建文元年朱棣造反之初，建文帝方孝儒等人并没有把朱棣放在眼里。他们认为，燕王要以小兵办大事，是极其困难的。那个时候，慈祥而又有些迂腐的建文帝，甚至给属下下了一个奇怪的口令。他禁止任何人伤害他的叔叔朱棣，以免他被指控杀害他。
正是因为这条口令，朱棣才敢于四年荆南之战，身临其境，驰骋两军阵线，毫发无损。联想到建文初年，徐达的儿子徐惠祖曾劝说建文帝扣留朱棣的儿子以威胁他。
建文帝犹豫了一下，没有答应。最后放虎归山，朱棣也再无顾忌了。其次，方孝儒向建文帝推荐了负责平叛的指挥官：他的好友李景珑。
是李景珑不仅战败，还开金川门迎贼。在此之前，已经有人告诉建文帝，李景珑有不同的志向。但建文帝之所以信任李景珑，是因为他相信方孝儒。开门祸国，正是建文帝的优柔寡断和无知造成的。{》皇牙信孝子，不再疑惑，坐下开门，难免误国。
《姜氏秘史》}
当方孝茹如梦初醒，请求建文帝杀了李景珑时，已经晚了。终于，当朱棣率军渡过长江，南京城危在旦夕时，方孝儒又给了朱允炆一个错误的建议。他建议朱允炆坚守京城，等待援军。如果他最后失败了，国王应该死在社稷。
眼看南京城危在旦夕，有人劝建文帝暂时避开前线。毕竟，大半个国家还在建文帝的掌控之中。但方孝茹坚持守城，等待援军。于是，陈言乘战舰降临燕王，李景隆打开城门，建文帝本人也化为灰烬。
朱元璋将自己的子孙分封到各地做藩王，诸侯的势力一天比一天强大。因太子朱标早逝，皇孙朱允炆继位，年号建文。建文帝和他的亲信黄子诚、齐泰安排了一系列减藩措施。他们决定先将那些弱小的封建君主斩杀。消灭弱王后，朱允炆认为万事俱备，便暗中下令擒拿朱棣，但朱允炆没有得逞。
由于削减吐蕃的措施严重侵犯了诸侯王的利益，1399年坐镇北平的朱棣起兵抵抗。
靖难之战持续了四年，此时建文帝手下无将可用。他只能用幸存下来的老将耿炳文率领北伐，又派李景珑继续北伐。
建文帝派出的军队主力不断被歼灭。朱棣立足北平，灵活运用战略，适时出击。经过几次大规模的淘汰战，朱棣选择了乘胜进军。1402年，朱棣攻陷应天，战乱中朱允炆下落不明。同年，朱棣继位，史称明成祖。
