众所周知，姚广孝在朱棣起兵称帝过程中起到了不可替代的作用。不论是在朱棣起兵前的谋划阶段，还是靖难之役的战争过程中，姚广孝的计谋都多次挽救了朱棣大军的命运，最终帮朱棣登上了明朝皇帝的宝座。可以说在扶持朱棣登基的所有功臣之中，姚广孝是当之无愧的第一功臣。在朱棣称帝之后，姚广孝也得到非常特殊的待遇，不但赏赐了大量财物，而且在朝廷中的地位上也独树一帜，被誉为“黑衣宰相”。可是在对于靖难功臣最为典型的褒奖方面，姚广孝既没有封侯拜爵，也不在靖难功臣的名单中，这就让很多人难以理解了。
但从功劳方面来看，姚广孝是毫无疑问的靖难第一，绝对是能够在靖难功臣的名单中列入榜首的。从朱棣称帝后对待姚广孝的态度看，他也是对其功劳高度承认，赋予了他在朝廷中极高的职权。永乐朝的很多大事件的决策都离不开姚广孝，这其中包括了立太子朱高炽、迁都北京、编撰《永乐大典》等等方面。这里的每一件事情都决定着明朝的命运，可以说只有位高权重的人才能过问。朱棣在这些事情中咨询姚广孝的意见，可见他对姚广孝的倚重。这也是为什么姚广孝虽然是僧人的职位，却被人称为“黑衣宰相”的原因。
在朝廷中，朱棣给了姚广孝极高的地位，唯独没有将其列入靖难功臣之中，这让很多人感到疑惑。有的人认为姚广孝缺少军功，他是属于在后方出谋划策的人员。也有的认为姚广孝是朱元璋安排到朱棣身边的，不是朱棣的燕王府原班人马。实际上这些都不是主要的原因，与姚广孝没被列入靖难功臣关系不大。在靖难功臣中既有镇守北平各地的军队将领，也有建文帝朱允炆一方的旧臣。就连李景隆这个当初围剿燕军的朝廷军队的主帅，也被列入了靖难功臣之中，姚广孝那点事情又算得了什么呢？
结合永乐朝的政治格局来看，朱棣没将姚广孝列入靖难功臣是有着多方面考虑的，也是为了明朝制度改革的需要。姚广孝的身份在永乐朝比较特殊，虽然是文臣中地位极高的，却又是佛教僧人，于是显出了比较超然的姿态。他不是内阁首辅人物，却有着不逊于首任内阁首辅解缙的政治影响力，因此显得比较特殊。本来朱元璋将姚广孝派到朱棣身边，是因为家庙祭祀马皇后的需要，也是朱元璋时代主录僧制度的组成之一。可与别的主录僧不同，姚广孝不但承担了祭祀的职责，还成为朱棣起兵造反的首席谋士，这就违反了朱元璋的本意。
按照朱元璋的原来布置，主录僧是只负责朱明皇室的事情，并不参与朝廷政治的。姚广孝成为第一个参与朝廷政治，并登上最高文臣地位的主录僧，这就在法理上说不通了。而除了姚广孝之外，在其他亲王处的主录僧都没有参与政治活动，如果把姚广孝公开列为靖难功臣，对明朝皇室的藩王王管理来说就起了很坏的表率作用。所以姚广孝虽然参与政治活动，也有极高的朝廷文臣地位，但在朝中一直是以最高僧官的身份出现的。这虽然有着掩耳盗铃的意思，但从政治上看朱棣也是不希望破坏主录僧制度，进而影响到明朝皇室藩王的管理。
除了明朝皇室内部制度外，在明朝朝廷制度方面，姚广孝的身份也变得比较尴尬。在朱元璋时代，为了加强中央集权，他废除了朝廷宰相，所有朝廷政务由个人处置。如此一来，皇帝的权力变得最大，但工作压力也无限增加。朱元璋个人精力旺盛，处理全国政务也非常疲惫，这对后来的皇帝来说简直就是一种折磨。朱棣为了改变这种状况，建立了内阁制度。他让内阁学士作为皇帝的助理和秘书，协助皇帝处理政务，降低皇帝在这方面上的工作压力。名臣解缙成为首任内阁首辅，而后来的其他文臣都将内阁阁臣作为文臣的最高理想。
同样，为了防止军队的权力不受控制，朱棣也加强了类似宋朝的以文御武的制度。在这个制度中，明朝的军队不再与文臣直接联系，而是通过五军都督府由皇帝直接掌控。如此一来，明朝的政治格局中形成了明显的文武壁垒，朱元璋时代李善长和蓝玉这样的情况就再难以出现了。在这种格局形成的同时，又出现了一个默认的现象，那就是勋贵掌握军权。在明朝的所有军事权力的职位中，都是由勋贵出身的子弟进行掌握。这些勋贵形成了集团势力，成为左右明朝的另一股强大的力量。
从勋贵集团的来历来看，一部分是跟随朱元璋打天下的军事贵族和将门的子弟，另一部分则是靖难之役中因功被封赏的功臣家族。这些家族的子弟都是武将，出现在军队中的各个岗位，是明朝军事力量的中坚。因为文武壁垒的关系，他们又与科举形成的文官系统形成对立，成为另一股朝廷势力。
姚广孝虽然在靖难之役中功劳最大，却是典型的文官，无法成为统帅一方的将领。按照勋贵为将的政治传统，姚广孝是没办法成为勋贵家族之一的，也就没有办法成为靖难功臣。实际上除了姚广孝之外，靖难中有大功的文臣如袁珙、金忠等人都没有成为靖难功臣，便是这个原因。
朱棣登基称帝后所封赏的所有靖难功臣都是来自于军队系统的勋贵，而在靖难中有大功的文臣虽然被重用，却没有列入靖难功臣名单，更没有封侯赏爵。从这个现象看，朱棣也有意识地制造文武壁垒，避免文武勾结让皇权旁落的事情发生。如果让靖难功劳第一的文臣姚广孝当了靖难功臣，那就重现了当初李善长当宰相的情况，这对皇帝来说是非常不利的。朱元璋费尽心机才把这种掌控军政大权于一身的宰相拿掉，朱棣又怎么可能恢复呢？因此他用文臣组成内阁来治理国家，将文武权力都归于皇帝，就是防范文武勾结的隐患出现。
除了上述两种原因外，出于对太子朱高炽的担忧，朱棣也需要姚广孝与靖难功臣团体分离。在朱棣称帝后，朝廷对于太子人选发生了很大的争执。以姚广孝、金忠、解缙为首的文官集团推荐长子朱高炽为皇太子，而以丘福等人为首的勋贵集团则力推次子朱高煦为皇太子。这个争执让朱棣也很头疼，最终在解缙的劝说下，朱棣还是选择了朱高炽。可事后争夺储君的风波并没有平息，朱高煦依旧长期的觊觎皇太子之位，联合弟弟朱高燧搞了不少事情，其中也得到勋贵集团不小的支持。而这些事情既有朱高煦本人的野心，也是朱棣纵容的结果。
朱棣本人是倾向于文官政治的皇帝，这从他组建文官内阁，编撰《永乐大典》，大量提拔科举人才，都可以充分地证明。但是他也有个疑虑，那便是过于依靠文官治国，会使得皇帝变得务虚而不务实。朱允炆就是最直接的案例，他是文官政治失败的典型。朱高炽是支持文官政治，而且受到了整个文官系统的支持，却又被靖难功臣们所排斥。这就让朱棣非常担心，他怕朱高炽成为朱允炆第二，无法很好的管理国家。所以在任命了姚广孝等文臣教导朱高炽时，也任命丘福为太子太师，避免皇太子身边文官一家独大。
在这种情况下，如果姚广孝为靖难功臣，不但文武制衡的策略被打破，很可能加剧文武两派之间的争执冲突。这样的政治冲突很可能引发内乱，进一步危害到明朝的安定大局。尤其是当朱棣常年带兵在北方对付蒙古人的时候，朱高炽在南京以太子身份监国。这样的情况下，后方出点问题，与前方的军事上无法配合，甚至会直接影响到国家的战局和安危。再加上朱高炽与南方文官集团的关系太好，如果再通过姚广孝控制了勋贵集团，这也会让朱棣在皇权方面不太放心。因此出于权力制衡的考虑，姚广孝也不宜以文官的身份进入靖难功臣行列。
综上所述，朱棣没有将姚广孝列为靖难功臣，并非其功劳不足，而是朝廷权力制衡的需要。姚广孝的特殊身份不宜在文武两个集团之间选边站队，只能作为皇帝和太子的咨询顾问存在。他进入这两个集团之中，都会打破明朝朝廷的平衡，引发各种政治冲突。所以姚广孝既没有进入内阁，也没有成为靖难功臣，却得到了不逊于这两者的权力和地位。对外来看，他只是朱棣的私人顾问，只是庙里的和尚而已，政治倾向性不明显。这既不会左右到朝廷的文武制衡的局势，也不会因朱高炽过于强大而引发勋贵集团反弹，算是比较顾全大局的安排。
