明朝建立后，因西南地区地处偏僻，远离中枢，而且山高林密，瘴气弥漫。以当时的生产力水平和技术条件，中央政府很难在那里实现直接统治，因而实施了一种土司制度，即由部落酋长担任世袭的土官，对其领地实行自治。
朝廷在这些地区也设立官署和卫所，派兵屯田，并推行汉化，以期化夷为夏，使当地土著逐渐融入中华。但是朝廷官员并不具体管理当地的行政事务，所以，土司制度实际上是一种松散的羁縻统治，使得朝廷在那里的影响有限。
为了有效控制各个土司，明朝采用平衡策略，即不让某个土司做大，如果有一个土司的势力过于强大，朝廷就支持其他较弱小的土司去对抗他，这样可以使土司们都有求于朝廷，从而不得不听命于朝廷。
但是这种制度并不成功，土司们对汉化政策十分抵触，而朝廷在那里的力量相对薄弱，无法形成有效震慑，所以土司们敢于对抗朝廷。有明一代，西南地区的叛乱时有发生，比如持续多年的“大藤峡盗乱”就让圣人王阳明耗尽了最后的精力。
频繁的西南叛乱，甚至影响了明朝的皇家血脉和政治走向。朝廷在镇压一次反叛时，将一位土司的女儿纪氏掠进宫中，她后来成了明孝宗朱佑樘的母亲，而明孝宗又是明朝最好的皇帝，开创了弘治中兴。明史称：“《易》曰：‘无平不陂，无往不复，艰贞无咎。’知此道者，其惟孝宗乎！”
在弘治十二年，也即1499年，贵州普安州又爆发了一场大规模土司叛乱，这次叛乱几乎使贵州当地的明军被全部消灭，高级官员死伤殆尽，最后从邻近各省征调了八万大军，历时五个月，才将叛乱扑灭。
叛乱的起因是普安州苗族土司隆畅的家庭矛盾。 隆畅有个美貌的妻子叫米鲁，是沾益州土司安民的女儿。隆畅还有一个前妻生的儿子叫隆礼，但隆畅和隆礼关系不睦，《明史》没有记载父子不合的原因，但《明实录》中说是“听营长阿保等之谗，由是父子相雠。”意思是隆畅受了手下一个叫阿保的挑唆。而这个阿保不仅挑唆隆畅父子，还暗中与米鲁私通。
后来，米鲁“被出”，也就是被休了，回娘家居住。《明史》没说米鲁被休的原因，但《明实录》说她“以罪见逐”，虽然没提是什么罪，但很可能是她与阿保的私情被隆畅察觉了。
后来，隆畅日渐衰老，隆礼继承了土司职位。米鲁听说后，就让阿保去游说隆礼把自己接回去，隆礼果然接回了米鲁，但是米鲁和隆礼也私通了。后来，米鲁、隆礼、阿保三人之间的苟且被隆畅知道了，他大怒，杀了隆礼，还领兵摧毁阿保的寨子。阿保便带着儿子阿鲊与米鲁一起兴兵进攻隆畅，接连攻破百余座寨子，杀了许多人，还抢了很多牲畜。隆畅不敌，逃到了云南。
朝廷派驻当地的总兵官是东宁伯焦俊，他和巡抚钱钺听说这件事后，就一起给双方调解，米鲁同意和解，并去云南接回隆畅，但是在途中，她毒死了隆畅。
隆畅还有一个妾叫适乌，生有二子，居住在南安。米鲁想把他们也都杀了，于是又带兵攻南安，并开始公开反叛。她在普安修筑了三个寨子，令阿鲊等人防守。她把自己所居的寨子命名为“承天寨”，自号“无敌天王”，出入都打着大黄旗，四处袭杀朝廷官兵，掀起了持续五年的“米鲁之乱”。
然而米鲁和隆畅一开始只是家庭纠纷，是什么原因导致她造反呢？《明史》和《明实录》都语焉不详，只说“既而阿保米鲁等为乱滋甚,数攻寨堡杀伤官军,屡抚不听。”
但是我们可以来分析一下，米鲁是在接受总兵和巡抚的调停后才造反的，在这之前，她只针对隆畅，并不反对朝廷，但是调停过后，她不仅杀了隆畅，连他小妾的儿子也一并要杀，而且直接起兵造反了，所以，这次所谓的调停是“米鲁之乱”的导火索，米鲁一定是在调停中受到了不公平对待，因而被激怒了。
从《明史》和《明实录》中透露的信息来推理，这次反叛很可能是这样引起的：隆礼是隆畅的长子，按土司继承制度的规定，他世袭了土司之位。但隆畅喜欢小妾适乌，因而爱屋及乌，也更喜欢适乌的儿子，想让他继位，于是借口隆礼与米鲁私通而将他杀了。米鲁本来是隆畅的妻子，虽然被休，但又被隆礼迎回，所以她无论作为老土司隆畅的妻子还是新土司隆礼的情人，都是这个家族的女主人。隆畅杀隆礼，不仅破坏了土司继承制度，还剥夺了她的一切权益，这就是她要对隆畅刀兵相见的原因。
这种老君王因喜爱年轻姬妾而试图废长立幼，结果导致祸乱的情节在中国历史上一再发生，作为熟读经史并富有政治经验的明朝官员，钱钺和焦俊应该对这种事再熟悉不过，知道这种事情会导致什么严重后果，因此他们是应该知道怎么去公正处理的，然而他们却偏袒了隆畅和适乌一方，原因肯定是得了好处。明朝地方大员的贪污受贿是普遍现象，钱钺和焦俊想来也是此道中人，结果他们把调停变成了妄判，使米鲁从憎恨隆畅变成了仇恨朝廷。只有这样来解释米鲁在调停之后会变得如此极端，才符合逻辑。
米鲁起兵后，得到许多土司或头人的支持和响应，见于史料的就有福佑、阿旧、阿满、六坠、扯鲊、享杂、阿黑、阿鸡、涉索、阿刚、绑密、陡崖、鬼者、束于、黑松、三宝、阿黑、紫塘、大章、逻廷等众多山寨，其中还有一位叫米孕的女头领也领兵加入了米鲁的叛军。米鲁能一呼百应，证明当地土著不仅在这场土司继承争端中都同情米鲁，还非常敌视朝廷。
米鲁的势力迅速扩大，镇守官员见叛乱爆发，便调动十个卫所的官军以及当地土兵一万三千人分路进攻米鲁，同时责成米鲁的父亲安民协助朝廷出兵平叛。安民为了自保，果真派兵进攻阿保，并在查剌寨将阿保父子斩杀，算是给了朝廷一个交代。但是焦俊等官员没有见好就收，还逼着安民交出米鲁。但安民怎么可能伤害女儿，他不仅没有照办，还暗中出兵五百，帮助米鲁袭杀了隆畅的小妾适乌和她的两个儿子。至此隆畅家族除米鲁外，已无土司继承人，于是她公开要求朝廷让她继土司之位，作为她归顺的条件。
米鲁在杀了隆畅和适乌后，已经据有了隆畅的财富，凭着这些财力，她对当地镇巡官员大肆行贿，这些人都受了贿赂，于是开始替她说话。他们以招抚米鲁，平息战乱为借口，请求朝廷对米鲁的反叛罪行给予宽宥，并答应她所提的要求，米鲁从一个贿赂的受害者变成了受益者。然而明孝宗毕竟是一位明君，他没有被这些官员蒙蔽，而是严旨切责，要求必须对米鲁加以讨伐，将她抓获，予以惩处，以正国法。
明朝官员的贪婪和徇私很快招来了恶果，米鲁在花了大量钱财后，没有得到她想要的结果，反而要被征讨，心中对明朝更加怨恨。弘治十四年，也即1502年七月，米鲁率军攻打平夷卫，贵州都司发兵增援。但是按察使刘福却借机向米鲁索贿，米鲁将计就计，给他好处，于是刘福故意延缓出兵，使米鲁赢得了部署伏兵的时间。结果官军在进到阿马坡时，落入米鲁的伏击圈，一战下来，官军死伤惨重，数十名将领阵亡，都指挥使吴远被俘。
眼看米鲁势大，贵州镇守太监杨友请求朝廷增援，南京户部尚书、左副都御史王轼临危受命，前往贵州督办军务。
但是王轼还没到贵州时，杨友又试图招降米鲁，米鲁诈称愿降，引诱杨友上钩，将其活捉。1502年十二月二十一日，米鲁叛军袭击了官兵的盘江大营，明军再次遭歼灭性打击，大批军政要员在袭击中丧生。史料记载，死于此战的将领包括贵州右布政使闾钲、按察使刘福、都指挥李宗武、郭仁、史韬、李雄、吴达等人。这些都是三品以上的高级官员，至于同知、佥事、镇抚、千户、百户、旗总、小旗等中下级军官的死伤更是不计其数。经过这两战，包括“三司”在内的贵州文武官员全部被杀，数万官军几乎全军覆没，仅剩少量官军死守普安州，勉强保得普安州不失。至此，贵州既无主事官员，也无可战之兵，而米鲁的声势则达到了顶点。
王轼到任后，见贵州已无兵可用，便调集广西、湖广、云南、四川官军和土兵共八万人，于1503年一月分八路进军。官军中有一员老将王通，他本是一名退休的都督，这次自告奋勇，领兵出征，可见王轼率领的大军士气很盛。
在官军绝对优势兵力的进攻下，米鲁仍拼死抵抗，王轼指挥大军经过五个多月的征剿，终于击败米鲁的叛军，俘获一千三百一十五名，斩首五千一十三级，救回被活捉的太监杨友以及被米鲁掳去的五百八十名男女，夺回被叛军抢走的三万三千余头牲畜。1503年三月二十七日，米鲁在尾笼寨的战斗中被土官知府凤英临阵格杀，并枭首示众。到五月，米鲁余党全部被消灭，历时五年的叛乱终于平息。
出人意料的是米鲁的父亲安民经过申辩居然得到赦免，没受任何处罚，史载：“安民自辨，得赦”。朝廷又让隆畅的另一个小妾适擦世袭了土司之职。从这些处理来看，朝廷对土司势力仍十分忌惮，不敢过于杀伐，虽然明知安民参与叛乱，也不敢过于追究。
王轼于五月十一日率军班师回朝。后来，王轼根据这次平叛战役写了一部《平蛮录》，详细记录了这次战争的过程。
王轼
“米鲁之乱”虽被扑灭，但导致的后果非常严重，“毒流千里，屯堡为之丘墟；祸及两藩，生灵为之涂炭。”云贵两省的民生凋敝，屯兵卫所遭到重创。由于明朝卫所官兵都是世袭的军户，父亲战死后由儿子接替。贵州官军的覆没，使大量卫所官兵父子两代相继死于战场，许多家族男丁死绝，姓氏无以延续。而贵州卫所军户大多是明朝初年随傅友德“南征入黔”内地官兵后裔，中国人最重血脉传递，内地宗祠在修族谱时，必然会知道入黔分支的悲惨结局，在社会上引起的恐慌可想而知。
贵州官军在这场战乱中的表现，使明朝政府意识到了卫所军官世袭制的弊病，开始重视以武举考试选拔将领。
明朝一开始并没有设置武科，后来虽然设立了，却不受重视，并不定期举行考试。“国初武科本无定制，间尝举行，后以六年为率，士之登进者，众不过三十二人，寡不过二十人，盖取之不广，故习者少也。”由于没有前途，所以民间习武和钻研兵学的人很少。之所以如此，是因为明初猛将如云，而通过武举选拔的武将，被认为没有实战经验，难堪大用。“米鲁之乱”使卫所世袭将领的腐败无能暴露无遗，朝廷才开始注重通过武科从民间选拔能征善战的将领，到嘉靖朝形成了定制，从中涌现出了戚继光、俞大猷、沈有容、孙祖寿等国之干城，这也算是这次战乱为明朝人才选拔制度带来的些许改变吧
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