刘裕确实杀了不少司马氏后人，不过还没到灭族的地步；而且，刘裕杀的人何止司马氏？连曾经的战友都大规模地屠戮。这两种屠杀的目的其实是一样的：清除异己、掌控权力。司马氏被从政权中清除，代表着东晋持续百年内讧的终结。
东晋自建国以后，其实一直处于内讧状态中，原因无他：各股力量争权夺利，呈现出各大家族相互制衡、轮番掌权的现象。
最初，晋元帝司马睿能在江东站稳脚跟、建立东晋，出自顶级豪族——琅琊王氏的王敦、王导兄弟居功至伟，他俩一个在荆州镇守，掌握长江上游兵力，另一个在健康城担任宰辅，位居军政要职的同族子弟更是不胜枚举，以至于当时盛行“王与马共天下”的说法。
但人性向来是可以共患难、不能同富贵，随着司马睿站稳脚跟，自然无法容忍王氏的权势与威望如日中天，于是便重用刘隗、刁协与其抗衡。王敦可不是善茬，永昌元年（322年），他以清君侧的名义发兵攻进建康，大肆清除异己，自封丞相，司马睿直接被气得郁郁而终。
但年轻的晋明帝司马绍比他的父亲争气得多，即位不久就加强了对上游的应对。太宁二年（324年），王敦再次起兵，但这回就没那么顺利，他本人不久便在愤恨交加中死去，余部被司马绍干脆利落地清除殆尽。
司马绍
放眼整个晋朝，晋明帝都堪称难得一见的杰出帝王，只可惜命太短——平定王敦之乱的下一年他就驾崩了，年仅26岁，5岁的儿子司马衍即位（晋成帝），太后庾使临朝听政，外戚庾亮掌权。
庾亮这人心比天高，他意图加强皇权，所以在朝廷内排挤王导、杀逐大臣，在外针对地方大员苏峻、陶侃，但很快自食其果。咸和二年（327年），历阳镇将苏峻、寿春镇将祖约以清除庾亮为名联合起兵，随后杀进建康，幸亏荆州陶侃、寻阳温峤两位镇将联手平叛，东晋政权再次转危为安。
经过这事，庾亮发现长江上游的军力太关键了。于是，随着陶侃去世，庾亮和弟弟庾冰、庾翼联手分工，长期掌握了荆州与朝廷大权。这一局面，一直持续到晋康帝即位后。
到了永和元年（345年），庾翼临死前竟然提议让儿子继承荆州兵权，等同于开启藩镇世袭的先例，这当然践踏了各方的红线。然而，时任宰相何充提出的解决办法是重用桓温去驱逐庾氏势力，结果却形同驱虎吞狼、养成了更具野心的权臣。
东晋政权，向来由世家大族掌握，他们贪恋眼前利益、只求苟安，除了两次叛乱外，整个江南政坛如同一潭死水。但桓温就像一条搅活这潭死水的“鲇鱼”，他军事才华出众、气魄与雄心远超江南诸人。永和三年（347年），他以奇兵突袭灭掉成汉国，收复蜀地，开创东晋立国以来最辉煌的成就。
桓温
但这也引起了东晋朝廷那些世家门阀的警惕。桓温虽然有心篡位，但对内受到琅琊王氏、陈郡谢氏两大族的联手抵制、对外北伐屡屡失败，野心终生未能实现。
在各方的拉锯、博弈中，东晋朝廷此后几乎一事无成，直到（373年）桓温病死，各大家族终于舒了一口气，江南政治圈再次迎来短暂的“和谐”。但在外部，却出现了一个空前强大的敌人。
太元元年（376年），经过苻坚、王猛君臣的携手努力，氐族建立的前秦统一了北方，五胡乱华以来最强盛、兴旺的政权出现了。面对这一强敌，江东各大豪族不得不放下利益争夺、空前团结。太元八年（383年），苻坚率领百万大军南征，谢玄、谢石率领由北方流民组成的“北府兵”在淝水之战以少胜多，随后北方再度分裂，危如累卵的东晋再次被续命。
危机一过，各大家族继续折腾，这次率先搞事的是一直没啥存在感的司马氏。
淝水之战后，晋孝武帝司马曜重用亲弟弟琅琊王司马道子排挤谢氏，兄弟俩沆瀣一气、搞得朝廷日益败坏。
但没过多久，兄弟俩就产生了现实的冲突。孝武帝起用王恭驻扎京口、统帅精锐的北府兵，殷仲堪镇守上游江陵、统帅荆州兵，从两个方向制衡朝中的司马道子；但司马曜显然没啥识人用人的眼力劲。北府兵虽强，但王恭无法掌控，实权都在当初淝水立下首功的刘牢之手里。而殷仲堪则对带兵一窍不通，啥事都扔给了部将杨佺期；至于杨佺期，则依仗桓温之子桓玄。
司马曜
到了太元二十一年（396年），司马曜因为酒后乱开玩笑，被自己的张贵人用被子捂死，15岁的司马德宗即位，是为晋安帝，朝廷大权落入司马道子之手。
在这种情况下，王恭、殷仲堪难以自安，于是在下一年联手起兵。司马道子束手无策，把重任托付给儿子司马元显。
相比之下，司马元显倒像个人物，他成功策反了刘牢之、袭杀王恭，解除了北府兵的威胁。但对于来自上游的荆州军队，他连战连败，于是任用殷仲堪的部下杨佺期为雍州刺史、桓玄为江州刺史，试图分化荆州军。但此举并未奏效，三人反而联合起来对抗司马元显，长江中上游彻底脱离了东晋朝廷的掌控。
接下来，当东晋朝廷忙于镇压孙恩、卢循起义时，桓玄依靠父亲桓温留下的威势，成功吞并了殷仲堪、杨佺期，东晋三分之二的土地尽在其手。
司马元显不甘束手就擒，于是便于元兴元年（402年）趁着荆州饥荒出兵，但朝廷所依仗的刘牢之再次反水，司马道子、司马元显父子兵败被杀，桓玄进入建康。
桓玄
此时，曾经支撑东晋朝廷的王、庾、谢三大家族已经衰落，手里掌握荆州兵权的桓氏硕果仅存。于是，在元兴三年（404年），桓玄废除晋安帝，自立为皇帝，国号楚，终于实现了父亲的夙愿。
而当时桓玄唯一畏惧的，只有战斗力强悍的北府兵。好在刘牢之在政治领域属实无能，他连续两次临阵倒戈，看似“识时务者为俊杰”，但也让自己的形象轰然崩塌。
桓玄进入建康后，刘牢之的兵权立即剥夺；他试图反抗，但手下将士纷纷离弃而去，众叛亲离、心灰意冷之下，这位曾经力挽狂澜的一代名将上吊而死。
随后，桓玄将刘牢之旧部敲碎分解，并且还刻意笼络其领头人物——出身寒微的刘裕。但北府兵并不甘就此退出历史的舞台中央，元兴三年（404年），刘裕、刘毅、何无忌、诸葛长民等北府兵将领联合起兵讨伐桓氏。面对强大的攻势，才能平庸的桓玄节节败退，最终兵败被杀。刘裕等人随之迎回晋安帝，全面掌控大权。
至此，东晋政治格局终于实现了质的改变：以往由门阀世家联合执政的时代已终结，取而代之的是出身寒微的京口军人集团——北府兵。但斗争就不会就此结束，最终的胜利者只能有一个。
刘裕
当初联合反桓玄，刘裕因战功、名望被推为盟主；但随着胜利阶段的到来，曾经的盟友们为了权力展开了殊死搏斗。
义熙四年（408年），刘毅等人试图将重镇扬州交与他人，以分化刘裕的权势，但被其识破，双方的明争暗斗日益公开化。义熙五年（409年），趁着卢循起义，孟昶、诸葛长民提议晋安帝渡江北上，实质上是想夺取刘裕手中的王牌，但再次被识破，孟昶服毒自杀。自此之后，刘裕下定决心屠戮元勋。
义熙五年（409年），刘裕灭亡南燕；义熙七年（411年），击败卢循。凭借赫赫战功，他的威望再获提升，于是便接连对潜在及现实政敌下手。
刘裕
首先是刘毅、诸葛长民这两位战友先后被杀；随后，东晋宗室司马休之、司马尚之、司马文思、司马文宝、司马文祖等人在各地招兵买马、试图对抗刘裕，结果均被其击败，他们要么被杀，要么北逃投靠了北魏等政权。
到了这一步，刘裕的政治对手已被清除殆尽，改朝换代的契机已成熟。元熙元年（419年），他派人将晋安帝司马德宗勒死，改立其弟司马德文继位，是为晋恭帝；下一年，刘裕更进一步，废除晋恭帝自立（第二年将其毒杀），建国宋，史称南朝宋，苟延了103年、内讧了103年的东晋王朝，就此正式灭亡。
不过，南朝宋虽然“其兴也勃焉”，但没过两代人也同样陷入了内忧外患，仅存在了59年就被权臣篡夺，也许这就是人性与历史的轮回。
