明朝时期，郑芝龙与荷兰——双方围绕日本市场贸易间的较量，1638年（宽永15年）4月6日平户荷兰长官尼古拉斯至江户参府时，幕府的阁老便询问他：如果禁止葡萄牙人前来日本贸易，荷兰是否能提供相当的丝织品来满足日本的市场。
在葡萄牙人未被禁止贸易之前，荷兰在日本市场最大的竞争对手便是葡萄牙。现在日本打算禁止葡萄牙人贸易，荷兰人自然是求之不得，对于日本提出的是否能满足丝织品市场需求的询问，荷兰人信心满满的回答能够。
不仅如此，为了打消日本人想让中国商船直接前往日本以满足丝织品需求的念头，第二年参府的长官卡隆还向日本人解释了中国与日本之间贸易的非法性，因为中国前往日本的贸易皆为走私，而荷兰与中国之间的贸易却是合法的，能够为日本带去充足的中国丝以满足日本市场。
1639年日本禁止葡萄牙前往日本进行贸易，这其中必然受到荷兰人这番话的影响，对此，荷兰人认为是在日本市场取得的重大胜利，葡萄牙退出日本市场后，荷兰人在日本几乎已经没有对手，他们对于日本市场的前景充满乐观，企图垄断日本市场。
日本市场的丝织品大多来自中国，而荷兰人想要获得中国的丝织品只能依靠郑芝龙进行贸易。1634年之后，福建巡抚发放三张通往大员贸易的通行证，荷兰与中国之间的贸易开始走上合法路径，但是大员的贸易情况没有得到很大的改善。
平定刘香之后，其势力逐渐壮大，对贸易的控制也逐渐加强，并形成垄断之势。与荷兰人的贸易一直都由郑芝龙一手包办，1634年4月18日“军门已发出三张可以其大员自由贸易的通行证，一张给Bendiock、一张给Sidina，即Jochoo，第三张给许心素的父亲的兄弟Jochim”。持有通行证的商人方可去大员进行贸易。
这三人当中，Bendiock是郑芝龙的部下，很早之前就为郑芝龙代理海外贸易，所以三张通行证就只有两张可以为其他商人前去大员所用，但事实上真正能去大员进行贸易的商人少之又少。据《热兰遮城日志》记载，郑芝龙凭借职务之便利，不准其他商人与荷兰人进行贸易，或者收以重税，形成垄断之势。
为了阻止其他的商人前往大员贸易，郑芝龙不允许他们前往，除非向他缴纳一定的税，这些税使得前去大员贸易的商人无利可图，所以大家都不愿意在前往大员。
除此之外，郑芝龙还让手底下的商人排挤另外获得通行证的商人。如此一来，通行证不过成了摆设，所有未经过郑芝龙的船而进入大员的商品都变得无利可图，而搭乘郑芝龙船的商人不仅可以不用交税，而且能得到郑芝龙的保护，即使没有通行证也可畅通无阻，虽有被明朝官府捕获的例子，但终究是极少数，郑芝龙对贸易的垄断已经渐渐形成。
这种垄断的局面对荷兰来说是极为不利的，葡萄牙与西班牙退出日本市场之后，正是荷兰人占据日本市场最有利的时机，但是因为郑芝龙的垄断，导致供货不足，从大员运至日本的丝货不仅没有增加，反而有下降之势。为了改变这一局面，郑芝龙与荷兰之间的第三次贸易协定应运而生，但是与之前两次贸易协定一样，郑芝龙只是签署，但没有认真执行。
向大员输入的货物，郑芝龙采取手段，使运输的商船晚到大员，同时禁止其他商船进入大员，以此来胁迫荷兰人提高大员生丝的价格，并且让荷兰人接受质量很次的商品。另外，郑芝龙表示会禁止中国的商船前往日本，但是其实郑芝龙本身就是前往日本贸易的积极践行者，甚至开通了直接前往日本的航线。
关于郑芝龙为何开辟由安海直通长崎的航线，陈碧笙在《郑成功历史研究》中认为，“郑芝龙不甘心对日贸易的利益被荷兰人独占，除了部分船舶仍开往台湾外，开辟了一条由安海直通日本长崎的航线，把中国丝绸及其他产品运销日本。”
究其原因，除不愿利益被荷兰人独占之外，应还有以下几点：首先，日本禁止葡萄牙人前来贸易之后，澳门的贸易形势急转直下。郑芝龙除供大员的商品之外，也向澳门的葡萄牙人提供商品，澳门到长崎的航线也是郑芝龙对日贸易的一条重要航线，此线路被切断之后，郑芝龙对日商品的输出量必然有所下降。
其次，大员资金的短缺使得中国的商人不愿意将商品运往大员。大员资金短缺的状况由来以久，1637年至1639年便一直处于资金短缺的状态，“今天下午有一艘商船自安海来从已经在这里的中国人得悉，公司已没有银，必须等候日本有银来才能付款，他们仍表现得非常不满”。为了解决资金短缺的问题，荷兰人不得不以3%的月息来支付欠款。
1638年，资金短缺情况再次出现，荷兰人只能以胡椒、丁香、豆子等货物来充抵货款，并以1.5%的月息支付欠款，但是中国商人对下降的月息感到不满，并表示如果月息低于之前的3%那么他们将会把已经运来的货物再运回去。几度协商之后，荷兰人将月息上调至2.5%，却仍然没有使中国商人感到满意。
1639年资金短缺的情况再次出现，这使得中国商人犹豫不前，不愿再将货物运往大员。商人不愿意与缺乏资金的荷兰人做生意，这也是郑芝龙开辟直接前往日本航线的重要原因。前往日本的航线开辟出来之后，郑芝龙集团对日货物输出急剧增加。
“1641年共有97艘中国戎客来到长崎。郑芝龙占六艘，运进307担生丝和909担丝织品，其他中国船运进965担生丝和440担丝织品。”虽然郑芝龙的船并不多，只占十分之一，但是运进日本的生丝和丝织品却占到总数的二分之一和三分之二。“1642年，来了三艘中国船，郑芝龙一艘约载三十万两货物，其余两艘约二十万两。”
可见郑芝龙不仅垄断了中国前往日本的运输，并且运进日本的货物将近占了日本市场的一半，郑芝龙的这种垄断贸易的做法，使得荷兰人极为不满——“正如我们在大员的人认为，那些作恶之徒，特别是贪得无厌的一官，故意以各种借口不输出其货物和黄金，以达到他垄断贸易的目的，迫使我们出高价购货。对此，我们必须采取适当的措施对付。”
而荷兰人所采取的措施，就是劫掠郑芝龙前往日本的商船。荷兰人以第三次贸易协定为据，认为郑芝龙派往日本进行贸易是违背了二者之间的贸易协定，那么荷兰人就有理由以武力的方式来维护自己的权益：“他们若违章行事，我们则应以武力来维护，打击所有在海上活动的中国人。”
鉴于之前在海上劫掠商船给荷兰人带来的“海盗”名声，荷兰在决定对郑芝龙发起武装进攻，抢夺其前往日本的商船前，给长崎的奉行写信，以求得到他们的理解。不过，郑芝龙与日本关系良好，早年发迹之时，就在日本发展，并娶了日本人为妻，并与李旦交好，在当地颇有名望。不仅如此，当时的郑芝龙还受到幕府的召见，位于日本平户岛上的一块郑成功遗迹碑上就有“幕府召见，问以外国事”的记载。
可见，郑芝龙在日本是很受欢迎的，这也为今后与日本的贸易打下了基础。葡萄牙人与西班牙人退出日本市场之后，郑芝龙与荷兰人一样将其视为一个发展对日贸易的绝佳机会，遂积极展开与日本之间的贸易，而日本方面也有意通过中国的货物来弥补市场货物的不足，所以，日本人不同意荷兰人打击郑芝龙商船的做法。
1643年9月9日，长崎的奉行告知荷兰人严禁劫掠中国的商船，如此一来，荷兰人原定以武力打击郑芝龙的计划便没有得逞，不过荷兰人没有就此死心，转而在郑芝龙的信仰上做文章。郑芝龙早年间在澳门为西班牙人工作，于是便信奉了天主教，并取了教名“尼古拉斯·加斯巴尔德”。日本是严禁天主教的，于是荷兰人便指出郑芝龙信奉天主教，是天主教徒，希望借此来恶化郑芝龙与日本的关系。
1644年9月16日，在属于郑芝龙的中国商船上发现了一名天主教徒，日本由此对所有来日本的中国商船都严加搜查，一经发现有天主教徒就严厉惩治，一时之间，所有在日的中国商人都人心惶惶，不知前途如何。
1644年11月11日在由澳门前来的商船上再次发现中国天主教徒，《荷兰商馆长日记》记载：“澳门的船抵达长崎，同船的中国人几乎都是天主教徒，被送往大村牢狱，有15人被监禁在当地，其中6人被拷问到死。”
荷兰人借机发难，传言不禁止中国商人前来贸易，就无法根绝日本的天主教，抹黑郑芝龙。但是在1644年之后，在郑芝龙的商船上就再也没有发现天主教徒，又因郑芝龙与日本的渊源颇深，于是日本方面对此事也就不了了之。
总的来说，荷兰人两次借机打击郑芝龙，最终都没有得逞。日本禁止荷兰武力打击中国船队后，荷兰人在中国前往日本的航线上便没有出现劫掠中国商船的事件，但不意味着不会在其他地区施行。
