朱棣赢得“靖难之役”胜利后，是如何对待朱允炆兄妹以及留下的子女呢？
1402年，朱棣克南京，即位称帝后，将他的侄子吴王朱允熥爵位降为郡王广泽王，居漳州。三个月后，将其召回废为庶人，禁锢于凤阳。
朱允熞是朱允炆同胞弟弟，朱标第四子，封衡王，因战事未就藩。朱允熞同他哥哥朱允熥、弟弟朱允熙一起被降为郡王怀恩王，居建昌。同年，同他哥哥朱允熥一道被召回京城，废为庶人，禁锢于凤阳，直至去世。
徐王朱允熙未就藩，年龄尚小，仅十二岁，侥幸逃过朱棣的清算，以敷惠王的身份与其母吕氏住在朱标陵墓旁，侍奉朱标之死。朱允熙不幸被烧死在府邸大火之中，年仅十六岁。朱棣在他死后也罕见地给予了他谥号“哀简”，成为唯一在永乐朝被赐予谥号的朱标子嗣。
朱标除生下以上三子外，还生有长女江都公主、次女宜伦公主、三女和四女南平郡主。长女江都公主，初封江都郡主，1395年下嫁长兴侯耿炳文子耿璿，朱棣登基后，耿璿誓死不愿臣服，被杀死，江都公主被降为郡主，不久忧郁而死。次女宜伦公主，初封宜伦郡主，朱棣夺位成功后，其被降为郡主，安然无恙，永乐十五年下嫁平民于礼。三女，生平不详。四女南平郡主，1412年去世，死后被朱棣追封为南平郡主。
朱允炆两个儿子分别叫做朱文奎和朱文圭，朱文奎从出生那天就被立为了太子。朱棣攻入南京城时，朱文奎6岁，他和父亲建文帝一同消失。朱文圭只有2岁，被朱棣持续地囚禁在皇宫内，明英宗让朱文圭重获自由，在获释后不久便撒手人寰，终年58岁。
