对于在内斗中组成长大的小朝廷来说，更致命的失误在于把谁是最主要的敌人这个大目标搞错了。当时清兵入关，打下北京，名义上是应吴三桂请他们来协助打李自成而来的。吾国历史上曾经有吴国灭了楚国，楚国大臣申包胥到当年楚国的敌人秦国，大哭七天七夜，请来秦兵，帮助楚复了国的事情。所以当时小朝廷上下并没有认识到清兵入关的严重性。相反，反而把吴三桂此举，当作是效法申包胥，是于国家有利的，甚至把吴三桂当作有功之臣，清兵是来帮助我们的义师。于是吴三桂被小朝廷进爵为蓟国公，小朝廷为鼓励他继续追杀李自成，还从海上给他送去大米十万石，白银五万两。清人则被认为是可以结盟的朋友。而举朝上下，同仇敌忾的最大敌人仍然是李自成、张献忠等农民造反者。
就是名高如史可法等人，也是如此看法。史可法曾经上书，请朝廷颁发讨伐李自成的诏书，说：“先皇帝死于贼，恭皇帝亦死于贼，此千古未有之痛也。在北诸臣，死节者无多；在南诸臣，讨贼者复少。此前古未有之耻也。庶民之家，父兄被杀，尚思穴胸断脰，得而甘心，况在朝廷，顾可漠置。臣愿陛下速发讨贼之诏，责臣与诸镇悉简精锐，直指秦关，悬上爵以待有功，假便宜而责成效，丝纶之布，痛切淋漓，庶海内忠臣义士，闻而感愤也。”朱由崧啊朱由崧，崇祯大老板死于李自成，你老爸被李自成煲成汤喝。普通小民死了父兄尚且食不甘味，日思复仇，你怎么上台那么久，只顾自己享乐，连个讨贼的态都懒得表哇！
史可法在给多尔衮的信中也写道：“忽传我大将吴三桂借兵贵国，破走逆成，为我先皇帝、后发丧成礼，扫清宫阙，抚辑群黎，且罢薙发之令，示不忘本朝。此等举动，震古烁今，凡为大明臣子，无不长跽北向，顶礼加额，岂但如明谕所云‘感恩图报’已乎！谨于八月，薄治筐篚，遣使犒师，兼欲请命鸿裁，连兵西讨……今逆成未服天诛，谍知卷土西秦，方图报复。此不独本朝不共戴天之恨，抑亦贵国除恶未尽之忧。伏乞坚同仇之谊，全始终之德，合师进讨，问罪秦中，共枭逆贼之头，以泄敷天之愤。则贵国义问，照耀千秋，本朝图报，惟力是视。从此两国世通盟好，传之无穷，不亦休乎！”总之，是以李自成为最大的敌人，想和清兵一起消灭他。1644年七月，小朝廷正式派兵部侍郎左懋第北上与清人谈判。内定的谈判底线是：于天寿山特立园陵，暂时安放朱由检的棺木（等将来小朝廷上北京，再正式行葬礼）；割山海关以外的地方给清；每年给清国白银十万两；清已僭号，势成敌国，称清主为可汗还是金国主，还需商议再定，等等。
此时的李自成则在西安整顿自己的小朝廷，不知道自己的目标究竟是抗清还是继续反明。张献忠则打下成都后，也建立了自己的小朝廷，他是以李自成为敌，以明朝为敌，大约连清兵入关的事情都一无所知。一时间，汉人竟然同时有了三个小朝廷，但没有一个对满人的狼子野心有明确的认识，当然更谈不到什么一致对外的统一战线。这就给满人以充裕的时间，整军入关，定都北京，规划部署，吞我中国了。
