努尔哈赤重伤死后第二年，皇太极率领人马，攻打明军。后金军分兵三路南下，先包围了锦州城。袁崇焕料定皇太极的目标是宁远,决定自己镇守宁远，派部将带领 4000 骑兵援救锦州。果然，援兵还没出发，皇太极已经派兵来攻打宁远。袁崇焕亲自到城头上督战，用大炮猛轰后金军；城外的明军援军也配合战斗内外夹击，把后金军打跑了。皇太极把人马调到锦州，但是锦州的明军守得很严密，皇太极只好退兵。袁崇焕虽然打了胜仗，可是魏忠贤阉党却把功劳记在自己的名下，还责怪袁崇焕没有亲自救锦州是失职。袁崇焕知道魏忠贤有心跟他过不去，就辞了职。
1627年,明熹宗死去,他的弟弟朱由检即位，崇祯帝虽然对魏忠贤和客氏恨之入骨，但他深深地知道现在还不是除掉他们的时候。他一面像哥哥朱由校一样，继续优待魏忠贤和客氏，一面将信王府中的宦官和宫女带到宫中,以保证自己的安全。等到时机成熟后，崇祯帝首先免去了魏忠贤的亲信崔呈秀担任的兵部尚书一职。大臣们明白了皇帝的意图。于是揭发和弹劾魏忠贤的奏折一个接一个地递到了崇祯帝的手中，魏忠贤被迫辞去了官职。他一即配到凤阳。魏忠贤在充军的路上自杀了。
崇祯帝又把袁崇焕召回朝廷，提拔他为兵部尚书，负责指挥整个河北、辽东的军事。袁崇焕重新回到宁远，选拔将才，整顿队伍，士气大振。有一次，东江总兵毛文龙作战不力，虚报军功，不服从袁崇焕的指挥。袁崇焕使用崇祯赐给他的尚方剑，把毛文龙杀了。
皇太极打了败仗，不肯善罢甘休，他知道宁远、锦州防守严密，决定改变进兵路线。1629 年十月，皇太极率领几十万后金军，从龙井关、大安口绕到河北，直扑明朝京城北京。这一着出乎袁崇焕的意料。袁崇焕得到情报，赶忙带着明军赶了两天两夜到了北京，没顾上休息，就和后金军展开激烈的战斗。后金军退走后，崇祯帝亲自召见袁崇焕，慰劳一番。但是魏忠贤的一些余党却到处散布谣言，说这次后金兵绕道进京，是由袁崇焕引进来的。正在这个时候有一个被被金军俘虏的太监从金营逃回来，向崇祯帝报告，说袁崇焕和皇太极订下密约，要出卖北京，崇祯帝本来早就对袁崇焕有疑心了，这下他信以为真。他哪里知道，这个情报是个假的，两个人的谈话完全是皇太极预先布置的。
崇祯帝把袁崇焕召进宫，拉长了脸责问说：“袁崇焕，你为什么要擅自杀死大将毛文龙？为什么金兵到了北京，你的援兵还迟迟不来？”袁崇焕一时不知如何回答才好。他正想答辩，崇祯帝已经喝令锦衣卫把他捆绑起来，押进大牢。崇祯帝拒绝大臣的劝告，到了第二年，袁崇焕被朱由检遭凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产，实则家无余财。皇太极利用反间计，借刀杀人除掉了袁崇焕。
