最主要的原因是玄奘之前与唐太宗时期的老臣长孙无忌、褚遂良等人往来过多。李治当上皇帝之后，为了巩固自己的皇位，他决定铲除长孙无忌为首的大臣集团，而玄奘理所当然也被划入这个集团中。
从李治下决心清洗老臣的那一刻起，玄奘的日子便不太好过，他从来没有逃脱过李治的监视、打压。
还有一个原因则是玄奘的声望太大了，在民间极其受欢迎，让李治非常担忧。当然还有一个原因可能也比较重要，那就是废太子李承乾是玄奘的一个弟子。
我们都知道，玄奘西行取经，并不容易，他是私自从长安出发，随商队前往印度的，并没有拿到唐朝发放的过所（护照）。
在历经千辛万苦抵达印度后，玄奘跟随、请教过许多著名的高僧，还去过当时如日中天的著名佛教中心那烂陀寺，学习了很多佛经。学成以后，玄奘在曲女城无遮辩论法会上，等待十八天，结果无人敢于出来辩难，他因此不战而胜，名声鹊起，威震全天竺，被当时大乘行者誉为“大乘天”，被小乘佛教徒誉为“解脱天”。
643年，玄奘载誉启程回国，并将657部佛经带回中土。回到长安后，玄奘受到唐太宗的热烈欢迎，并得到长孙无忌、褚遂良等人的大力推崇。
因为玄奘本人的贡献，同时也加上朝廷的推动，当时玄奘的影响力非常大，甚至超越当时的佛教界领袖道宣大师（律宗祖师），整个长安乃至中国都对玄奘法师崇拜得不得了。
唐太宗去世后，有一些人想利用玄奘的声望影响政局走向，在这场政治斗争中，玄奘的得意弟子辩机和尚也因为桃色事件被杀（有人猜测是诬陷），经过此事之后，玄奘离开长安，前往道宣法师的道场，宣扬佛法，这几乎是被软禁了，直到晚年，才得以回到长安。
