闯王率一万人马，打算闯潼关入河南发展，因为部下都觉得陕西地区贫穷，呆下去没什么出路，想到富裕的河南发展。结果中了洪承畴和孙传庭的埋伏。在南原大败，只剩18骑突围，潜入陕西商洛山中 休养安顿，收拾残部。在这期间，大将郝摇旗因平时享受惯而不能吃苦，想拉人马出走。闯王无责怪为难他，送钱送马给他，感动了摇旗，日后摇旗率部再次回归。
李自成之所以在商洛山这个穷山区安息养生，整顿人马，离不开百姓的支持。义军军纪严明，对百姓秋毫无犯。闯王的堂弟奸淫妇女，闯王挥泪斩之，不讲人情。义军打劫大地主的山寨开仓振济百姓，因此深受百姓拥护，军民如鱼水情。官军一有什么消息，百姓就是义军的耳目。
闯王在商洛山做了四件事，第一智取大地主张家寨，解决了部队粮食问题还振救了灾民。先令部将黑虎星故意去攻打，然后他派大将田见秀假意去解围，向寨主张守敬示好，使他上钩中计，得以攻破这座坚壁山寨。
第二闯王轻装只带五十人，到古城会见己投降明朝的张献忠，劝其趁洪承畴回京勤王（因清兵入关）之际，造反起义。闯王此行风险极大，几十人深入张献忠的驻地，随时有被张献忠消灭的危险，因张献忠忌禅闯王日后会和自己争霸，而可能趋此除掉以绝后患，大家都极力劝阻，但闯王却坚信张暂时不敢害自己，因为他对张还有利用价值，他的存在会减轻官兵对张的压力，唇灭而齿寒。而事实闯王判断是对的，张对闯王礼遇有加，还送了财物和一百士兵给闯王，此行非常成功。不及张献忠古城起义，大大分散了明军的注意力。
第三郑崇俭率明军三路围剿商洛山，宋家寨地主宋文富想和明军内外勾结，一举攻破商洛山关口野人峪，龚取义军老营。而义军将计就计，假装不知情况，却预先埋伏军队，诱使宋文富来劫寨而歼灭之，攻破宋家寨，明军无法入山。
第四闯王轻装简从平叛石门寨土匪哗变，粉碎了明军入山的计划。石门寨的土匪想勾结明军，献出石门寨这个隘口，石门寨一破，义军无险可守，而此时义军多数将领得了传染病，闯王一身是胆，只带了五十人，凭三寸不烂之舌，采用分化瓦解策略，争取了丁国宝等人，果断处斩了为首的两名土匪首领，挽回了危局。闯王做了土匪的统战工作。他对众人讲“过去的事既往不究，以后不能再犯，人非圣贤，孰能无过，知错能改，是为俊杰，不论干了什么事，现在收了心，就是好哥们”。闯王的感化挽回了兄弟们的心，大家众志一成城抵御明军。
官军三路进攻计划都粉碎了，商洛山稳如磐石，义军积蓄力量，为曰后出山进取中原作好了准备。
