而吏部尚书为用人之人，以往吏部尚书不得空缺，有空缺即任命，且不得令人代掌，如今代掌之人都没有。
礼部自礼部尚书何宗彦去职后，礼部无人掌事无人掌印，礼部之事壅塞废弛，礼部侍郎孙如游因诸事荒废而不安于位，连疏乞休，乞休不得，最终冒罪出城。
兵部尚书黄嘉善杜门搁职而兵部之印尘封，兵部尚书执掌兵戎，对于国家安全尤为重大，当时辽东虏势纵横，边疆危机，京师之危只在旦夕。
各衙门本就缺官严重，不少官员或受人弹劾或不安于位相继求去，明神宗发出圣谕质问大臣，如今国家边事等多事之时，正需要各官在其位谋其政，以君命为重，各衙门堂上官不以国事为重，反而相继求去，是何法纪？臣子之义何在？
至万历末年，言路无人，各衙门缺官，朝政多壅，人心怨愤，夷虏之祸，近在眼前，时人认为“国家有危乱之形，世道无太平之望”。
万历四十八年（1620年）七月，明神宗颁下遗诏，遗诏中安排任命内阁辅臣、推补大僚、授职言官、起用因建言而被罢黜诸臣等项，但这些为时已晚，难以挽回明朝走向衰亡的局势，因此清人首论“明之亡，实亡于神宗”。
