刘裕得知青泥惨败的消息，又不知刘义真的死活，爱子心切，下令整顿军队，准备再次北伐。侍中谢晦等大臣苦苦相劝，刘裕就是不听。不久，段宏回来了，而且还带回了刘义真。
刘裕登上悬崖峭壁的石头城，遥望西北，慨然泪下。
一万多名跟随自己出生入死的将士，抛骨西北群山之中，长安得而复失，北伐大业化为泡影，此恨难消。强行北伐，能有十足把握吗？一旦有所差池，一生的心血岂不白费，自己已是五十有四的人了，折腾下去，老天爷留给自己的时间还够吗？刘裕叹了一口气，无奈地自语：“此恨难消也得消，还有更重要的事情要办呢！”
刘裕所说的更重要的事情是——取东晋王朝而代之。
刘义真回到彭城，晋廷将他降为建威将军兼任司州刺史，提拔段宏为黄门郎，兼领太子右卫军。不久，刘裕又将刘氏子弟安排到各地任方面大员：
刘义真为扬州刺史，镇守石头城；三儿子刘义隆为荆州刺史；弟弟刘道怜为徐、兖州刺史；刘道怜的儿子刘义庆为豫州刺史，各地军政大权牢牢地掌握在刘氏家族手中。
随之，刘裕又召回刘遵考，命毛德祖前去接替，退守虎牢关，以保潼关以东地区。此时，赫连勃勃在关中称帝，消息传来，刘裕雄心骤增，跃跃欲试：
赫连勃勃能在关中称帝，我刘裕就不能在江南当天子吗？
义熙十四年（418年）十二月，彗星从天津星穿出，进入太徽星，过北斗，联结紫薇星，历时八十多天才消失。北魏皇帝拓拔嗣相信天文术数，对这次星变惊恐万分，征召名儒、术士，问道：“天下四分五裂，各自为主。这次星变所暗示的灾难，会应在哪一国？我很害怕啊！”
崔浩回答说：“天灾异变的发生，通常照应人间的大事，如果人间的统治没有发生问题，又有什么值得畏惧呢？当年王莽篡汉，彗星出入的方位正与今天相同。咱们魏国主尊臣卑，百姓安分守己，应无大事，但晋室日趋没落，恐危亡不远矣！彗星出现，预示着刘裕将要篡位称帝。”
“一百五十多年的晋王朝，难道真要寿终正寝、被一个赌徒破落户接管吗？”拓跋嗣将信将疑地问，“南朝不是讲究门阀身份吗？崔浩:“那都是老皇历了。”
“不可思议，太不可思议了。”
崔浩：“那我们就拭目以待吧！”
刘裕确实要篡位，但却不敢贸然行动，因为晋王室气数未尽，不可逆天而行。
刘裕所说的气数未尽，指的是当时盛传的“昌明之后有二帝”这句谶言。
昌明指的是孝武帝司马曜。上天告诉世人，司马曜死后，东晋王朝还有两任皇帝。司马曜之后是安帝司马德宗，而依谶言所示，安帝之后还有一位皇帝。司马德宗正当壮年，简直就是一个白痴，白痴无忧无虑，寿命长很，而他的后面，还有一位司马家的皇帝。
刘裕实在是等不及了，安排心腹王韶之贿赂内侍，让内侍找机会对晋安帝下黑手，改立皇弟司马德文。
晋安帝的弟弟司马德文，谒陵回京都后，似乎看破了刘裕的心事，成天待在皇帝哥哥身边，寸步不离左右，连皇帝的饮食，他也总是自己先尝，然后才让晋安帝进食。
王韶之等人无机可乘，晋安帝得以多活几天。也许是晋安帝命数该绝，司马德文竟然无故生病了，不得不到宫外的府邸休养。
王韶之趁司马德文出宫之机，立即进宫，命跟班抓起皇帝平常穿的衣服，将晋安帝活活勒死了。晋安帝暴毙的消息立即从宫中传出来，丧事还没有办，遗诏也随之颁布：奉请司马德文继位。
司马德文明知有变，无奈宫廷内外都是刘裕的人，想理论也找不到对象，只得无奈地接受事实。
刘裕立即依“遗诏”之命，立司马德文为帝，以应谶言帝数，司马德文就是东晋最后一个皇帝：恭帝。
第二年，司马德文改年号，称元熙元年（419年），立王妃褚氏为后，依历代故例，大赦天下，加封百官。再进封刘裕为宋王，又加给十郡采邑。
刘裕这次照单全收，并将幕府迁到寿阳，又命朝臣代他向恭帝申请加赐殊礼。
恭帝只是一个傀儡，对于刘裕的要求，不敢怠慢，立即允准刘裕佩戴帝王礼冠，建天子旌旗，拥有天子规格的仪仗。
刘裕当即封王太妃为太后、继母萧氏为太后，称世子刘义符为太子，竟然与晋廷无二。
勉强过了一年，刘裕已五十七岁了，自思时日不多了，急欲篡位，却又不好启口，只得宴集群臣，向他们暗示自己的心思。元熙二年（420年）正月，人们熬年守岁，期待来年吉祥如意。刘裕在石头城宋王府举行了一场盛大的晚宴，文武百官该来的都来了。
酒过三巡，刘裕捋着胡须，若无其事地说：“当年桓玄篡位，晋国大权旁落。是我首先提倡大义，复兴皇帝宗室，南征北讨，平定了天下，可谓大功告成，业绩卓著，这才敢接受九锡礼。但是，我现在已经老了，地位又如此尊崇，无以复加，天下的事最忌讳装得太满而盈溢出来，我想将这爵位奉还给皇上，回到京师颐养天年，你们觉得怎么样？”
刘裕主动请退，大出所有人的意料，群臣没有摸清他到底想要做什么，不敢乱表态，官场上混的人，都是一些老油条，大家纷纷赞颂刘裕的功德，奉承话说了一大堆
。
正话反说，刘裕心机深沉，心中的秘密隐藏得很深，满朝文武竟然无人能理解刘裕的真实意图。想做皇帝便是谋反。作为臣子，这样的事情当然说不出口。既然别人不懂他的心事，只能自己讲，要讲就得有策略。我要退休了，言外之意，如果想留我，就得加官，王上再加官，那就是皇帝了。
刘裕听到大家的奉承，不但没有一丝喜悦，反而流露出一种惆怅的情绪。
酒宴罢，夜幕已降临，群臣散去，中书令傅亮刚走到门外，突然灵光一闪，恍然大悟，惊叫道：“我懂了！我懂了！”
傅亮领会到了刘裕的意图，急忙返回，此时宫门已闭，傅亮叩门请见。刘裕召他入殿。傅亮进殿后，只说了一句话：“我想我应该回京一趟。刘裕终于笑了，终于有人明白他的意思了，面露喜色。傅亮知道自己猜中了刘裕的心事，当即告辞出门。
刘裕只说了一句话：“需要多少人护送你？”
“数十人就足够了。”
傅亮出宫的时候，已是半夜时分，只见彗星划过夜空，傅亮拍腿叹道：“我以前不信天象，今天看来，天象真能应验啊！”刘裕遣走傅亮后，安静地等待好消息。
几天之后，果然有圣旨召刘裕回京。刘裕命四子刘义康镇守寿阳。刘义康年纪还小，刘裕便任命参军刘湛为长史，帮助决策和处理日常军政事务，然后带着亲军，起程回京。刘湛有做宰辅之志，常以管仲、诸葛亮自比，博览书史，却不喜做文章，不爱空发议论，刘裕很器重他，将寿阳交给他打理，很放心。
这一天，司马德文在偏殿接见傅亮。傅亮行过叩拜礼后，单刀直入地说：“宋王功德隆重，人心久归，愿陛下效法尧禅舜，以应天命。
刘裕来到建康后，晋恭帝司马德文已预感到司马家的好日子就要到头了，但他心里并不慌乱，
因为他心里明白，自己的皇位是捡来的，得之太易，失之也不必太过悲伤，因为本来就不属于自己。
因此，很坦然地回答说：“我随时都做好了准备，如果你认为时机到了，那你们就拿去吧！”
傅亮是有备而来，他从袖中取出早就起草好了的诏书，呈上，说：“臣拟好了一份禅位诏书，陛下如果没意见，那就请抄一遍吧！”
该来的总是要来，不属于自己的总要失去，晋恭帝司马德文早就料到有这一天，看完傅亮呈上的禅位诏书，对左右侍臣说：“
桓玄之乱，我晋朝已经失去天下了，全仗刘公仗义兴师，才得以延续将近二十年，今天禅位给他，我是心甘情愿的。
”于是提笔将诏书抄写一遍，随之诏示天下。
禅位诏书既下，群臣请晋恭帝司马德文出宫。
“我连天下都不恋，还恋宫吗？”晋恭帝司马德文说罢，随即退出皇宫，回到旧宅居住。
晋王朝从晋武帝司马炎代魏，到晋恭帝司马德文禅让帝位给刘裕，前后经历两晋155年的历史。
刘裕得到禅位书，装出一副谦恭的样子，假意推辞一番。然后才在南郊登坛，祭告天地。回宫后，驾临太极殿，接受百官朝贺，大赦天下。改晋元熙二年为宋永初元年（420年）。封晋帝为零陵王，迁居故秣陵城。刘裕即帝位，定国号为宋，改年号为永初。
新皇帝登基，照例要大赦天下，向天下宣布，凡行为不道德、受过舆论抨击的人，一律清除罪名，使之改过自新，这就是新皇帝的大赦天下。大赦天下是历朝历代新皇帝登基表示仁政的一项举措，但大赦的范围还是有所讲究，比如十恶不赦的死刑犯就不属于赦免对象，等等。刘裕的这项赦免，似乎欠考虑。
裴子野议论说：当年虞舜姚重华接受国家大任，流放共工、欢兜、三苗、鲧等四凶；武王征服殷商，将顽劣的遗民迁到洛阳。
任何时候，天下的善恶标准都是一样的，刘裕一概免除触犯众怒的人的罪名，做得太过分了。
刘裕登上帝位，国号为宋，南朝第一个皇朝诞生，刘裕成为开国武皇帝，中国历史上正式进入南北朝时代。
刘宋开国没有发生动乱，寻常百姓为刘裕北伐中原的赫赫战功所折服，战功满足了人们的虚荣心。
江南的门阀士族们也被闹市口砍杀胡人血淋淋的场面所震慑，没有人有胆量站出来唱反调。
有人将刘裕比作曹操，但曹操除诗词文章超过刘裕之外，无论是自身才干、事业、性格，还是政治、军事上的作为，都要逊刘裕一筹。就像崔浩评说的那样，刘裕出身微贱贫寒，没有一寸土地可以凭借。曹操呢？虽说是官宦之后，难与袁绍等世族豪强相比，但东汉宦党势力熏天，曹操陈留起兵，得到曹氏、夏侯氏、卫兹等地方豪强的鼎力相助，远非刘裕可比。
刘裕登基之后，追尊父亲刘翘为孝穆皇帝，母亲赵氏为孝穆皇后，奉继母萧氏为皇太后。
追封亡弟刘道规为临川王，刘道规没有子嗣，刘裕将刘道怜的次子刘义庆过继给刘道规。晋封弟弟刘道怜为长沙王。
追册亡妃臧氏为皇后。立长子刘义符为皇太子，封次子刘义真为庐陵王，三子刘义隆为宜都王，四子刘义康为彭城王。加封尚书仆射徐羡之为镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，领军将军檀道济为护军将军。那些迎奉新主的晋室旧吏，基本上也都得到封赏。
晋临川王司马宝降为西丰县侯。始兴、庐陵、始安、长沙、康乐五公变为县侯，允许他们仍然供奉晋室旧臣王导、谢安、温峤、陶侃、谢玄的宗祀。追封王镇恶为龙阳县侯，刘穆之为南康郡公。
刘穆之的儿子刘邕承袭父亲刘穆之的爵位，但却没有得到重用，有些人不理解，询问刘裕这是为什么。刘裕回答说：“我不知道刘邕是刘穆之的儿子吗？但此人有奇癖，太不近人情，给他一个实职，还不知他会捅出什么大娄子呢！”
刘裕所说刘邕的奇癖，指的是刘邕嗜食疮痂的癖性。刘邕初到南康郡上任时，下属吏员有二百多人，不问有罪无罪，每人都用鞭子痛打一顿，直到见血为止，这些被打的人伤口结的痂，都要送给刘邕。刘邕要这些痂做什么呢？吃，他认为这些血痂就是人间美味，食之其味无穷。这件事传到刘裕耳朵里，觉得非常恶心，故而不重用他。
封雍州刺史赵伦之为安北将军，徐州刺史刘怀慎为平北将军，征西大将军杨盛为车骑大将军，西凉公李歆为征西大将军，西秦主乞伏炽磐为安西大将军，高句丽王高琏为征东大将军，晋升百济王扶余映为镇东大将军。
西凉公李歆，相传是汉朝将军李广的后裔，父亲名叫李暠，曾在北凉担任敦煌太守。后来，李暠自称西凉公，与北凉脱离关系，攻取沙州、秦州、凉州等地，在酒泉建立都城。李歆继位以后，曾派使者到江东向晋廷朝贡。当时，晋朝还没有灭亡，封他为酒泉公。
刘裕受禅后，加封李歆为大将军。后来，北凉主沮渠蒙逊攻打西凉，击毙李歆，李歆的弟弟敦煌太守李恂也以身殉国。李歆的儿子李重耳逃往江左，因路途遥远，便投入北魏，传到第五世，有子孙叫李渊，就是后来的唐高祖。这是后话。
刘裕是一个爱面子的人，西凉被灭，按理说应该出兵讨回面子。但事实却不是这样。因为他既是一个爱面子的人，同时还是一个明白人，他知道，自己老了，儿子们都还小，宋室初创，江山并不稳固，如果此刻出兵，有可能找回了面子，却让里子破了，只得停止远征，先巩固国内。
当时晋朝虽灭，但零陵王还在，万一将来零陵王死灰复燃，岂不是贻祸子孙？刘裕左思右想。决定再下辣手，斩草除根。
晋恭帝司马德文也是一个明白人，有了兄长的教训，退位之后更加谨慎，与结发妻子褚灵媛形影不离，为防止被人毒杀，一汤一水都是褚灵媛自己动手。前面已经说过，该来的总是要来，不属于自己的总要失去。司马德文的性命，早就不属于他自己了。
琅邪郎中张伟接到刘裕的命令，让他带上一罐毒酒去给司马德文送行。张伟感叹地说：
“毒死君王以求自保，只能是遗臭万年，这样的事情我能干吗？
”张伟不敢违抗刘裕的命令，但不愿自己背负弑君之罪而遗臭万年，于是他毅然决然地做出决定：自己“享”用了那罐毒酒。
刘裕当然不会善罢甘休。永初二年（421年）九月，刘裕再一次派褚皇后的兄弟褚淡之和褚叔度携带毒酒前往零陵。
褚淡之和褚叔度到零陵后，先把姐姐叫出来，名义上是拉家常，实际是引开褚皇后。三名随行的士兵乘机跳墙入室，向恭帝司马德文进毒酒。
司马德文是一个信佛的人，看着毒酒摇头说：“佛教教义，自杀的人不能转投胎为人身，我怎么能做这种事呢？”意思是说，要我的命你们自己拿。几个士兵听了司马德文的话，也不犹豫，抓起床上的被子，盖在司马德文身上，几个人压在上面，活活把他给闷死了。司马德文死时年仅三十六岁，只做了半年皇帝。篡位而杀前朝皇帝，从刘裕开始。一报还一报，日后南朝末帝基本都是非正常死亡，几乎都是被新皇帝派人弄死的。
把人弄死就算了，可刘裕还要假充好人，“朝率百僚举哀于朝堂”，大开 “追悼会”。刘裕篡晋自立，后世史家却极少有微言相加，什么原因呢？
因为刘裕武功盖世，莫可伦比：东灭慕容超，西擒姚泓。甚至野心勃勃如赫连勃勃、觊觎得利如北魏拓跋氏这两个强悍的政权，对刘裕都怀有畏惧之心，不得不说刘裕真是个顶天立地的男子汉！
从刘裕起头，开始屠害前朝帝君，南朝北朝相蹈此习，龙子风孙连根深除，婴孩不免。
以刘裕的赫赫战功，得天下也是水到渠成之事，但“其为人神所愤怒者”，则是篡位弑君的下流阴毒行为。
晋恭帝“欣然”让出皇位，刘裕仍忍心诛除，而杀人者要想自己后代子孙免于被杀，就未免流于天真可笑了。
刘裕当了皇帝，一心想治理好国家，无奈岁月不饶人，精力逐渐衰退，加之在战争年代身上留下的伤痛，疾病越来越多。永初三年（422年）春，刘裕病了，卧床不起。
长沙王刘道怜、司空录尚书事徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军檀道济等入宫探视，见刘裕经常发出呓语，请求向神灵祈祷。刘裕不许，只派侍中谢方明到太庙焚香，把病情向祖先报告。经医官的精心诊治，加之静心调养，病情才逐渐好转。
刘裕身体痊愈之后，命檀道济镇守广陵，督管淮南各军。
太子刘义符向来喜欢与下人嬉戏亲昵，刘裕得病后，更是如此。谢晦颇为忧虑，刘裕病好之后，便对刘裕说：“陛下年事已高，应为万世江山作想，好不容易得了天下，应该交给稳妥的人。”
刘裕听后问道：“庐陵王怎么样？”
谢晦说：“臣还不大了解，让我前去看看再说吧！”
庐陵王刘义真得知谢晦的来意，盛情接待。谢晦与其天南地北聊过之后，回来向刘裕报告：“庐陵王才华有余，德量不足，没有人君之气概。”
刘裕于是命刘义真镇守历阳，督管雍、豫等州军事，兼任南豫州刺史。不久，刘裕再次病倒，病势比上次更严重。有时蒙头睡觉，竟然看见无数冤魂前来向他索命，甚至连晋安帝、晋恭帝也常来光顾，经常被噩梦惊醒。刘裕吓得汗流浃背，暗想连鬼魂都常来光顾，看来是劫数难逃。
于是将太子刘义符召到病床前交代后事：“看来朕的阳寿已尽，有些事情必须向你交代 清楚。”“父皇不必多想，”刘义符安慰道，“您的身体定能康复。”
“你听着。”刘裕吩咐说，“檀道济这个人虽然有才干，精于谋略，但他没有野心，不像他的哥哥檀道韶，有一种难以驾驭的气质；徐羡之、傅亮追随朕多年，当然不会有其他企图；谢晦多次随我南征北战，善于随机应变，将来如果有问题，一定是谢晦。我死之后，你立即将他调往会稽、江州等郡，这样才能免除后患。”
随后，刘裕亲自写下遗诏：“
后世如果出现年幼的君主，朝中政事一概委托宰相，皇太后不得监朝。
”徐羡之、傅亮、谢晦、檀道济共同接受遗命。
永初三年（422年），纵横天下的宋武帝刘裕仅仅做了两年皇帝，便因病与世长辞，时年六十岁。历史永远会记住这位雄图大略、用兵如神、气吞万里如虎的平民大英雄。刘裕为人，本性节俭，称帝之后，也常穿着木屐，在神虎门外散步为乐。
他一生中两次北伐，撑起了整个南朝时代的立国基础，对于汉民族文明最终不为鲜卑等异族君主的野蛮暴力所残灭，应该说立下奇勋。此外，由于他出身寒门，深知民间疾苦，当皇帝后采取了诸多行政措施，相对减轻了当地人民的负担，并对世家大族的横暴侵占进行了严厉打击，抑制了豪强势力。
刘裕的财产全放在国库里，宫内没有私藏。岭南曾经进贡过一种细布，一筒竟能容纳八丈长。刘裕认为这种布太精美，耗费人力，于是命有关部门弹劾岭南太守，把进贡的细布还给当地，并下令岭南禁止生产这种细布。刘裕最大的遗憾是未能平定中原。
人们把原因归结为称帝野心，这只是一面之词。东晋的北伐军激起征服地区人民的反抗才是统一大业迟迟不能完成的最根本的原因。
历史期待一位真正的英雄，一位融合天下各民族的大英雄。太子刘义符即位，史称少帝，尊皇太后萧氏为太皇太后，生母张夫人为皇太后，册立皇妃司马氏即晋恭帝的女儿海盐公主为皇后。命尚书仆射傅亮为中书监、尚书令，命他与司空徐羡之、领军将军谢晦同心辅政。
长沙王刘道怜病逝，少帝刘义符追封他为太傅；太皇太后萧氏已八十余岁高龄，因刘裕去世，过于悲伤，没过多久，也与世长辞，新皇帝追赐谥号 孝懿。宋廷接连遇到大丧，忙得不可开交。新皇帝刘义符只有十七岁，童心未泯，只知道嬉戏玩耍，一切居丧礼仪，全都交给辅政大臣们去办。
特进致仕范泰实在看不下去了，上书规谏，却引来一顿臭骂。徐羡之、傅亮、谢晦等几位辅政大臣也是随时劝导，少帝刘义符仍然是左耳进，右耳出，根本不当一回事。大臣都认为刘义符是一个扶不起的阿斗，格外担心，不料北方强敌又乘隙入侵，河南各州郡遍遭兵革之祸。宋廷调兵遣将，又惹起一番战争。这就是刘宋和北魏交兵的开始。
