大顺永昌元年（1644）四月二十九日，惨败山海关一片石的李自成仓猝即帝位，次日即焚烧明宫仓惶离京，经山西入陕西，试图仍以老巢陕西为基地东山再起。李自成推翻明朝后，在京中只滞留了42天。他历经九死一生打下的江山，却被来自关外的满清轻易地“摘了桃子”。
随后，清军、吴三桂军尾随而至，在潼关击溃大顺守军，李自成被迫放弃失去屏障的西安，转战至湖北西南各州县。清军、吴三桂军衔枚急追，大顺军失去了往日的锋芒，损兵折将，一败再败。当年9月，李自成率农民军余部来到两湖交界处的湖北通山县九宫山区，遭阿济格部清军围攻，死伤惨重。李自成率20余亲兵外出打粮（一说察探地形） ，途中到一小庙中歇息片刻，不料因困倦沉沉睡去，突遭当地团练武装偷袭，混战中，李自成被一把铁铲击中脑袋，肝脑涂地，当场死去。
一代枭雄，戎马一生，见惯惊涛骇浪，最终却阴沟里翻船，稀里糊涂地死在一群手持铁鋤、铁铲的农夫手上。
李自成九宫山遇难一直有争议。一直到近代，都有人对此说提出怀疑。
将大明江山搅得天翻地覆的李闯王之死，对刚入主中原的满清和在南方苟延残喘的南明小朝廷都是重大事件，然而，两方的报告却显得浮夸不实。
满清英亲王阿济格在呈给清廷的奏报中说因天气炎热，李自成已“尸朽莫辨”，实际上他本人并不在现场，他的报告不过是听别人所说，只上报了一段未经证实的传闻。所以就连他自己都含混莫名地说“（李自成）或存或亡，俟就彼再行察访”。
南明总督何腾蛟更是放了马后一炮，甚至有谎报战功之嫌，把长沙巡抚周二南之死同李闯首级丢失连在一起，说明他自己也没有亲眼见过李闯首级。
这二人的奏报，满清朝廷（摄政王多尔衮）和南明唐王朱聿健都不相信。而由此衍生出来的种种诡谲传闻就更不值得一提了。可以说传闻真假莫辨，或许有，实际则无。
闯王转战湖广时，虽屡遭兵败，但大顺军退入九宫山区时，仍有数万之众，何须他本人亲自外出打粮或侦察地形？
据史料记载，李自成离开陕西转战湖北、江西后，虽然屡屡被清军、吴三桂军挫败，将士死伤惨重，溃散、投降的也不在少数，但退入湖广时，仍有4、50万左右的残余兵力，他兵败据守武昌时，还能从容不迫地改江夏县为瑞符县，还能开模铸造“永昌通宝”铜币，他的侄儿、心腹战将李过随他进入九宫山一带时，麾下仍有数万将士，有这么多军队，何至于必须由闯王亲带20人外出寻找食物或勘察地形？
在九宫山区高湖乡水源村发现的《程氏家谱》中记载被族人程九百外甥金某某所杀之人名叫李延。在尸身所佩的宝剑剑鞘和箭壶上均镌刻有“李延”二字，虽说李自成本名李炎，但他后来改名自成，令其名噪天下的大名仍是“李自成”或“李闯王”。
程氏家族成员意外杀掉了大名鼎鼎的李自成，并将此事记入族谱，实际目的是为领功请赏。但舍弃威震天下、声名显赫的李自成、李闯王不用，却用生僻乃至默默无闻的李炎，甚至还以讹传讹错写成李延，实在是无此道理，可见死在程九百、金某某铁铲下那个人，并非推翻大明的一代雄杰李自成。
如果李自成真的被乡民所杀，驻扎在附近的数十万大顺将士岂会善罢甘休？
如果李自成真的被乡民所杀，那么，他所统辖的、近在咫尺的数十万大顺军，绝不会让九宫山安逸如初的。有私家笔记（野史）记载，听说闯王遇难的噩耗后，李过怒不可遏，立刻率数万将士将山中大小村寨包围然后捣毁踏平，将所有村民包括老幼妇孺杀戮殆尽，以血祭闯王.......大顺军余部南撤湖湘后，九宫山大小村舍皆被荡平，山民十不存一,以至人烟断绝，鸡犬不鸣 ，顿成人间地狱......
事实上到底如何呢?李自成失去踪迹后,九宫山区是平静的，他的数十万大军，也是平静的，什么血洗村坊都是仇视农民军的文人杜撰的，不仅大顺军按兵不动，就连李子成的妻子高氏也平静如常，这就反证了被乡民袭杀者另有其人，那具腐烂的朽尸或是闯王部将，或是其替身？亦反证了李自成死于九宫山之说并不成立。
李自成死于九宫山，不过是大顺军高层的一个合谋，目的是借闯王之死取得南明谅解，联合南明共抗满清
章太炎等学者进而进行猜测，自成死于乡民之手，不过是一个局，是闯王、高氏和大顺军高层将领们合谋，或有意施放出的一个烟幕弹，目的之一是解除南明抗清势力对其灭掉明朝的敌意与仇恨，以使大顺余部能与其联合抵抗共同的死敌——满清 ；二是李自成是彼时风口浪尖上的焦点人物，只有让他平静的退出政治军事舞台，或者说暂时退出，当时机一旦成熟，就会重返政治历史舞台，所以用其假死作技术上的掩护。
后来，大顺军郝摇旗、袁宗第、高一功、 王进才、田见秀、刘体纯、刘芳亮等部13营约30余万人马先后归附南明， 被称为“忠贞营” ，称为抵抗满清南进的中坚力量。
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