明武宗正德年间,为强化镇压职能,又在东西厂之外设立内行厂｡其不仅侦缉官民,而且还操纵､控制､监视东西厂,权力更在东西厂之上｡
锦衣卫由保卫皇帝安全的侍卫亲军组成,是皇帝最亲信的贴身禁卫军,主要负责皇宫警卫及皇帝出行仪仗事宜｡
1382年,朱元璋为了有效控制臣民,赋予锦衣卫侦查､逮捕､审讯等司法权,并直接对皇帝负责,大理寺和刑部不得过问其审判活动｡锦衣卫下设南北镇抚司,南镇抚司主管本卫军､匠人员纪律,北镇抚司专理诏狱,设有专门监狱｡
1387年,朱元璋又明令禁止锦衣卫干预司法｡但到永乐年间,又恢复了锦衣卫干预司法的职能,并一直延续到明末｡
厂卫制度是明朝始创并独有的,是受皇帝指使的法外司法机关,具有独立的侦查､缉捕､审讯权｡厂卫不受法律和司法程序约束,而有一套特殊的手段和程序,可监视各类会审,可随意到各级官府或各地侦缉､查讯,可自设法庭对犯人进行随时随地刑讯问罪,可制造口供､迫害异己､严刑定案､任意杀戮｡这些做法严重破坏了正常的司法制度,加深了统治阶级的内部矛盾,官僚与厂卫之间的冲突也日益激烈,成为明朝中后期的一大政治弊端｡
