隋朝统一全国后，随着南朝的逐步衰亡，南京城市地位开始下降，玄武湖自然也就此被冷落，到了宋朝时期，玄武湖的淤塞情况已经极度严重。于是，在王安石第二次调任江宁知府时，便提出了“泄湖为田”的解决方案，此举虽然增加了贫民的耕地，也为国家增加了财政收入，但他却忽视了玄武湖作为南京重要水利设施的作用，导致南京城陷入“雨则涝，旱则涸”的局面。
在隋朝攻灭南陈一统天下后，曾下令将南京城夷平，这是玄武湖首次遭劫，导致玄武湖就此消失两百多年。此后，隋唐时期随着政治中心的北移，南京地位下降，玄武湖也就此被冷落，直到五代十国时期，南唐政权才使得玄武湖一度复兴。
宋神宗熙宁七年(1074年)深秋，变法受挫的王安石再度外放为江宁（今南京）知府，面对关乎江宁百姓生存的玄武湖问题，王安石陷入了深思，如果将淤塞严重的玄武湖弃之不用，自然极为可惜；可是如果要疏浚复湖，又显然是一项耗时耗力又耗财的巨大工程，再三思索后，王安石终于做出了一个“泄湖为田”的巨大决定。
“泄湖为田”的恶劣影响
从实际效果来看，王安石“泄湖为田”的措施显然是一项利国利民的好政策，然而他却忽略了一个重要因素，那就是玄武湖同样是南京水利建设的一个重要组成部分。他的这项举措虽然在当时取得了良好的效果，长久来看，却显然是得不偿失的。
而在王安石上书之后，宋神宗很快便同意了他的这一主张，于是改湖为田的工程得以实现，而玄武湖则几乎彻底消失了，“惟城北十三里仅存一池”。而许多年后，返回江宁的王安石再度来到玄武湖，往日的湖水已经变成了绿田，眼看自己的计划已经得到实施，王安石暂时抛开了变法受挫的烦恼，心情愉悦的在杨德逢屋壁上留下了一首诗——《书湖阴先生壁》，“茅檐长扫净无苔，花木成畦手自栽。一水护田将绿绕，两山排闼送青来”。
直到元朝大德五年（1301年）和至正三年（1343年），南京地方官先后两次疏浚玄武湖，南京城遇雨成灾的局面才得以改善。而到了明朝初年，随着朱元璋定都南京，才派人对十字河进行了一次大疏浚，同时建闸提升城外水面，玄武湖这才得以重新出现。
