东晋自司马睿开国江左以来，一直处于士族门阀的轮流支配之下，形成门阀政治的格局，而除了元帝司马睿、明帝司马绍稍有作为以外，其他皇帝都是几乎傀儡般的存在。到了简文帝司马昱时，这种皇权不振、士族专权的局面更达到极点，桓温完全掌控了朝廷大政，连谢安都视其为"君"，史称"政由桓氏，祭则寡人"，而他的野心则是要简文帝"禅位于己"，达到倾移晋鼎的目的。简文帝登基仅八个月便得了重病而亡。于是朝议确定，皇太子司马曜登基为帝，是为孝武帝。崇德太后又以司马曜(yao)年幼，又在为大行皇帝服丧为由，再次命桓温行周公居摄故事，就在晋室命悬一线、不绝如缕的关键时刻，各家士族门阀联手阻止了桓温篡晋的阴谋，确保了司马曜的顺利即位及东晋王朝的延续。
晋孝武帝司马曜(352年——396年11月6日)字昌明，是晋简文帝的第三个儿子，母李陵容。372年—396年在位25年。
桓温死后，门阀政治的格局依然延续。由于孝武帝年幼，为了防止桓温之弟桓冲等谯国桓氏人物继续专权，谢安在桓温死后请出孝武帝从嫂崇德太后褚蒜子第三次临朝听政。谢安和王坦之在拥立孝武帝、匡扶晋室的过程中立下大功，自然也得到报偿。所以，东晋实权仍由士族门阀把持，只不过由谯国桓氏逐渐转移到太原王氏和陈郡谢氏手中。
太元八年(383年)八月，前秦天王苻坚下诏大举攻晋，试图统一中国，淝水之战终于爆发。苻融战死，苻坚中了流矢，单骑北逃，朱序乘乱投奔晋营，东晋获得淝水之战的胜利，保全了东晋王朝的国运。淝水之战是中国历史上以少胜多、以弱胜强的著名战例，并给后人留下了著名的历史典故和成语。如"投鞭断流"、"风声鹤唳"、"八公山上，草木皆兵"等，一直脍炙人口。
淝水之战后，东晋趁北方大乱之机，收复了巴蜀及山东河南大片失地，一直打到黄河北面的邺城。后来由于翟魏、西燕、后燕等胡族政权的反攻加上东晋朝廷的内斗，东晋在淝水战后所收复的淮北土地至孝武帝末年又大部丧失。
司马曜利用士族门阀人才断层的空档期，致力于冲破门阀政治的格局，恢复司马氏皇权，遂以其弟司马道子代替谢安执政，并成为东晋开国江左以来最有权力的君主，这也是孝武帝当政的最大亮点。
孝武帝与乃父简文帝提倡玄学不同，而是标榜儒学。孝武帝还实施弘扬佛教的文化政策。司马曜是汉族王朝第一个公开信佛的皇帝，他在宁康三年(375年)遣使请高僧竺法义"出都讲说"。
武帝司马曜生逢东晋书法艺术兴盛之时，他本人也是一位书法家，擅长行草书。宋代《淳化阁帖》收录了他的《谯王帖》，但只残存了首行，这也是孝武帝唯一传世的书法作品。孝武帝亦善于属文，有《孝武帝集》二卷，可惜已亡佚。孝武帝还喜爱作诗，在宴会之后经常乘酒兴作诗赐侍臣，但诗歌内容低级趣味。
太元二十一年(396年)九月二十日，孝武帝在后宫清暑殿中与张贵人一起喝酒。孝武帝喝高了，对张贵人开玩笑说:"你年近三十，美色大不如前，又没生孩子，白占着一个贵人的名位，明天我就废了你，另找个年轻貌美的姑娘。"张贵人听了后内心妒火中烧，而烂醉如泥的孝武帝毫无察觉，玩笑越开越厉害，张贵人遂起杀心。她先让孝武帝周边的宦官们也喝醉，等孝武帝和宦官们纷纷醉倒睡去后，她召来心腹宫女，乘孝武帝熟睡之际，用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。史上仅出现两次后宫弑杀皇帝的案件，一是张贵人谋杀司马曜，另一则是明世宗时宫女杨金英等人谋杀嘉靖帝未遂事件。
司马曜被杀时年仅三十五岁。死后庙号烈宗，谥号孝武皇帝，葬于隆平陵。
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