看到朱棣的大军已攻占浦口，而城内又有人接近大开城门，建文帝情知大势已去，借着一场大火销声匿迹。此时手握胜利果实的朱棣，反倒不着急了。看到群臣的反复劝谏，戏码已经做得差不多了，他才“不情不愿”地出来表示：为了祖宗基业可以登基称帝，不过他也有一个条件。
那就是他继承的是朱元璋的皇位，这一切与建文帝无关，为此他还把建文帝的年号给废掉了。当然此时他已是一言九鼎，朝堂上下也没有人敢对此有何非议。然而就在他当皇帝的那天，偏偏有两个女子不应景，投进了秦淮河里自尽。在查明这两个女子的身份后，朱棣暴跳如雷，这究竟是怎么回事呢？
其实接到案子的应天府尹很是左右为难，因为这天正是皇帝登基的大喜日子，贸然报上去肯定会遭来雷霆之怒，然而这两个女子的身份又太过特殊，使得他还是不敢有丝毫的大意，第一时间报了上去。其实这两个女子不是他人，正是关在大理寺中的方孝友的女儿。
可能大家对他很是无感，不过说到方孝孺，也许大家就恍然大悟了——此人正是这两个女子的伯父。为了让自己登基时风光排场，在登基前一日，朱棣特意找来方孝孺，希望这位大儒能够代劳即位诏书。然而方孝孺却死活不肯答应，还出言讥讽朱棣的皇位来路不正，被朱棣给投进了大狱。
方孝友作为弟弟，得知此事后和妻儿老小交代后事，毅然前往监狱陪兄长赴死。投河自尽的，正是方孝孺的两个侄女。有人为了抹黑朱棣，就说他把方孝孺诛灭十族，其实这完全是经不住推敲的。因为方孝友的两个儿子，在此前均已自杀，两个侄女也是在皇帝登基当日浮尸秦淮河。
得知真相后，朱棣当然是出离愤怒了，原本未被捉拿归案的方氏一族80余人，此时也悉数被捉拿下狱。大家知道的所谓“诛灭十族”，其实是源自祝枝山所撰的《野记》——此时距离方孝孺被杀已过去了80多年，因此其中真伪还真是颇有商榷之处。
从明史来看，也只不过是说了方孝孺被灭族，但并没有讲到被灭十族。从朱棣本人来说，他此举也是为巩固皇权的迫不得已。然而在震慑建文旧臣的同时，他又毁掉了方孝孺生前的鸿篇巨著，造成了巨大的损失，也是无可非议的。只不过经此一事倒是成全了方孝孺，使得他成为后人广为推崇，然而由此连累的无辜之人，也实在是太多了！
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