明朝自立朝开始就实行“海禁和朝贡”相结合的贸易制度。除了朝廷许可的部分外藩可以在规定时间、地点与朝廷通商。严禁私人下海并与外藩贸易，即“片板不许下海”。
但在生计压力、利益诱惑下，从洪武时期沿海地带（尤其是福建地区）就频繁出现走私活动，而且愈演愈烈。为了严申海禁，朝廷采取了两项措施 -- 内迁和保甲。
内迁是将沿海地区的民众向内地迁徙，朝廷希望用脱离海域的方式来制止民众下海经商和走私，但这种做法却起到了反效果。
因为朝廷将沿海民众向内地迁移的同时，实际上地方府衙也在同步内迁。这就在部分沿海地区形成了“管理真空”，反而给海匪、地方豪族等提供了更为便利的走私空间。
保甲是将民众每十户编为一“甲”，一户违法则十户连坐。通过强制的互相监督、举报，来管束民众的言行。这本是历朝历代常用且有效的一种地方治理手段，但在明朝沿海的海禁治理中它却不怎么实用。
以当时的东南的走私聚集地之一福建月港为例来说明这个问题。
月港属于福建漳州府，在景泰朝时漳州知府谢骞鉴于月港、海沧、海澄一带“民多货番为盗”，就下令施行保甲制度，但效果却是基本没有效果。嘉靖朝月港士子严世显和浙江巡抚朱纨的一段对话，道出了其中的原因：
首先，这三地距离州府漳城都在四十里以上，这在当时意味着一天以上的行程，州府很难有效的直接管辖。
其次，“内迁”让漳州府在这三地没有行政建制，它们日常归属于漳州府龙溪县管辖。但是明朝的县衙编制（至多也就几十人），让龙溪县没有余力再去监管这三个地方，因此保甲的推行只能依靠当地豪族和乡老。
一方面是缺乏地方府衙的监管，另一方面是这些豪族、乡老很多也涉足走私获利，再加上也不愿意挡人财路、得罪乡邻。因此他们对保甲消极、敷衍就是可想而知的事情了。
漳州府之上的福建巡抚都院明白这个问题也尝试解决过，方法是“机构下移”。在沿海管理薄弱的地区设置官署，抽调人员前去加强治理。
例如嘉靖九年，福建巡抚都御史胡琏将巡海道官署移置漳州并在海沧设立安边馆（后又设置类似的海防馆、靖海馆），专职禁海事宜，但效果却是“助纣为虐”。
因为安边馆不是府衙正式扩编增设的部门，所以安边馆没有专官，而是临时抽调人员“轮署”。这种“官不久任、职不专属”，导致安边馆内部管理非常松懈、混乱，由此必然会产生贪渎。
原本负责缉捕海匪、走私人员的差役，不但很快就和海匪、走私人员沆瀣一气，而且动辄就以走私为名敲诈盘剥当地民众。这不仅不能弹压当地的走私活动，反而进一步加剧了地区的动荡以及民众对官府的仇视。
那么问题来了，为什么不在这几个地方新设州府或县，以加强治理呢？
实际上福建方面在嘉靖二十七年、二十九年、三十六年、四十三年多次奏请朝廷在海澄地区增设县治，但是朝廷都拒绝了。原因很简单，朝廷觉得在这些地方增设新县会“亏钱”。
首先，增设新县对于朝廷而言除去筑城建郭、修建府衙要花大钱。其次，为府衙编配的官员、文吏、差役等人员的俸禄、办公费用，更是持续性的支出。
而滨海地区少田地且大多不肥沃，加上朝廷的海禁政策（收不到商税），所以明朝有个怪象。沿海一带非法的海商各个富得流油，但靠农税过活的府县却一个比一个穷，正常税赋甚至不够自身的开销需要朝廷补贴。
到了嘉靖朝，因倭乱更是整个福建的财政都入不敷出，把并不富裕的朝廷搞得苦不堪言。因此朝廷从支出上考虑，就不愿意在税赋贫瘠之地新增县治做“亏本”买卖。
这既是朝廷的鼠目寸光，也是各个皇朝的通病，它们视领土为财富而不是责任。所以当当管理的行政支出大于税赋收益时，皇朝往往会主动选择放弃。例如封禁荆襄、放弃大宁、撤回关西六卫、出让澳门等等，都有这方面的原因。
朝廷管治的缺失，让月港、海澄一带的走私活动难以被约束，海商势力越来越庞大。官署自身的不善，也让民众对地方府衙的敌视越来越深而更加不愿意配合。这让官府与民间贸易群体之间的矛盾越来越大，最终导致了叛乱的发生。
嘉靖三十七年，福建巡海道副使邵楩获知月港一带海商张维等二十四人（被称为二十四将），违制建造倭船（能出海贸易的大船），遂命差捕林春领兵三百前往剿捕。
张维等人不但率众打退了官兵，还利用官府的“治理真空”，占据滨海险要之地建港立寨。各地海商纷纷效仿，无视官府、公开走私，有些甚至勾连倭寇劫掠地方。这不仅让朝廷对沿海的治理更难，也严重危害地方秩序。
嘉靖四十年，邵楩再次发兵对海澄一带的海商加以剿洗。起初官兵攻破了几处营寨，但其他海商聚集抱团后，不仅官府的进攻陷入僵局，而且海沧一带的土民、海商也闻风发动了叛乱。
眼见官兵一时拿叛众没有办法，还惹得四处火起。福建巡抚谭纶就利用叛众只是因官府压力而临时聚集的乌合之众这一特点，改变了策略“下令招抚，为羁縻之术”，为剿捕争取时间和创造战机。
此后官府在近三年的招抚中，不但没有给予叛众实质性的许诺和保障，还以招抚为诱饵一步一步“套住”叛众。例如“以贼攻贼”，要求一些叛将去攻灭其它叛将，以分化瓦解叛众；以招抚条件要求各地豪强“立保甲，编舟船”，加强官府向地方势力的渗透以及对地方的控制 ……
谭纶的策略相当于让地方府衙重新占领和控制这些“真空地带”，他最终也获取了显著的成效。嘉靖四十三年，因要求一直未被朝廷实际认可，张维等人复叛。今非昔比的官府很快就“捕杀”了叛首、平定了叛乱。
一次规模不大的叛乱，却前后历时近八年。足以说明朝廷百多年来失效的海域治理，已经让朝廷丢失了对沿海领土的控制。这也是嘉靖朝倭寇敢在沿海就近设置基地，几十人就肆无忌惮、登岸开抢的根本原因。
不过“月港二十四将叛乱”对于明朝而言，也是少有的“良性”叛乱。
首先通过叛乱朝廷意识到了自身的一些短视，于嘉靖四十四年在海澄增设县治，加强沿海地区的治理。其次让朝廷开始明白“市通则寇转为商，市禁则商转为寇”，为其后的隆庆开关以及倭患的平息做出了铺垫。
