在景祐元年的殿试中，宋仁宗在继承前代经验的基础上，索性让御药院雕印考题及其出处，考试时发放给考生，这样既避免了殿试上请的混乱现象，也因御药院内臣雕印、发放试卷，不至于使考题外泄。殿试中上请的混乱问题，促使宋代皇帝积极寻求对策，也促使了御药院开始参与殿试事务。
此后，御药院很快在殿试活动中具有了传宣法令、公文的职权。宝元元年，知制诰李淑上奏说，现行的殿试条令，原是贡院编修的，有许多不足之处，需要重新修订，请求宋仁宗下诏命殿试诸考官制定新条令，然后到御药院取索应该条贯。嘉祐六年，宋仁宗在崇政殿，亲试进士、明经诸科举人，命御药院公文二道，传宣精加考校，即御药院受命传宣皇帝的两道公文，让考官认真考校试卷。
除此之外，宋仁宗在嘉祐五年下诏规定，进入宫中工作的殿试考官，需要在御药院的监押下进入宫中。如果以上御药院参与殿试事务，只是偶尔发生的个案的话，那么以下的记载则说明其参与殿试事务、行使殿试职权发生了重大变化。
宋仁宗宝元二年后，御药院正式具有颁示殿试考官条令、监督弥封试卷两项重要的殿试管理职权，御药院由个别参与殿试事务，发展到以正式的制度条文予以确认，由殿试活动的参与者转变为管理者。其中，在宝元元年时，宋仁宗还只是让人到御药院取索应该条贯，是否具有颁示殿试考官条令的职权还很模糊，此时以制度法令的形式予以认可，明确其具有此职权。
关于御药院弥封试卷的实践活动，出现在宋神宗熙宁三年。是年，宋神宗令中书门下制定新的殿试试卷弥封样本，御药院予以检查审核，然后誊录送交考校官，行使监督弥封试卷的职权。同年，宋神宗下诏命殿试诸考官，依照御药院给出的图纸安排工作场所。此处，御药院具有了安排殿试考官工作地点的职权。
熙宁六年，宋神宗下诏御药院的初考官，负责撰写武举殿试的策题。宋哲宗时期，御药院的职权又扩展到审核特奏名方面。绍圣元年，三省上奏提出当年特奏名考生的资格，并欲令礼部贡院审会，并特与奏名，许就殿试，及关御药院依例施行。
