隋灭陈遏止了南方宗族土豪于中央政治上崛起的趋势。但宗族土豪在地方社会依然保有强大势力。
隋平陈仅用时一月多，在地方拥有强大实力的宗族土豪在此过程中基本没有反抗，其原因即在于陈政权未能整合地方社会。但隋的快速平陈，仅灭中央政权而已，南方地方社会仍为宗族土豪所掌握，他们和汉魏六朝以来士人政治下形成的地方世家大族一起成了隋政权整合南方地方时所要面临的问题。
隋灭陈后的南方统治措施，史书记载：
苏威持节巡抚江南，得以便宜从事。平陈之后，牧人者尽改变之，无长幼悉使诵五教。威加以烦鄙之辞，百姓嗟怨。上以江表初平，召户部尚书张婴，责以政急。时江南州县又讹言欲徙之入关，远近惊骇。
隋灭陈后在南方采取的统治措施对南方宗族土豪造成了极大影响：
首先，在南方大量裁撤州县并撤免陈的地方官吏而代以北方精官。南朝之际宗族土豪于政治上崛起后成为地方权的实际掌控者，陈政权大多直接以宗族土豪任地方官，形成了“南州守宰多乡里酋豪”的局面。隋明显是要将宗族土豪排除出地方政权。
其次，整顿乡村，推行更为严密的乡里及户籍制度。在陈国故地原有乡里系统的基础上，增设北方地区已经设置的乡正、里长，并借此推行隋式的伦理和法律制度，以实现对南方乡村的控制。
第三，推行儒家教化。汉魏六朝政府不重视任用地方长官开发教化，以此造成南方土著人群与王朝国家的文化心理悬隔。隋王朝于南方社会推行儒家教化应是试图借此消弭南方土著人群与王朝国家的文化心理悬隔，重构地方文化秩序。
第四，实行离散宗族政策。隋平陈后在南方地区推行离散宗族政策，将众多陈朝贵族及江南士族迁往关中，使原来在地方上颇具势力的士族失去了赖以维系的乡里根基。地方宗族土豪以乡里为根基，隋对其实施徙关政策，离散其宗族，无异金底抽薪，因此引发宗族土豪“远近惊骇”。
隋平陈后于南方实行的各项措施实则是力图在制度、文化等层面把南方地方社会纳入王朝国家秩序中，实现南北整合的同时也实现地方与国家的整合。这一过程同样是隋试图消弭南方的地方势力特别是宗族土豪控制乡里的社会基础的过程，这对地方宗族土豪而言是无法接受的。
同时隋在此过程中更多的只是把北方经验简单搬移到南方，没有充分考虑到南方地方宗族土豪的普遍和强势，因而并没有因时因地提出一个宗族土豪所能接受的良性整合方案，相关措施实施得过于简单激进。
最终在开皇十年(590年)，江南地区爆发了大规模的反隋叛乱，隋文帝随即派出杨素对叛乱进行军事镇压，经过长达一年半以上的艰苦战斗方才大致平息此次叛乱。
在此次反隋叛乱被镇压后，宗族土豪的势力走向了消亡。自宗族土豪在南朝之际于政治上崛起后，便接连遭到王朝国家的军事打击。陈政权虽在建立之初对宗族土豪采取羁縻政策，但在政权相对稳定后便更多采取打、拉并用的策略。
相比陈政权的打、拉并用政策，隋政权在应对江南宗族土豪的反叛时采取了更为坚决的军事打击政策，这自然是因缘于隋政权比陈政权强大得多的军事实力。
在大将杨素出征前，隋文帝给出的对叛乱者的处置政策是：“男子悉斩，女妇赏征人，在阵免者从贱。”再加以杨素本人便是以残暴著称的将领，因此隋政权此次平叛的基调一开始便是残酷的肉体消灭政策。
江南的地方势力在此役中也确实遭到了毁灭性的打击。据史料记载：时元帅杨素整阵南驱，俘虏诛剪三十余万。隋平陈时所收户口总计为五十万，两百万人，而此次平叛就俘虏诛灭多达三十余万，可见一斑。
在缺乏相应的文化积累和宗族文化建设的情况下，江南地方宗族土豪和其宗族很难在陈隋政权的高压政策下再保持其凝聚力。
除对抗外，也有部分南方宗族土豪采取与隋政权合作的态度。在隋政权任职的南方将领如著名的来护儿、周法尚等人，大多出身土豪阶层。
来护儿父祖皆至县侯、县令，其父亲曾为“宗族数百家”的乡人陶武子所害，来护儿则结客数人斩陶武子报仇。由于其在地方的强大实力而为南征大将贺若弼所笼络，其势恰若六朝以来南北政权对边隅土豪的争取。
再如周法尚，父祖三代皆仕梁陈为州刺史。周氏家族拥有部曲，是世代相袭的宗族土豪。因此当陈宣帝将发兵取周法尚时，周法尚果断率领部曲北附北周，其后更于隋政权得到重用，
来护儿、周法尚等南方土豪因各种原因而投附北方政权并在后来成为隋的重要将领，而其部曲应当也是化家为国，融入了国家体系之中。
无论是肉体消灭、宗族离散还是与王朝国家结合，自汉魏六朝以来逐渐崛起的宗族土豪在隋唐间都已走向衰微。
对宗族土豪来说，他们大部分是由汉魏六朝以来的土著族群在与王朝国家的互动中华夏化而来，其间经历了一个漫长的过程方，由所谓的蛮族转化为在地方上拥有强大势力的宗族土豪，其生成机制并非如富民土豪般是依靠财富的积累和土地的占有，由此决定了这个群体消亡后的不可再生性。
隋时江南土著族群的华夏化已经基本完成，使得在汉魏六朝以来的宗族土豪群体消亡后，江南地区很难再如汉魏六朝一样因土著族群的华夏化而产生一个分布广泛、势力强大的宗族土豪群体，类似的群体在此后更多的是以华夏化过程中的蛮族土豪面貌零星分布于个别华夏化程度较低的边缘地区。
在这个层面上可以说，由土著族群华夏化而产生的宗族土豪在隋唐间走向了消亡。在隋末的江南割据群雄中已很难见到大的宗族土豪甚或蛮族土豪的影子，留给史书的只有“盗、贼”。
隋政权的统治者很明白一点：土生土长的地方大族对中央王朝的威胁远远大于“盗、贼”，因为地方与中央的关系无非就是此消彼长。
