元世祖忽必烈在位期间，曾两次征讨日本，均以失败告终，元朝还筹划过第三次东征日本的行动，然而第并未付诸实施，尽管可汗下了很大决心，誓要找回失去的尊严，但最终还是因国内的变故而不了了之。
早在对宋作战尚未结束之前，忽必烈就打算出征日本，在征服朝鲜之后便马上在半岛设置“征东行中书省”，又称“日本行省”。至元十一年，第一次征日战争打响，元朝派遣2.7万军队进攻日本九州，结果因海上风暴而折损大半。战后元朝遣使出访倭国，登岸之后即遭到斩杀，等同于在忽必烈脸上扇了一个大巴掌。
大蒙古帝国的皇帝从未受到过这样的挑衅，于是在至元十八年，经过七年的准备之后，第二次征日战争再度爆发。元朝从朝鲜和江南调集十四万军队合击日本，因迟迟不能突入倭国腹地，而再次被台风吞没。纵横天下的蒙古军无法接受失败的结局，大元皇帝也不甘自己的威信被日本人践踏，于是在第二次东征失利之后，元朝铁下心来要给予日本致命一击。
单从国力上说，元朝已经覆盖东亚大陆的绝大部分地区，能够征调的资源远远超过东瀛列岛，如果长期对抗下去，哪怕只是拼消耗，日本也必然不是对手。但问题在于元朝内部并非铁板一块，随着疆域的不断扩大，皇族之间的矛盾，蒙古与新征服地区的矛盾，都在明里暗里消耗这个国家的元气。
成吉思汗建国之后曾对兄弟子侄进行裂土分封，其中儿子们封在汗庭以西，后来演化为金帐汗国、察合台汗国、窝阔台汗国和伊尔汗国，史称“西道诸王”；兄弟们封在汗庭以东，也就是今东北和大兴安岭一带，史称“东道诸王”。其中东道诸王以成吉思汗幼弟铁木哥一脉实力最强，在忽必烈同阿里不哥争夺汗位之时，铁木哥家族曾大力支持忽必烈，然而等忽必烈成为大元皇帝之后，又不得不削藩。
图-沙漠戈壁
彼时西道诸王已成尾大不掉之势，元廷无力号令四大汗国，如果再放任东道诸王野蛮生长，元朝早晚形成强枝弱干的局面。忽必烈明白这个道理，所以极力限制铁木哥一脉的壮大，导致元廷与东道诸王的矛盾日益激化，最终在至元二十四年，铁木哥家族的掌舵人乃颜公然起兵反叛，而此时正是第二次东征日本结束后的第六年，同时也是第三次东征准备的关键时期。
同样都是蒙古骑兵，同样心高气傲，同样骁勇善战，元朝这次平叛战争及其后续的善后工作，耗时将近二十年才算结束，原本用于进攻日本的军队，也不得不暂时拿来对付同族。而就是这场变故彻底打乱了第三次东征日本的计划，忽必烈本人也在至元二十七年仓促离世，继任的元朝皇帝再不提征服日本之事。
对日本而言，这无疑是一件好事，但或许是被蒙古人打怕了，战后镰仓幕府几十年如一日地保持紧张态势，致使国内始终无法得到休养生息。严重的内部矛盾导致镰仓幕府最终在公元1333年垮台，而此时距离第二次元日战争不过五十年光景。
与此同时，战争期间承诺给予武士们的奖赏和待遇则无力及时兑现，导致大批破产者转而投身海盗，并对东亚大陆和朝鲜半岛展开报复性侵扰，这便是倭寇最初的由来。
