明宪宗朱见深幼年的生活可谓是坎坷。他出生于正统十二年（1447年）底，2岁时父亲明英宗朱祁镇率军亲征，兵败土木堡，还被俘虏。于谦主持大局，立朱祁钰为帝。击退蒙古后，朱祁钰迎回朱祁镇，却将他囚禁于南宫之中。而后，朱祁钰又策划废了朱见深的太子之位。朱见深还年幼，自然不明白，他的性命正拿捏在朱祁钰手中，朱祁钰稍动念头，他就命丧失黄泉。幸运的是，出于多种原因，朱祁钰一直都没敢动这个念头。
夺门之变后，朱祁镇重登帝，7年多的软禁生涯中，他受尽苦头，把矛头指向了于谦和朱祁钰。再加上权力交接之时，于谦作为朱祁钰时代的重臣，很难避免被朱祁镇清算。最终，朱祁镇杀了于谦。至于朱祁钰，《明史》记载是病死的，但从古至今，一直都有人怀疑是朱祁镇杀死的，一些史料甚至记载朱祁镇指使太监勒死朱祁钰。
朱见深长大成人后，自然也会明白他幼年战战兢兢的生活跟于谦和朱祁钰分不开。或许他会认为这是他父亲朱祁镇恣意妄为导致的恶果，但有谁会怪罪自己的父亲呢？那么，于谦和朱祁钰自然而然地就会成为朱见深憎恨的对象。可事实并非如此，成化元年，也是朱见深继位的第二年，朱见深下诏昭告天下，为于谦平反，恢复于谦的名誉，并赦免其家人。成化十一年（1475）十二月，朱见深下诏恢复朱祁钰帝号，并下令按帝陵的规格修饰陵寝。为于谦平反，并恢复朱祁钰的帝号，朱见深因此留下了仁义之名。
一直有人认为朱见深为于谦平反，并恢复朱祁钰帝号，是出于朱祁镇临终授意。我对这种看法只认可一半，即认为朱见深为于谦平反确实是得到朱祁镇临终的授意，但为朱祁钰恢复帝号是朱见深自己的主张，跟朱祁镇没有关系。
杀死于谦后，朱祁镇有明显的悔意。 这表现于几点：
1.杀于谦之时，朱祁镇是有犹豫的。朱祁镇个人不喜于谦，但于谦毕竟有功于社稷，朱祁镇心中不忍，此时徐有贞对于谦说了一句话：“不杀于谦，复辟师出无名。”这让朱祁镇明白，他和于谦是属于不同阵营的人，他赢了，于谦就必须得死。
2.与于谦比较，朱祁镇手下的人太无能。于谦死后，继任兵部尚书的是陈汝言，此人得石亨举荐而上任。陈汝言为人平庸，却很贪婪。有一次边境有警，朱祁镇满脸愁容，兵部却无能为力，恭顺侯吴瑾却故意提起于谦，说：“如果于谦还在，一定不会让敌人这样。”吴瑾属于武勋集团，木土堡之役时曾与朱祁镇一起被俘虏，期间照顾朱祁镇，与朱祁镇感情深厚，深得朱祁镇的信任。他这么一提，触动朱祁镇心中的悔意。尤其是陈汝言因被治罪抄家时，发现他贪赃极多，而于谦被抄家时却家无余财，相较之下，高下立判。
3.于谦死后，百姓都知道于谦是冤枉的。于谦死时，因其忠义感动很多人，百姓也自发悼念他。
朱祁镇是靠徐有贞、石亨等人的帮助才能夺门成功，就算他对杀死于谦有悔意，也不大可能会为于谦平反。正如徐有贞所说，不杀于谦，复辟师出无名。如果朱祁镇为于谦平反，那就等于承认自己的错误，夺门之变就成了谋逆，他的皇位也得之不正。所以，在朱祁镇当皇帝期间，他不可能去为于谦平反。
等到明宪宗朱见深继位时再为于谦平反，好处就有很多了：1.顺应民心，体现皇帝仁义；2.纠正先帝的错误，让天下人看到皇家知错改错的态度；3.先帝已死，不会影响到先帝的威望，当年夺门的功臣也早就被清理，不会影响到现有的朝局。
之所以认为是朱祁镇临终前授意朱见深为于谦平反，原因是于谦被平反的时间是成化元年。这是朱见深继位的第二年，更换年号后朱见深立即为于谦平反，这就表明朱见深明白，作为新帝刚刚继位，此时为于谦平反可把利益最大化。只是此举毕竟是承认朱祁镇的错误，违反孝道。古代的孝道讲究的是子为父隐，即父亲犯错，儿子应该隐瞒。所以，如果不是朱祁镇临终授意，朱见深不大可能会这么高调地为于谦平反。
在为于谦平反时，朱见深的诏书是说，国家危难之时，于谦保住社稷，却为奸臣所害，先帝已经知道他被冤枉，我也怜悯其忠心。诏书的内容就表明，朱祁镇知道于谦被冤枉，这是朱见深在为于谦平反的同时，维护了父亲的声誉。
张廷玉《明史》：成化初，冕赦归，上疏讼冤，得复官赐祭。诰曰：“当国家之多难，保社稷以无虞，惟公道之独恃，为权奸所并嫉。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。”
