一般来说，历史学界主体上认为，南明王朝可以大致分为三个历史时期：弘光时期、隆武时期和永历时期。其中，弘光帝和隆武帝在位时间太短，而永历帝在位十多年，所以主体来看，永历帝算是南明的主要组成部分。
而永历帝的生活相对稳定，是在西南地区做皇帝时期。这一时期看起来也是永历朝廷的高光时刻：毕竟，那时候南明大将李定国击杀两位清朝王爷，南明抗清事业也一度出现起色。
但是从本质上来看，这一时期的南明永历朝廷，其实更像是披着明朝外衣的大西政权。
1、南明的转变
早在崇祯帝在位期间，明廷就对内外局势感到无力控制：一方面，关外的建州女真利用魏忠贤祸国期间实现了壮大，所以皇太极在崇祯初年，就不断骚扰明朝边陲，甚至还有了本钱绕道喜峰口包围京城。另一方面，农民起义更是风起云涌。崇祯帝虽然也想努力改变局面，但一方面明朝此时早已病入膏肓，另一方面，崇祯帝也不具备扭转乾坤的能力，所以，崇祯帝在位第十七年，李自成的农民军包围京城，崇祯帝对人世间深感绝望，于是选择自杀。
明朝残余势力很快在南京重建朝廷，这便是南明弘光朝廷。在这之前，明朝大将吴三桂则请清兵入关打击李自成。而这个主张，其实也是弘光朝廷当时想做但还没来得及做的事情——对于弘光帝来说，联虏平寇是南明朝廷的国策。
当代很多人认为南明朝廷的这个主张愚蠢，但却忽略了很重要的一点：那就是在家天下的时代里，天下是皇家的。所谓的与百姓共治天下不过是现代电视剧的一种娱乐宣传。而在皇帝眼里，天下人无所谓汉人胡人，只有化外与化内的区别。对于弘光帝来说，打击李自成、张献忠，是自己必须提出的主张，否则也必然落下口实：毕竟，李自成逼死了崇祯帝，是乱臣贼子，张献忠挖了朱家祖坟，也是乱臣贼子。
在南明朝廷和清军的前后夹击下，李自成很快败亡。张献忠也在撤退的路上遭遇清军，被清军射杀。张献忠临终之前也意识到当时的局势，于是告诫他的几个义子：明朝三百年正统，大西军可以接受南明招安。
而到了南明永历帝在位期间，永历帝也只能考虑依靠大西起义军来维持朝廷的运转。
2、永历朝廷与大西政权
张献忠去世以后，他的四个义子继续主持大西朝廷的大局：而张献忠的四个义子中，孙可望成了事实上的首脑，但这个首脑地位，毕竟不能和张献忠在世的时候相提并论。而这种割据，也为后来的历史发展埋下了因果。
直到南明永历五年（清朝顺治八年，西元1651年），孙可望等人宣布尊永历帝为皇帝，并使用南明旗号。而当时的永历帝所拥有的，也仅仅是南明皇帝尊号这个空头衔。所以，此时的南明朝廷，虽然名义上还是南明，但其内核，依旧是孙可望主导下的大西政权。
当然孙可望骨子里并不是真的想尊永历帝为皇帝，而是打算自己做皇帝，使用永历帝的名义为自己正名：即将来可以胁迫永历帝禅位给自己，然后自己做新王朝的皇帝。孙可望的行为引发了大西农民军的内讧，最终，孙可望在斗争中失势，于是投降清军，并为清军提供了大量关于大西起义军的内部情报，为清朝消灭西南地区的抗清力量，提供了巨大的帮助。
