元朝时期的部队建设有这几个种类，蒙古军、汉军、探马赤军等。远在草原上的蒙古族人，依旧是民兵合一的游牧社会生活，打仗的时候出兵，不打仗的时候就放牧生活。而在汉族人的地方，将士们的生活来源主要采取是固定的军户中签发。
在蒙哥二年（1252年），当有了大规模的人口时，就已经指明了要区分军户和民户。所以到中原的很多蒙古族人以及被收编的金朝和宋朝的降军人家，都是以军户落户的；另外还有就是一些学习汉族或者其他民族的人民也陆陆续续被新落为军户，这些人中基本都是由中户充当的。
如果是军户的人家种田，可以免收税粮等四顷，称为“赡军地”。蒙古军、探马赤军以及汉军降军的军户，都是由奥鲁来统一管理的。而奥鲁主要工作职责，第一是在军户中让发丁男来充军，并且及时立即起征亡故军人的“户下弟男”来充当军役，用以补充自己军队出现的少员。第二是发展负责人员按时为该奥鲁的正在服役的军人置办鞍马、器杖、盘费等。拥有蒙古军、探马赤军的奥鲁，也是从属于该奥鲁当役军士所在的万户，千户集团下，而汉军的奥鲁则由所在的城市地区管民官兼领。新的附军，也就是南宋降军则没有设奥鲁。
元朝的军事防御体系分为京师(大都)守备体系和全国守备体系。元朝成立后，忽必烈继承了成吉思汗的制度，即四级军阀轮流为朝廷服务。他们被派去守卫朝廷，常驻人数超过万人，直接由皇帝或者信任的大臣控制。禁军被用来守卫首都和领土，到元朝末期，已经有30多部禁军被安置在大都。由于进入中原的军队是如此强大，以至于其中相当大的一部分被纳入了守卫队的亲军。而全国的守备部队布局，主要是由蒙古军和探马赤军守备部队组成。
华北、陕西、四川等蒙古地区，由蒙古军的万户府(元帅府)率领，属枢密院。在南方地区，蒙古、汉族和新盟军都驻扎了守备部队，防御重点主要是沿江地区。隶属各省的驻军由枢密院指挥。日常事务分配给各省，但枢密院控制着诸如国防等更重要的军事事务的调度。全国的军队和马匹总数只有皇帝和枢密院的蒙古官员了解清楚，各省的军队和马匹总数也是只有主管的蒙古官员才知道。
