公元1234 年，南宋与蒙古联合灭了金。
金的灭亡，南宋一洗百年耻辱，然而，螳螂捕蝉黄雀在后，金亡后，南宋的好日子也快走到了尽头，一个更强大更可怕的对手上场了。
按照当时南宋与蒙古双方的形势格局，南宋还占据着长江以南的半壁江山，虽然步兵、骑兵的战斗力不如蒙古军，但凭借水系发达、纵横交错的江南，凭借长江流域的水军力量，以及严密的江海防体系，可以说完全可以抵御住蒙古军的南下冲击。
不过，形势变化比预想的要快的多。在失去了屏蔽都城临安的江东一路以及浙西路的部分东北地区后，1275 年元军顺江而下，占领了被称为“一水横陈，连岗三面，做出争雄势”的镇江。镇江背山面江，形势雄险，为控扼长江的军事要地。
为了挽回败局，南宋与元军在焦山展开了一场殊死决战。
宋军由两淮镇将张世杰、孙虎臣指挥，在镇江水域集结战船，每十艘为一组，相互之间用铁链铁锁相连，以示必死之决心，并希望可以阻止元军的进攻。
元军将领阿术看见此景，心里想起来三国时期的火烧赤壁之战，认为也可以效仿，用火攻击退宋军。此时宋军所有的战船连成一体，完全丧失了灵活机动的作战能力，战也不行，撤也不行，拥堵在一起。元军继续追击，获宋军战船八十余艘、黄白鹞船七百余艘，宋军惨败。
九百九十六年前的火烧赤壁再次重演。“焦山水战”之后，南宋长江门户尽丧，再也无力进行全面反击，国都临安岌岌可危。
元军攻陷临安后，继续南下追击文天祥、陆秀夫等人的南宋小朝廷到达崖山（今广东新会）。此处东有崖山、西有瓶山，且两山之脉向南延伸入海，如同有一门束住水口，地形易守难攻。移居崖山的南宋小朝廷决定发挥自身优势，与元军展开水战。可是，他们没有吸取“焦山水战”的经验教训，仍旧据险自守。
在张世杰的指挥下，宋军“以舟师碇海中，基结巨舰千余艘，中舻外舳，贯以大索，四周起楼棚如城堞，居昺其中”。为了防止元军的火攻，宋军将“舰皆涂泥，缚长木以拒火舟，火不能爇。”1279 年，元将张弘范兵分几路大举进攻南宋流亡政权。一路由李恒乘着早潮“攻其北，世杰以淮兵殊死战”，一路则是等到中午，由张弘范率领主力水师正面进攻，用布遮蔽预先埋伏的船楼，以鸣金为进攻讯号。等到两边船舰接近，元军鸣金撤布与之交战，一时间连破宋军七艘战船。张世杰知道大势已去，“乃抽精兵入中军”,“乃与苏刘义断维，以十余舟夺港而去”。陆秀夫想前去救援王舟，可是“王舟大，且诸舟环结，度不得出走”，于是背负帝昺投海殉国。七日之后，“浮尸出于海十余万人。”
这一场，便是灭亡南宋的“崖山海战”。这场战役中元军以少胜多、宋军全军覆灭。战后，元军获得战舰八百余艘，南宋的最后实力被完全摧毁，历时三百二十年的宋朝灭亡，元朝最终统一中国。
凭借纵横交错的江南水系，南宋为何抵挡不住元朝的铁骑？
战争的走向完全取决于双方在战略战术上的差距。
蒙古军在战略上，加强水军建设。在灭金时就已经全盘接手了金国的全部水军。在与南宋对峙中，锻炼水军战斗经验，招降宋军水师将领，俘获宋军大量战舰，逐渐从无到有，从小到大，壮大了自己的水师力量。
而在战术上，以金人失败为借鉴，避开南宋防守严密的沿海和长江下游地区，集中优势兵力，将主攻的方向定在长江中上游。在先攻下襄樊之后，再顺江东西而下，扬长避短，避实就虚，起到了削弱南宋水师的意外效果。
南宋军迫于荆湖战事吃紧，不得不将原来戍守沿海和长江下游的水军大量抽调前往支援。放松了对海军、战舰以及海防的重视和投入，严重地削弱了其战斗力，致使水军缺额现象十分严重，沿海防御自然不断弱化。作为最强大的定海水军，其缺额人数竟然达到了六分之一。其他还有水军装备不足且年久失修、战船不足只得大量征用民船、管理不善、战术保守等问题。
双方军事力量的此消彼长，南方江海防体系的崩溃，南宋最终难逃灭亡的厄运。
