永乐帝去世后，明朝放弃了积极干预蒙古的策略，采取了消极防守的政策，不再对蒙古人主动出击。
明朝势力退出后，瓦剌得到了进一步的发展。永乐帝去世后不久，脱欢兼并了瓦剌首领太平和把秃孛罗的部众，成为瓦剌独主。
此后，脱欢开始了对东蒙古的连续打击。宣德六年（1431年），“阿鲁台与瓦剌脱欢战，阿鲁台败北，部曲离散”。
战败的阿鲁台被脱欢“迫逐”，“率家属南奔”。宣德九年（1434年），脱欢再次击败阿鲁台，最终将其杀死。
杀死阿鲁台后，脱欢并未停手，继续联合兀良哈三卫继续追杀阿鲁台所立的蒙古大汗阿台汗。
宣德十年（1435年），“瓦剌脱欢并兀良哈三卫人马欲来寻阿台王子”。正统二年（1437年），“顺宁王脱欢遣部属剿杀阿台”。
在瓦剌的连续打击下，阿台汗势力日蹙，最终于正统三年（1438年）被杀。在消灭阿鲁台与阿台汗的势力后，东蒙古已无力与瓦剌抗衡，脱欢成为最有实力的蒙古首领。称雄草原之后，脱欢渐有称汗之心。
“圣主”即指成吉思汗。脱欢被成吉思汗翎箭杀死的故事在很多蒙古史书中都有记载，这一神话故事实际上反映了当时蒙古人的一种政治观念，即只有黄金家族的人才可以称汗。
脱欢并不是黄金家族的后代，哪怕他已称雄草原，众人仍不能接受他这样一位非黄金家族的大汗。无奈之下，脱欢只好立黄金家族的后代脱脱不花为汗，脱欢“自为丞相，阳推奉之，实不承其号令”，实际大权仍然掌握在脱欢手中。
正统四年（1439年），脱欢去世，其子也先嗣位，称“太师淮王”。也先掌权时期，不论是瓦剌的势力，还是也先本人的权势，都得到了进一步的扩张。
正统年间，瓦剌在统一蒙古诸部的基础上，又向东、西两面进行扩张。在东部，也先主动与兀良哈三卫中的泰宁卫结亲。
在西部，也先频频用兵于哈密、沙州等地，“屡遣兵侵扰哈密及赤斤、沙州等处”，还专门派人前往沙州，授予沙州蒙古部首领以平章、参政等官职，诱使其北附。
在也先的软硬兼施下，“时兀良哈已阴附瓦剌，而沙州、罕东、赤斤蒙古三卫亦将附之”，瓦剌南面的东察合台汗国也时时面临着瓦剌的威胁。
在瓦剌的威势之下，“西北一带戎夷，被其驱胁，无不服从”，自辽东以至哈密，“北漠东西万里，无敢与之抗者”。
身为瓦剌首领的也先，其本身的权势也得到了进一步的扩张，“北部皆服属也先，脱脱不花具空名，不复相制”，也先“管辖众蒙古人与四瓦剌人”。
随着瓦剌逐步统一蒙古各部，瓦剌得以从内乱中脱身，集中精力对付明朝。正统十四年（1449年）七月，瓦剌各部“分道刻期入寇”，开始大规模南下。
次月，也先在土木堡之变中击败明军，俘虏了明英宗。当年九月，也先又率军进攻北京，但被于谦率领的明军击退。
虽然也先没能攻下北京，但这并不影响他在瓦剌部内的权势。返回草原后，也先也像其父脱欢一样，渐有称汗之心。
也先联合脱脱不花的弟弟阿黑巴儿只吉囊共同击败了脱脱不花，脱脱不花被击败后率部逃亡，最终被其岳父沙不丹杀死。
此后，也先又设计杀死了阿黑巴儿只吉囊，自称“大元田盛可汗”，“统治着四十［蒙古］和四［瓦剌］”。
也先以非黄金家族的身份称汗，其行为无疑悖逆了当时的蒙古政治传统，招来了诸多不满。
也先称汗后，瓦剌右翼的阿剌丞相与左翼的帖木儿丞相向也先进言说：“也先太师，你既然作了可汗，就将‘太师’之号，赏赐我们吧！”。
然而，也先早已将“太师”的封号赐给了自己的次子，这引起了阿剌丞相的不满。
景泰五年（1454年），阿剌丞相起兵进攻也先，“也先合罕只身逃奔，途中被从前孛客·索儿孙的儿子巴忽抓住杀死”，也先的“妻子儿女、百姓以及牲畜都［被］掠走了”。
也先死后，蒙古统一的局面被打破，蒙古内部出现了新一轮的内战。景泰六年（1455年），脱脱不花的幼子马儿苦儿吉思即汗位，恢复了黄金家族的汗位传承。在其母萨穆尔太后的主持下，东蒙古兴兵四万，击败了瓦剌的阿剌丞相，“大获而归”。
景泰七年（1456年），阿剌丞相又“为部下所杀”，瓦剌陷入内乱当中，开始走向衰落。
自永乐帝去世后，明朝放弃了军事干预蒙古的政策，对于蒙古人的内乱听之任之。明朝势力的退出，使瓦剌能够保持稳定的独立发展态势，不必担心被明朝打压。在与东蒙古的多年战争中，瓦剌逐步走向强盛，最终击败了东蒙古的阿鲁台与阿台汗，统一蒙古诸部。
然而，也先称汗的行为打破了长久以来的蒙古政治传统，也先的霸权也未能长久维持，瓦剌很快就陷入了新的内乱当中。
也先败亡后，“瓦剌衰，部署分散”，瓦剌由盛转衰，无法维持蒙古的统一。趁此时机，“鞑靼复炽”，东蒙古势力重新崛起，趁瓦剌内乱对其给予重创，与瓦剌展开了新一轮的争战。
