确切地说，朱棣消灭的是兀良哈三卫，而不是朵颜三卫，之所以要消灭他们，也不是恩将仇报，而是出于战略上的考量。兀良哈三卫并非善茬，他们暗中勾结了鞑靼，不但跟鞑靼一起劫掠中原，在朱棣北征蒙古的时候也出兵帮助了鞑靼，更令朱棣气愤的是，兀良哈还向鞑靼提供了大量物资，如果不除去兀良哈，那么明朝北境也将永无宁日了。
元朝统治者被明朝赶出中原后，在朱棣时期主要形成了鞑靼和瓦剌两部，其中鞑靼继承了北元汗庭，是朱棣的主要对手，朱棣前后五次北征，就有四次是针对的鞑靼。而瓦剌经常与鞑靼之间相互杀伐，在朱棣第一次北征重创鞑靼后，瓦剌乘势强大了起来，也就成为了朱棣第二次北征的对象。
除了鞑靼和瓦剌，蒙古高原的第三股势力就是兀良哈，兀良哈又分为朵颜卫、泰宁卫和福余卫，后来朵颜卫一家独大，因此兀良哈三卫一般也被称为“朵颜三卫”。在明朝初年的时候兀良哈名义上是明朝的属民，但实际上更趋向于鞑靼，经常跟着鞑靼一起骚扰明朝边境。
本来北元汗庭在朱元璋时期经过数次北伐，早已分崩离析，但在朱元璋去世后，明朝内部经历了一场三年的皇位争夺战，靖难之役，这场战争规模空前，明朝的北疆防线也在这场战争中遭遇了重创，在朱棣成功夺取皇位后，北疆问题就成了一个非常棘手的事情。
针对蒙古分裂成三股势力的事实，朱棣的策略就是锄强扶弱，并各个击破，总的来说就是草原上谁强大起来了就打击谁，但不会将其彻底消灭，而是留有余地。比如如果朱棣把鞑靼灭亡了，那么瓦剌就会强大起来进而统一整个草原；如果把瓦剌灭亡了，鞑靼也会强大起来进而统一整个草原。如果草原统一了，那么统一起来的草原帝国对明朝来说就是巨大的外患，只有草原永远处在分裂的状态，彼此间相互攻伐，谁也灭不了谁，谁也强大不起来，才最符合明朝的利益。
同时，对于归附的蒙古人，朱棣向来采取了优厚的待遇，对其大量封官加爵，如永乐三年（1405年）把都帖木儿率5000人归附明朝，朱棣大喜，赐汉名吴允诚，并任命其为右军指挥佥事。在朱棣胡萝卜的攻势下，永乐年间投降明朝的蒙古人多达5万多人，朱棣把他们都安排在了漠南地区。
当然，从区域战略来说，朱棣力图将不服从于自己的蒙古人赶到荒凉的漠北和漠西，将归附于明朝的蒙古人安置在漠南；在东北，朱棣设置了奴儿干都司，以松散的179个卫所管辖女真人，利用女真人对东蒙古进行严密监视；在西部，朱棣则设立了哈密卫以隔绝蒙古与乌斯藏的通道，在西边对蒙古形成了战略威胁。通过东、南、西三个方向，朱棣对蒙古实现了全面的战略压制。
朱棣夺取皇位后不久，草原便出现了鞑靼一家独大的局面，鞑靼多次骚扰明朝边境，对明朝形成了巨大的战略威胁，因此朱棣决定对鞑靼用兵。永乐七年（1409年），朱棣派大将丘福率军十万北征鞑靼，但丘福却有勇无谋，中了鞑靼人诱敌深入的计策，被鞑靼太师阿鲁台击败，丘福也战死当场。
丘福战死后，朱棣决定亲征蒙古，在第二年也就是永乐八年（1410年）率军50万（实际人数应该在12万人左右）出征鞑靼，此次北征前后历时5个多月、148天，明军在斡难河畔（今俄罗斯赤塔州鄂嫩河）击败了鞑靼主力部队，重创了鞑靼。不过在这次北征途中，朱棣发现鞑靼军中有兀良哈人马的存在，对兀良哈这种首鼠两端的做法朱棣异常愤怒，这也就为后来在第三次北征途中对兀良哈的屠杀埋下了伏笔。
第一次北征重创鞑靼后，瓦剌乘机崛起，成为了明朝北境的重大威胁，对此朱棣于永乐十二年（1414年）发动了第二次北征，并在忽兰忽失温大败瓦剌军主力。不过在击败瓦剌主力后，朱棣也没有对瓦剌赶尽杀绝，而是留了瓦剌一条生路，为的就是保留瓦剌，使其继续牵制鞑靼。
第二次北征重创瓦剌后，又过了8年，鞑靼恢复了元气，重新成为了明朝的战略威胁，于是朱棣就在永乐二十年（1422年）发动了第三次北征。这次北征明军如前两次一样，打得鞑靼满地找牙，以至于后来朱棣发动第四次和第五次北征的时候，鞑靼人根本就不敢跟明军交战，没等明军到来就跑了。
不过在这次北征途中，明军除了重点打击鞑靼外，还顺便收拾了兀良哈。1422年7月14日，明军抵达捕虏川，开始驱逐兀良哈。为阻止兀良哈逃窜，朱棣亲率精锐骑兵先是突袭了兀良哈的巢穴屈裂儿河，之后又四处出击，扫荡了整个兀良哈扫，将兀良哈打残。
永乐二十一年（1423年），朱棣发动了第四次北征，这次北征刚一发动，鞑靼人就四处逃窜，明军深入大漠五个月也未能寻得鞑靼主力，因此就没什么战果。对于这个时候的朱棣来说，如果继续进军只是徒增消耗，如果退兵就显得很没面子，正当进退两难的时候“鞑靼王子”也先土干投降明朝，这才给了朱棣下来的台阶，带着“鞑靼王子”归降的功绩，朱棣于当年11月“胜利”结束了北征。
永乐二十二年（1424年）3月，朱棣发动了他人生的最后一次北征，不过这次北征跟第四次北征一样，鞑靼人不敢跟明军交战，还没等到明军过来早就跑得没影了，朱棣拖着病重的身躯在草原上寻找鞑靼人找了好几个月都没找到，在自知命不久矣的情况下，在实在抓不到“战绩”的情况下，就把气全都撒到了兀良哈身上，在回师途中再次对兀良哈来了个大扫荡，把兀良哈赖以生存的耕地都翻了个底朝天，使之尽为废墟。
总的来说，朱棣剿灭兀良哈三卫，也就是朵颜三卫，主要还是出于战略上的考虑，他要维持草原的弱势平衡，既不会彻底灭了鞑靼或者瓦剌，也不会让鞑靼或瓦剌做大做强，要做到这点，他只要锄强扶弱就行了，谁强大了就打谁。但是兀良哈的行为却成为了他战略上的变数，其实无论兀良哈帮助鞑靼跟明军作战还是跟鞑靼一起骚扰明朝边境，这些对当时的明朝威胁都不大，最重要的是兀良哈是一个从事农耕生产的蒙古部落，这就使兀良哈有了大量的物资基础，如果鞑靼能长期从兀良哈哪里获得大量物资战略资源，尤其是铁器这样的战略资源，那么这对于明朝来说威胁就大了，出于以上原因，朱棣必然是要剿灭兀良哈的了。
