洪武三十一年四月，七十一岁的朱元璋，或许是他感到大限将至命不久矣，于是他定下计谋，让皇太孙朱允炆在他死后照办。同年六月，朱元璋驾鹤西去，举国震动，在朱元璋的后事处理之上有两件事至今让人费解。
一是出殡时间。古代皇帝，特别是大一统王朝的皇帝，驾崩后到出殡一般都有两三个月的时间，主要是让朝廷大臣、后宫嫔妃、皇子皇孙等等来吊唁的，过程也是非常繁琐。而朱元璋作为一个大一统王朝的千古大帝，在其死后不足七天，很多子孙还没来得及祭拜，朱允炆就把朱元璋出殡了，后来这成了朱棣靖难的理由之一。
二是出殡仪仗队。不光是皇帝登基的排场宏大，一般皇帝死后葬礼的排场也是非常宏大的，皇室、京城上下官员全部都要倾巢而出，出灵抬棺72人，引幡64人，后面卤薄仪仗有数千人，浩浩荡荡，十分威风，抬棺木的扛夫，每班有128人，分三班轮流抬送。而朱元璋的出殡仪仗则不同，南京十三个城门都有出殡仪仗队同时出城，阵势完全相同，让人难辨真伪，不知道哪一支是真的哪一支是假的。
正因为这个原因，所以后世关于朱元璋真正的陵墓在哪里，就有了很多传说，主要有四个地方。一是南京朝天宫，二是北京万岁山，三是玄武湖附近，四是城外其他的地方或是朱元璋的故乡等等。这些猜测都认为明孝陵的地宫其实空的，里面只有马皇后，而没有朱元璋。
由于史书失载，关于朱元璋的陵墓建筑，缺乏必要的工程档案资料，加之在民间还有朱元璋葬于以上四个地方的传说，以及下葬时十三个城门出殡等历史记载，所以600年来一直成为人们心中的一个谜。比如清朝赵执信在《万岁殿》中说，朱元璋不是葬在孝陵，而是葬在了万岁山。
由于明孝陵一直保存完好，里面究竟有没有朱元璋，只能靠猜测而没有确切的答案。只能期待着科技的发展，在不破坏陵墓的情况，对明孝陵进行勘察，或许能揭开谜底。
