对于这次巨大灾变，明末清初的志、史书中多认为，起因是“王恭厂灾”，意为皇家部队的火药库引起的；也有认为是地震引起的，究竟是不是呢？
王恭厂明中叶一度制造过火药。古代制造火药系为兵卒释放作为联络信号，部队战斗实力全靠大刀、长矛等“十八般”武器，并非靠炸弹。王恭厂名不符实，只是几个老北京的“四合院”，驻有士兵，其规模都比不上现代中国乡、镇办的鞭炮厂大。即使是四合院内火药成堆，但中国古时的黑色炸药威力很小，就算全部点着，也不过将四合院以及周围的房屋烧光，焚为平地而已，决不会死伤数千数万人。特别是当时的司礼大监若愚明确记叙，“王恭厂”是负责管营建的皇家部队后勤部。有钱、粮草、马匹是真的，也不排除有储备火药的库房，所以将都城灾变一起推给王恭厂爆炸是错误的。当然，王恭厂也在爆炸范围内，居住附近的百姓说王恭厂有铁砂纷纷飞散，但这是在“蘑菇”云、“灵芝”云落地之后，冲击波摧毁了小火药储蓄室必然的结果，绝非王恭厂失火引起的灾变。史、志各书如实记载这次灾变“不焚寸木”，“焚燎之迹全无”，也完全证明王恭厂是灾变的受害者，根本不是灾变的罪魁祸首。
罪魁祸首是谁呢？是地震吗？如今国家地震局、地震出版社皆可用史料、数据证明，当时没有发生地震。
又有人认为，这个300多年前发生之事的谜底与不明飞行物有关。而比较接近谜底的论证，要数3位美国科学家提出的，是一个由反物质组成的陨石，意外地闯入太阳系，才导致了这场灾难。
那么什么是反物质呢？世界由物质组成，物质由分子组成，分子由原子组成。原子皆带电荷，电子带负电，质子带正电。但是，有没有带正电的电子，带负电的质子呢？应该有。这样就构成了反质子、反分子和反物质。
现代物理学家们已经发现了反物质，也计算出“半克”的“反铁”与半克正铁相结合产生的爆炸威力，比1945年在日本广岛爆炸的原子弹还要大数倍。不过，仍有许多科学家持反对意见。由此可见，当年北京大爆炸还没有定论。
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