淝水之战后，北府兵崛起，成为皇室和世族争夺的一支举足轻重的力量，谢玄死后，刘牢之缺乏政治头脑， 一叛王恭，二叛司马道子兄弟，三叛桓玄。首鼠两端，终致败亡。
刘裕在灭掉南燕之后，回师平定了卢循、徐道覆之乱，派朱龄石入川征讨四川焦纵的割据势力，又西进荆楚剪除刘毅割据势力，又诱杀诸葛长民，将异己逐一歼灭。刘裕清除了自己经营河洛的后顾之忧后，又西进攻打司马休之宗室势力，逐步控制了东晋朝政。
后秦边疆不稳，国内又有储位之争，姚兴宠爱次子姚弼，姚弼想取太子姚泓而代之，成为后秦储君。
内部倾轧不已，外又强敌环伺，内忧外患之下， 后秦内部人心惶惶，为刘裕北伐提供了可乘之机。
因孙无终荐举，刘裕转入刘牢之麾下，担任参军，随刘牢之平定孙恩起义。后桓玄叛乱，刘牢之投降桓玄，桓玄逼迫刘牢之自杀后，刘裕联合北府旧将讨伐桓玄。
刘裕在起兵消灭桓玄之后，逐渐将目光向外拓展，灭南燕以保障江淮，从而拱卫东晋北部边疆，也进一步将兵权牢牢控制在自己手中， 同时向朝廷宣示其功劳。
刘裕灭南燕之后开始将争夺重点由外向内转移，所以和勤王旧人中颇有实力的刘毅之间的矛盾不断激化，最终演变为军事相攻，刘毅被剿灭之后，又处死诸葛长民，从而完全控制了朝中实权，又因为长江中游重镇江陵武昌为东晋宗室司马休之占据，为了清除其掌控东晋朝廷的障碍， 进而占据金陵上游的战略要地，发动了征伐司马休之的战争。
刘毅，江苏沛县人，出身官僚家庭。桓玄篡逆，刘毅与刘裕、何无忌、诸葛长民等北府旧人合谋，元兴三年(404年)二月，起兵讨桓玄，在北府旧人集团中逐渐成为仅次于刘裕的领袖人物，在勤王战争中立有大功。桓玄反叛结束后，刘毅出任青州刺史。
桓玄死后，余党桓谦、桓振起兵荆楚反抗朝廷，为刘毅所败。刘裕以刘毅节度荆楚诸军，以震慑桓氏旧部，保障长江上游的稳定。
刘毅权力得到空前提高。当时刘毅与刘道规同驻夏口(今湖北省武汉市黄鹄山上)，一举歼灭桓振的反叛，刘毅被擢升为左将军。
义熙四年(408年)正月，刘裕为了进一步控制朝廷政局，企图入朝辅政，遭到刘毅坚决反对，刘毅提议：“以中领军谢混为扬州刺史，或欲令裕于丹徒领扬州，以内事付孟昶。”
刘穆之的主要意思是可分为以下几层：一、晋室失政已久，天命已移；二、刘裕复宗庙，功大位高，受人猜忌；三、政治视野不能太过局限；四、起事诸人，势均力敌，终究不能相容；五、扬州战略位置，靠近京畿，自相兼领，有备无患。
刘穆之这一番谏言，目的有在于：
第二，刘裕平定桓玄，功高位重，有进无退。如果此时刘裕将自己的政治志向定位为守藩之将， 利用控制军事藩镇来维护其地位，这显然不可取 ，守藩之将虽然可以开府培植地方势力，但是终究难以染指朝政，朝廷若收归兵权，地方势力很容易土崩瓦解，必然为人所制，陷入被动。
若单纯控制扬州而不控制朝廷大权，军事脱离政治的支持，终究无法独立生存。所以刘穆之建议刘裕对内挟天子以令诸侯，对外控制扬州战略位置，委培亲信，屯驻重兵以防止勤王旧人中实力派觊觎朝政。
刘裕听从刘穆之的建议，拒绝刘毅的提议，于是“朝廷乃征裕为侍中······徐、兖二州刺史如故。”刘裕名正言顺地获得了入朝辅政的权力，控制住扬州战略要地，因此“表解兖州，以诸葛长民为青州刺史，镇丹徒，刘道怜为并州刺史，戍石头”。
义熙五年(409年)正月，刘毅被晋升为卫将军、开府仪同三司，显然刘裕是在麻痹刘毅，使其放松武力准备。
义熙五年(409年)三月，刘裕举兵伐南燕，广州卢循、徐道覆趁虚而入，北上建康，威胁朝廷，北府旧将何无忌在豫章战死，朝野震动，建康形势危急。何无忌战败后，刘毅率二万大军从姑熟逆流而上阻击卢循东下。
刘裕知刘毅出兵是见自己灭南燕建立大功，想平定卢循建立功勋来抗衡自己，故以“克平之日，上流之任，皆以相委”作诱饵，又派遣刘毅之弟刘藩前去劝阻刘毅不要进兵，刘毅被激怒，对刘藩说：“我以一时之功相推耳，汝便以我不及刘裕也。”
于是率军出战，在桑落洲为卢循所败，两万之众死伤仅剩百余人，翻山越岭才逃脱卢循的追杀。“刘裕深慰勉之，复其本职。”刘裕并未治罪刘毅，刘毅乞求自贬，企图再整军复出，但是王诞向刘裕进言说：“公既平广固，复灭卢循······不宜复使立功。”
荆州位于建康上游，是长江中游的军政中心，西临巴蜀，扼制出川要道，西北接壤汉中是进川蜀，秦陇之捷径，向南则有富饶的湘江河谷，向东可以控制建康上流，向北又有进入中原的南阳盆地，为兵家必争之地，刘毅占据荆州后，认为脱离了刘裕势力的监视，可以凭借荆州重地，效仿当年的王敦、桓玄和朝廷抗衡，进而和刘裕争夺朝廷控制权，曾经坦言：“恨不遇刘(邦)、项(羽)，与之争中原！”
刘毅利用这一优势，为了实现完全控制建康上流不受南方牵制，从而请求兼领交广二州，以解除后顾之忧。后刘毅提出到京口扫墓，京口是北府兵的发源地，刘毅刘裕诸人都是北府旧人，此时扫墓，也暗含刘毅刺探刘裕在建康的虚实；观察起事旧人的政治态度；交纳朝廷士人的目的。 而刘裕与刘毅相会倪塘，拒绝让刘毅染指建康，隔离其与朝廷的联系。
从胡藩和刘裕的对话当中看出胡藩极力想把这种朦胧的情势挑明，进而对比刘裕刘毅二人的优劣，提出趁相会之时除掉刘毅。这个建议被刘裕否决，刘裕说：“吾与毅俱有克复之功，其过未彰，不可自相图也。”
为何刘裕此时否决呢？其原因有以下几层：
第一，正如刘裕所说，刘毅过错并没有表现出来，现在除掉刘毅会引起朝野不满；第二，此时除掉刘毅， 荆州上流刘毅势力必然和朝中反刘裕集团勾结，从而陷入内忧外患之僵局；
刘裕在和胡藩谈话中，有意刺探胡藩的态度，胡藩态度明朗但是其他将领并不一定都如胡藩支持自己，所以此时动手似乎为时过早，倪塘之会杀刘毅之念，只好作罢。 刘毅回到到荆州后，郗僧施劝刘毅请从弟兖州刺史刘藩以“自副”，太尉裕伪许之。
义熙八年（412年）九月十三，朝廷“以前会稽内史司马休之为都督荆······诸葛长民监太尉留府事。”
从中可以看出刘裕将建康周围自己不信任的司马休之调离，使其驻守荆州，对建康留守问题的处理，则是借口诸葛长民难以独自胜任，特地提拔其首席谋士刘穆之来辅佐诸葛长民，实际上是在于防范和监视诸葛长民在建康策应刘毅。
“拉杀”诸葛长民
诸葛长民，琅邪阳都人（今山东沂南），桓玄聘请为为参军平西军事，很快以贪污免职，刘裕起兵讨伐桓玄时，诸葛长民多参与谋划，官拜扬武将军跟从刘裕讨平桓玄，以功拜辅国将军、宣城内史。
义熙初年，慕容超南下进攻下邳，诸葛长民遣部将徐琰将其击退，进位使持节、督青扬二州诸军事、青州刺史，领晋陵太守，镇丹徒。何无忌在豫章战死后，卢循、徐道覆之众乘胜进逼京师，朝廷震动，诸葛长民率众入卫京都。
卢循打败刘毅后，卢循与徐道覆合兵攻打建康，京都危惧，诸葛长民劝刘裕暂时让天子移驾过江，以免被卢循、徐道覆合围在建康。刘裕不听，命令诸葛长民与刘毅驻扎于北陵，以防备石头。 击败敌军之后，诸葛长民转督豫州扬州六郡诸军事、豫州刺史，领淮南太守。
诸葛长民也考虑到这一点，所谓残虐百姓只不过是刘裕杀诸葛长民的借口，诸葛长民与刘穆之的对话说：“人间论者谓太尉与我不平，其故何也？穆之曰：“相公西征，老母弱弟委之将军，何谓不平！”
诸葛长民试探刘穆之实际上是心存侥幸，对刘裕抱有希望，刘穆之欺骗诸葛长民说出以老母弱弟相委， 实际上刘裕安排刘穆之辅助诸葛长民就已经对诸葛长民进行了权力限制。
在东府拉杀诸葛长民，几乎没有发生较大规模的冲突就解除了诸葛长民三兄弟的威胁。至此刘裕将北府起事旧人中与其相抗衡的刘毅、诸葛长民诛杀，得以完全控制朝政，但是刘毅被剿灭之后宗室司马休之占据荆州，又对建康构成了潜在的威胁。
讨伐司马休之
司马休之，字季预，晋宗室敬王司马恬之子，以平王恭、庾楷功升任龙骧将军、襄城太守。桓玄篡逆，司马休之因功任监荆、益、梁、宁、秦、梁六州诸军事，领南蛮校尉、荆州刺史、假节镇荆州，不久桓振攻荆州，司马休之战败，出奔襄阳，被免职。
刘裕自诛杀刘毅之后，以司马休之镇荆州，有掩人耳目之意，所以诛杀刘毅后又不明于将自己的势力插手荆州，让宗室司马休之坐镇荆州算是一个折中的选择。
刘裕自知不能给司马休之假以时日，应该快速向荆州用兵，剪除上流威胁，除掉宗室外援，一旦宗室在上游建立强大势力，自己在建康的经营也会土崩瓦解，所以“收司马休之次子文宝、兄子文祖，并赐死；发兵击之”。
于是“帅诸将济江”。司马休之部将鲁轨、司马文思据险布阵，欲将刘裕大军阻隔在江中，不使其登陆。
大军一时无法上岸，刘裕大怒准备杀胡藩以正军法，胡藩不得已率领前锋冒死登岸，刘裕大军得以跟进，司马休之大败，江陵得以攻陷，司马休之、鲁宗之北走，鲁轨留石城(湖北钟祥县)，刘裕命赵伦之、沈林之等率军围攻石城，司马休之、司马宗之无力救援， 遂与鲁轨、谯王司马文思、新蔡王司马道赐、梁州刺史、南阳太守鲁范俱奔后秦。
刘毅、诸葛长民、司马休之三大集团被清除后，使刘裕集团在东晋占有绝对地位。此时，趁后秦衰落，姚兴新亡之际，刘裕锐意北伐， 以建立收复中原的不世奇功来取代东晋朝廷，以实现其谋权篡位的野心。
