崇祯登基后,魏忠贤失去了靠山天启皇帝的庇护,他的心里隐隐觉得不安,但是让他始料未及的是崇祯皇帝下手比他预计得要早了一点,崇祯皇帝在处理魏忠贤一事上显得很有手段,也隐隐有明君之风。
崇祯先从魏忠贤集团的外围入手,就像挖掉一颗大树之前先挖掉它下面的泥土,崇祯皇帝登基一个月之后就将魏忠贤的对食、天启皇帝的乳母客氏赶出宫去,“九月时,命奉圣夫人客氏出外宅”,这样魏忠贤在宫内就失去了一个得力助手。
接下来倒霉的是魏的爪牙陆万龄、崔呈秀等人。在魏忠贤如日中天时谄媚魏的监生陆万龄,遭人弹劾后被崇祯皇帝下旨打入大狱;而魏忠贤在军方的代表,兵部尚书兼左都御史崔呈秀则被崇祯皇帝下诏查办,崔呈秀畏罪自杀而死。
在魏忠贤的爪牙慢慢被拔掉之后,崇祯皇帝准备开始对魏忠贤下手了。天启八年(1627年)十月二十五日,此时距离崇祯皇帝登基才刚刚两个月,吏部主事钱元悫上疏弹劾魏忠贤,在钱的奏疏中,钱将魏忠贤与历史上的权奸们——王莽、梁冀、赵高、桓温等人相提并论,指出魏的狼子野心,但是此时崇祯并没有轻举妄动只说知道了,但是无疑已经起到了敲山震虎的作用,魏和魏的党羽都已经开始恐慌了。
第二天,十月二十六日,嘉兴县贡生钱嘉征参魏忠贤十条大罪,并帝、蔑后、弄兵、无君、克剥、无圣、滥爵、滥冒武功、建生祠、通关节。这十条大罪每一条都切中魏忠贤的要害,尤其前几条每一条都可以要了魏忠贤的命。魏忠贤得知后向崇祯皇帝哭诉,崇祯命人一一宣读,听完之后魏忠贤觉得大势已去,从无人敢参他,到两天之内连续两道奏疏弹劾,要说没有准备都没有人相信。
十一月,魏忠贤再也支撑不下去了,于是上疏辞去司礼监和东厂太监的职务,而崇祯则顺势接受并批准其退休,而之后魏忠贤又上疏辞去爵位,并将田宅等财物上交,但是树倒猢狲散,失势的魏忠贤马上受到了更多的弹劾。
随着魏的罪责不断被揭发,崇祯皇帝越来越震怒,罪责将其发配到凤阳皇陵让其为朱元璋的祖宗看守皇陵,但是被发配的魏忠贤却仍然十分嚣张,他装了四十箱珍宝,还带领这豢养的几百个家丁,一路护送前往凤阳,根本不像一个被发配的犯人,而向是一个搬家的富豪。
得知消息之后的崇祯皇帝愈发的震怒,于是下旨将其捉拿回京。兵部接到旨意后,立即派人前去追赶已经出京的魏忠贤,最终在河北省阜城县追上魏忠贤。而在之前魏忠贤已经得到密报,知道崇祯皇帝已经派人前来捉拿他,知道自己无处可逃的魏忠贤只得选择上吊自杀,一代权阉就这样结束了自己的生命。
崇祯皇帝虽然是亡国之君,性格上有着优柔寡断和急躁的缺陷,但是在继位之初处理魏忠贤的事情中却表现出了一个明君的智慧,眼看大明中兴有望,但是在之后的十几年中,崇祯皇帝的缺陷不断的暴露,最终导致大明王朝积重难返,走向了灭亡。