宋神宗熙宁末年轰轰烈烈的王安石变法再次遭遇到巨大的打击，继变法派的二号人物吕惠卿被贬官外放后，主持变法的王安石也自请辞去宰相之位。如此以来，变法派两位重要的领袖都离开了朝廷中枢，新法的推行面临着半途而废的危机。对于这场危机的出现，历史学者们众说纷纭，给出了不同的解释。很多人认为是保守派的势力太大，给予了宋神宗极大的政治压力，才迫使他做出外放吕惠卿和将王安石罢相的决定。然而从史书上来看，这种说法并不完全正确。宋神宗如此调整朝廷中枢的布置，实际上有着更深层次的原因。
根据当时的历史背景分析，虽然保守派的反对声依然大，但占据整个朝堂中枢的还是变法派。实际上自吕惠卿上台以来，他组织新党向旧党发起反击，贬谪了大量反对变法的旧党官员，这使得反对派旧党势力在朝廷中已经逐渐减小了。对于熙宁变法以来反对派势力的变化，可以发现熙宁末年远比熙宁七年北方大旱时期要小得多。宋神宗能在当年扛着北方大旱的政治压力下力挺新法，又怎么会迫于压力连续罢黜两位变法的领袖人物呢？更何况王安石还是在前一年他和韩绛加急请回的，这就更没有必要将其放弃了。
不论是王安石，还是吕惠卿，对于熙宁新法的推广都是有着举足轻重的作用的。在变法的活动中，宋神宗将这两位看作是富国强兵的重要支柱。如果没有王安石，熙宁变法不可能轰轰烈烈地展开，也无法缓解宋英宗留下的烂摊子。如果没有吕惠卿，新法早在熙宁七年的政治压力下被废除了，更不会有后来变法派新党遍布朝廷中枢的良好局面。可以说在熙宁末年之时，宋神宗实际上是面对着变法以来最好的局面。在变法初期大力阻碍变法的保守派大臣，如司马光、冯京、韩维等人都相继被贬，新法面对的阻力空前减小。
在这样的斗争形势下，本是变法派乘胜追击的时候，却突然出现了两位重要人物相继离任的危局。这样的情况使得新法推进备受打击，一度出现中断。就当时的形势而言，单纯地认为宋神宗承受不住保守派的压力，使得新政政策上出现摇摆，实际上是不符合实际情况的。综合各方面的史料来分析，当时出现这种局势的突变，更多的是变法派内部出现了问题。这些问题造成了变法派内部分裂，使得原定政策难以继续下去，不得不进行中枢人员的调整。而导致这一切的根源，便是在王安石和吕惠卿两位变法派大佬的身上。
前文讲过，王安石和吕惠卿并没有本质上的矛盾，只是对变法的实施路线有所冲突，进而引发了他们之间的政治矛盾。王安石是温和的变法派，因为有众多朋友是保守派的大臣，所以不愿意将变法推入到党争的境地。因此他执政时极力控制斗争的烈度和范畴，防止出现朋党之争。由于这样情况的出现，使得变法派一度被保守派压着打，在新法的推进上极为艰难。而且保守派利用王安石的君子作风，以党争的手段进行抨击和攻讦，迫使他第一次罢相。这也是造成了熙宁新法进入第一次危机，差点被彻底废除的根源所在。
正是由于吕惠卿的力挽狂澜，才阻止了保守派第一次废除新法的政治攻势，让新法得以继续维持下去。因此吕惠卿成为变法派中激进大臣的代表，也成为变法派的二号人物。吕惠卿对于变法的思路很极端，就是要先用党争打垮保守派，然后才能够顺利地推行新法。在他的主持下，变法派进化成了新党，用党争的手段把保守派赶出了朝廷中枢，使得新党势力大增。但同时宋朝朝廷朋党之争也因此而被挑起，原本局限于变法范围内的政治斗争，逐渐演变成新党和旧党之间的政治斗争，这让宋神宗比较的难以接受。
于是在保守派宰相韩绛的提议下，宋神宗召回了王安石，准备让其代替吕惠卿主持变法。但这样一来，变法派内部便出现了政治理念上的冲突。一部分是支持王安石的温和派，一部分是支持吕惠卿的新党。于是还没等来保守派旧党的反击，新党内部先互相掐了起来。
在新一轮的政治斗争中，吕惠卿成为了重点攻击的对象。一开始是他的弟弟吕升卿因罪被遣出京师改任江南西路转运副使，然后他又被御史蔡承禧弹劾结党误国等多项罪名。最夸张的是王安石的儿子王雱，他指使御史中丞邓绾告发吕惠卿兄弟强借华亭县富民五百万，并与知县张若济强买田地作恶。
由于涉及到了王安石的儿子王雱，事情就变得非常激烈了。新党内部出现了巨大的裂痕，支持王安石和支持吕惠卿的互为敌视，使得政治斗争走向了不可预测的方向。新党的存在本是为了推进新法，现在却搞得内讧争斗，这也让宋神宗非常不满。最后吕惠卿罢相出知陈州，新党因内斗而受到重创。吕惠卿外放前写下自辩书，宋神宗将其拿给王安石看。王安石才知道王雱在后面下黑手，气得大骂王雱，而王雱在怒急攻心之下却背疽复发而亡。这也使得王安石备受打击，让他难以在朝堂中继续主持变法事务了。
如果说宋神宗贬谪吕惠卿是为了平息变法派内部的纷争，那么允许王安石自请罢相便是形势所迫。由于吕惠卿被贬，而王雱在案件中又起到了幕后黑手的作用，所以王安石也就受到了新党内部官员的谴责。背后下黑手这种事情，从古至今都是受到公众鄙视的。王雱下黑手的目标居然不是保守派，而是新党大臣，这让盟友们怎么接受？虽然有证据表明王安石没有参与，但说出去有几个人能相信？王安石这次是被儿子坑得结结实实，不但给新党造成巨大损失，就连王安石本人的政治名誉也被抹黑得一塌糊涂。
王安石自己也没有颜面继续主持变法工作，而宋神宗也不敢完全地相信他了。这个信任度的降低不是在王安石的品格上，而是在于他的公信力上面。王安石的公信力受到内部团队的质疑，这会使他推进新法时收到内部阻碍，最终影响新法推行的成效。除此之外，王安石在变法的第三个内容上，也与宋神宗产生了分歧。最初两人拟定熙宁变法的方向时，确定了富国、强兵和取士三个方向。熙宁年间主要搞的是前两个，接下来就会在取士和官制方面进行推进。但王安石和宋神宗对于官制的改革，却有着不同的看法。
在宋朝初年，为了防止宰相权力过大，赵匡胤和赵光义颁布了很多做官捷径的程序，允许开国功臣的子孙以“恩荫”世代做官。这样一来不但跳过了科举这个重要的取士手段，而且使得机构重叠官员冗余，同时又出现了官职与权力之间的混乱和悖离。冗官从宋真宗年代起就成了宋朝社会的一大顽疾，而且越来越严重。这不仅给国家带来很大的混乱，也使得国家公务开支巨大，费用消耗极大，让国力日渐削弱，朝廷的办事效率也非常低下。因此在很多大臣关于变法的建议中，改革官制和取士流程都成为了重要的一条。
由于宋神宗刚即位时国家处于疲敝的状态，不但经济上困难，而且政治上也被保守派垄断，所以官制改革便被压在了最后。经过熙宁年间的变法，国家的元气大为恢复，官制改革就被提上日程了。王安石对于官制改革还是比较保守的，他不太愿意触及保守派核心利益，所以提出了“董正官制之实”的建议。其目的是在小范围内调整官制，让官职恢复原有的职能和作用，减少冗官和混乱的官职。而宋神宗则比王安石更大胆，他提出要恢复唐朝三省制的旧例，加强中央集权，削减冗官和吃空饷的闲散官员以节约公务费用。
如果说王安石的富国强兵是削弱士大夫文官集团在民间的利益，那宋神宗的官制改革就是从政治上挖士大夫文官集团的墙角。这种改革是最为艰难的，也是最血腥的，必然会受到千夫所指。宋仁宗时代庆历新政之所以失败，就是因为范仲淹和欧阳修把官制改革放在了开头，一开始就触犯了保守派的利益，遭到了迎头痛击。王安石是吸取了范仲淹的经验教训，才将官制改革放在后面，而且还不敢搞得太大，怕弄得天下大乱。宋神宗如此激进的改革策略，让内讧后的王安石来推行，实在是有些强人所难了。
王安石的公信力受到内外质疑的情况下，再去搞官制改革，会被人说成了借手中的权力打击报复。如果是韩琦这种不要脸的官员，自然厚着脸皮就干了。王安石是君子，受不得这种刺激，最终只能以失败而告终。而且面对官制改革的巨大阻力，没有团结一致的新党是不行的。王安石的存在让新党无法团结起来，也不利于啃下官制改革这个硬骨头。从历史发展的情况来看，宋神宗是意识到了这一点的，所以从官制改革开始就把自己推到了前台。他以皇帝身份主持官制改革，这便是奠定宋朝未来两百年朝廷根基的元丰改制。
总的说来，宋神宗在新党内讧后进行的一系列官员调整，都是提前为了元丰改制布局。将吕惠卿贬谪是为了平息新党的分裂内讧，同意王安石请辞罢相是为了亲自站到变法的一线。官制改革这种影响政治制度的改革，任何宰相都无法承担的，只有让皇帝亲自出马才行。宋朝初年的军事和政治改革，也是赵匡胤和赵光义亲自动手的。皇帝的特殊身份，让下面的反对派找不到攻讦的正面目标，反而有利于新制度的推行。如果是宰相主持改革，必然会被扣上各种帽子。于是宰相们要么缩手缩脚，要么阳奉阴违，最终只能流于形式，无法达到预期目的。
