近年来，历史学界有不少人为袁崇焕鸣不平，但很少有人为毛文龙的死喊冤。毛文龙在明末抗清的过程中地位特殊，他经常游离在明朝的军政体系外，同时也是对抗满清的先锋官。毛文龙到底犯了什么错，让袁崇焕认为他非死不可？
实际上，袁崇焕一开始就自己给自己下套，这才让局面变得难以收拾。
面对满清破关的压力，袁崇焕在崇祯面前夸下海口，说五年之内可以平定辽东。这几乎成为了袁崇焕的指导方针，袁崇焕说这句话，自然是雄心壮志，但在崇祯面前这么说，比立军令状还麻烦，因为一旦五年内无法平定辽东，那就是欺君的罪名。
为此，袁崇焕需要不顾一切地执行自己的方针和政策，而毛文龙则成为了自己最大的绊脚石。
袁崇焕抵达山海关不久，就意识到自己五年内消灭不了强大的八旗军，所以他只能尽力采取进攻的策略，通过一些局部胜利来拉后金和谈。为此袁崇焕势必要将辽东的所有资源掌握在自己手里，而毛文龙的存在，让袁崇焕浑身不自在。
彼时毛文龙的管理区域，和袁崇焕距离很远，在辽西，而袁崇焕在辽东。毛文龙名义上听袁崇焕的，但是却无法完全服从，而毛文龙的地盘却对清军更具威慑力，因为从辽西可以攻入清军的后方，让其首尾难顾。但是袁崇焕需要叫停毛文龙的袭扰，以跟后金进行谈判。但毛文龙不听。因为彼时明朝后勤保障严重不足，毛文龙袭扰清军后方，其实是在给自己争取物资补给。
因为这一个不应该存在的矛盾，袁崇焕和毛文龙最终走到了不可调和的对立面。
毛文龙有向独立军阀发展的可能，这也是袁崇焕不能容忍它的原因。而袁崇焕斩杀毛文龙的莽撞做法，也把自己推上了深渊。
