朱元璋承认元朝的正统地位，其实牵扯到现在的一个学术问题：在两千年的封建史中，中华的正统帝国系统到底该怎么算？
正如当年隋朝灭南陈之后，大臣们和隋文帝脑海里冒出的新问题：我们国家的道统从何而来？要知道，隋朝是一个汉族和游牧民族交融很深的朝代，脱胎于占领中原一百多年的外族，在传统士大夫眼里，他们就是蛮夷！现在蛮夷统一了全国，那这正统之说，从何安出？要知道中国儒家的天命信仰已经被人们普遍认同，没有正统性，国家就别想稳定。
到了明朝这里，其实面临的问题和隋朝一样：论正统性，已经被灭了九十多年的南宋才是正统。朱元璋一个草根出身的人，哪里有什么正统性可言？如果不承认元朝为正统，那这九十多年的正统空白又怎么解释？真要撇开老天爷重新建立一套正统体系吗？那可是挑战中国儒家几千年来的传统，朱元璋可没这么大胆子。
那么，只有一个办法，把元朝构建成一个使用“革命系统（传统中国词，意思是革除天命，或者改革天命。改朝换代时，这个词的使用率相当高）”、听命于老天的新天子！然后再将明朝作为元朝系统的革新产物，以产生新的正统性。
我们来看下朱元璋的《登极诏》：“朕惟中国之君自宋运既终，天命真人（按：指元世祖）於沙漠，入中国为天下主。传及子孙百有余年，今运亦终。海内土疆，豪杰分争。朕本淮右庶民，荷上天眷顾，祖宗之灵，遂乘逐鹿之秋，致英雄于左右。朕屡命大将军与校尉奋勇威武，皆已勘定，民安田里。今文武大臣、百司众庶，合词劝进，尊朕为皇帝，以主黔黎。”这里已经明说了，老天命令一个“真人”在沙漠出生（蒙古高原，草场和沙漠都不少，比较著名的沙漠有巴丹吉林沙漠、乌兰布和沙漠、腾格里沙漠，还有规模小些的库布齐沙漠），入主中原做皇帝。所以，元朝皇帝也是老天的儿子，具有天命信仰的正统性。
朱元璋这么说，实际上是以威权压天下。反正他是皇帝，说什么是什么。虽然真要算起来，他的帝系是从小明王韩林儿那里抢来的，和元朝中间也有间隔。但是显然没人敢提出这样的疑问，要不然自己的下场不会比韩林儿更好。所以，朱元璋就算是一锤定音，将元朝拉入了中国的天命信仰系统，从此成为了中国的正统王朝。其实，元朝的信仰是长生天，也可以算是老天爷，和中原民族算是“道友”。
除了道统观之外，朱元璋承认元朝，还有自己的领土要求。
历史学上，把中国的封建帝国时期划分了三个阶段：秦、汉、魏、晋、宋、齐、梁、陈，这几个朝代被称为第一帝国时期；北魏、北周、隋、唐、宋，这几个朝代被称为第二帝国时期。到了朱元璋这里，已经开始了第三帝国时期。熟悉历史的朋友应该能看出来，三个帝国时代都有一个领土从小到大、再从大到小的演变过程。每个阶段的末代帝国，都是羸弱不堪的窝囊帝国。
朱元璋虽然从小没念过书，但是通过后天学习，掌握的知识也不少。尤其是历史，那是他的必修课。宋朝的积弱和元朝的强盛，那种鲜明的对比他肯定是了然于胸。他要建立的，不是收不回燕云十六州、偏安江南那样的暗弱王朝，而是忽必烈那样横跨欧亚、挥斥方遒的强大帝国！这样一来，明朝的领土的下限，也要向汉唐靠拢。不仅要有燕云地区、蒙古地区、东北地区，连西北地区也要纳入版图！
很显然，通过几百年的洗涤，从河西走廊到蒙古高原再到东北、渤海地区，汉人的痕迹已经消失殆尽。想要把统治推行到这些地区，你说你是汉人，没人会对你有敬畏之心。只有说自己是蒙元的继承者、征服者，这些地区的游牧民族才会臣服于你的统治。朱元璋承认元朝，正是要把自己的塑造成蒙元的继承者和征服者，为自己日后收复汉唐故地打下舆论基础。
另外还有一点：朱元璋治下，有大量的少数民族武装存在，承认蒙元这个多民族国家的正统性，有利于统治的稳定。
传统认为，元朝是个把人分成等级的朝代，第一等蒙古人、第二等色目人、第三等汉人、第四等南人。但是，这个说法实际上是有问题的。清末的汉人学者屠寄，综合了日本的史料之后，在自己的著作《蒙兀儿史记》中，提出了上述观点。可是这种观点其实并不能服众，明朝、元朝的史料之后，都没有这种说法。至于什么杀人不用偿命、初夜权之类的，更是查无实据。
相对的是，在《元史》、《新元史》、和《蒙兀儿史记》所作传的864名三品以上的官员中，汉人占了409位！而且，据《马可波罗游记》所载，元朝的首都大都（现在的北京），商业活动繁荣，各族人民在此公平交易，没有什么高等种族欺负低等种族的事。另外，元朝的朝廷大事中，也频繁闪现其他民族人的身影：成吉思汗和忽必烈最重要的辅臣，是契丹人耶律楚材；大都城修建者是汉人刘秉忠；就连一个写戏剧的汉人关汉卿，影响力也能直达皇帝；可见，元朝的时候，各民族的生活还是比较惬意的，完全不像清末革命时说得那么惨。
更何况，即使蒙元离开了中原，中国边境上还是有不少蒙古的武装力量存在，比如宁王朱权手下的朵颜三卫。另外朱元璋夺得天下的过程中，色目人军队也出过不少力。这帮人虽然都是认钱不认人，但是对于蒙古曾经的强大，他们也是向往的。对于自己原先的统治者，他们也有一份怀念之情。更何况，南方的色目人掌握着海外商业路线和大量财富，是明帝国的财神爷，他们也需要安抚。
那么，朱元璋赶走了蒙元，自然要安抚原先在蒙元时期过得不错的那些异族人和部分汉人。这时候，打着元朝继承者的旗号，就有助于体现出一种民族的亲和力，很方便日后自己的统治。而事实上，朱元璋也是这么做的。明朝的民族政策，比起晋朝、宋朝那种片面而盲目的“民族优越感”来说，好了不是一点半点。这也是明朝能够存在将近三百年的重要原因。
