崇祯十五年正月十三日，崇祯皇帝在文华殿召见孙传庭，任命他为兵部右侍郎，率领禁卫军前去解除开封之围。
此时的孙传庭刚刚从狱中放出来。崇祯十二年五月，屡立大功的孙传庭受到大学士杨嗣昌的陷害，被崇祯皇帝投入监狱，一直关押到现在。
孙传庭，字百雅，是山西代州振武卫人，生得“仪表颀硕，沈毅多筹略”。孙家是世代读书之家，孙传庭在万历四十七年考中进士，做过知县，后来调入吏部做官，以后在家隐居多年，到了崇祯八年又出来做事，担任顺天府丞。
崇祯九年三月，孙传庭出任陕西巡抚，参与剿灭农民军，颇有斩获，活捉了闯王高迎祥等人，献俘北京。此后，陕西农民推举李自成为闯王。
孙传庭连战连捷，陕西、河南农民军大受挫败。孙传庭用实战证明自己的才华足以胜任巡抚一职，所以《明史》中说他“秦人爱之不如总督洪承畴，然其才自足办贼。”
《宸垣识略》中说，孙传庭虽然是陕西巡抚，但有一个特殊之处，朝廷不给他属下的军队拨发军饷，他们要自己解决军饷问题。
这是一个极大的挑战。
孙传庭到任之后，翻看旧档，发现在明初的洪武年间，陕西省所属的前、后、左、右四个卫原本都有囤地，大概是每个屯军军士有一顷地，也就是一百亩。《明史》中说，四卫屯军一共二万四千人，田地二万余顷。
每个军士的屯地每年征收二十四石粮食，其中十二石是正粮，直接交给军士本人，另外十二石为余粮，交入军库当中，作为军用。
如此一来，陕西四卫的军饷可以就地解决，不需要朝廷从别处调拨转运，经济而且合理。
但是，随着时间的推移，这种很好的屯田制度逐渐被破坏，屯田基本变成了私有财产，正粮直接交给军士，但交入军库的余粮都没有了。
孙传庭对此加以改革，仔细核查统计，查明现役的军士一共有一万一千多人，除了已经归属秦王府的右卫之外，其它三卫的屯地，根据土地的质量每顷征收十二石到十八石不等的粮食，折算成银两，一年总共可以收入十四万多两银子和米麦一万三千五百余石。这样就解决了军饷问题，又没有给军民和国家造成负担。
剿匪方面，孙传庭明确反对杨嗣昌的四正六隅之策，写了几千字的奏章，指出这个计划毫无益处。他认为，各地经过多年的战乱，兵疲民穷，苦不堪言，如果强行推行这个计划，结果必然是“贼不必尽，而害中于国家。”
孙传庭在行动上也极不配合，杨嗣昌给陕西巡抚划定的任务是招募当地士兵一万人，朝廷拨给饷银二十三万两，主要负责商、雒等地。孙传庭不理这一套，自己筹集了几万两银子，招兵买马，也不向朝廷汇报自己兵员的情况。
这些抗拒的言行，显示出孙传庭在政治上的幼稚。这些反对的唯一作用是让他得罪了杨嗣昌，以后处处受到杨嗣昌的刁难。
此后，孙传庭纵横陕西，剿灭各地农民军。总督洪承畴也大挫李自成，最终李自成只带着十八人逃走。到了崇祯十一年春天，“关中群盗悉平”，陕西的农民军全部被平定。
杨嗣昌一直倚重的熊文灿并没有什么能力，一直主张招降。而孙传庭始终主张大力剿杀，亲自率领大军东出潼关进入河南，要与熊文灿东西合击，歼灭河南匪乱。
进军途中，孙传庭接到熊文灿的檄文，要求他停止剿杀，不要破坏他的招降努力。孙传庭毫不理会，继续进军，很快又得到杨嗣昌的亲笔信。孙传庭只好撤兵。此后，熊文灿的招降努力宣告失败。
崇祯十一年十月，清军越过长城，北京戒严。陕西的洪承畴、孙传庭率军入卫，孙传庭为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督各镇援军，赐尚方剑。
大学士杨嗣昌提出，陕西将士可以留守蓟辽。孙传庭再次反对，认为把陕西秦军留在这里，会使陕西的贼势死灰复燃，“是代贼撤兵也”。而且秦军将士的妻儿都在陕西，他们在这里停留的时间太久，“非哗则逃，不复为吾用，必有贼用，是驱民使从贼也。”
杨嗣昌不理会孙传庭的意见，孙传庭想要见一见皇帝，当面陈述自己的主张，也被杨嗣昌阻拦。孙传庭又急又气，说自己的耳朵聋了，提出辞职退养。
杨嗣昌指责他装病，崇祯皇帝大怒，把他夺职为民，派专人前去调查，随后把他投入监狱，一关就是三年。
三年当中，熊文灿、杨嗣昌相继落败而亡，证明他们的策略是错误的。而孙传庭的预言不幸言中，陕西的形势再次恶化，李自成的势力重新兴起，席卷河南。
时隔三年，刚刚出狱的孙传庭匆匆带兵前往河南，去为开封解围，迎战自己的老对手李自成。只是时移势易，两个人的实力已经完全逆转了。
