1402年6月，燕王大军进入南京，朱棣在奉天殿登基继位，废除建文年号，开始了长达22年的永乐政权。
很奇怪，当年朱元璋为了北辰居中，外部众星拱卫而设立的诸王势力，在这时候无一人反对朱棣名为靖难，实则谋逆的行为，给后人一种，朱棣只是拿下了南京就夺取了大明政权的错觉。
实际上，之所以出现这种感觉，并不是后人读史错漏，而是因为朱棣在上位之后第一件事，就是极力抹除建文朝对自己的抨击，修改父亲明太祖朱元璋的史料所致的。
朱棣6月攻入南京，着急忙慌登基，仅仅四个月就把已经入库存档的《太祖实录》拿出来修改，先后两次，历时16年，所用者解缙、姚广孝、李景隆皆是心腹重臣。
修改《太祖实录》有什么作用呢？
主要是为了制造朱棣他篡位的合理，断了很多前朝悬案，比如朱棣生母之谜，把他包装成马皇后所生，给出身镀金，在嫡长子制度体系下，直接造出一位正统嫡子来。
更有朱元璋生前说“燕王类我”，死前问“燕王来否”之类的皇家机密，字里行间表明朱棣深得先皇欢心，是继承帝位的最佳人选等等，尤其是“燕王来否”一问，与朱棣靖难檄文中泼朱允炆污水，说他囚禁朱元璋一事互为表里，相互印证。
朱棣如此谨慎修改史书，无疑是因为当时朝里朝外反对他的力量太多，他需要文人的笔来美化自己，减弱后世对他的坏印象，慢慢稳固统治，虽说得民心者得天下，但强大的舆论力量也能够主导民心所向，普通百姓看多几篇歌功颂德的文章，新皇登基对自己的生活也没有什么影响，要乱也是乱不起来的。
至于他拿下南京后所遇到的抵抗力量，可以从建文遗臣和诸王势力来讲。
建文遗臣主要在朝廷之中，文学博士方孝孺、刑部尚书暴昭、山东布政使铁铉、礼部尚书陈迪、兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄、监察御史高翔等等。
这些人坚定拥护建文帝，方孝孺拒绝起草登基诏书，被灭十族。
铁铉在靖难时坚守济南，是朱棣北上最大的阻碍，朱棣登基后拒不投降，被捕后凌迟处死，父母发配海南，长子充军，次子为奴，女眷打入官营妓院。
暴昭在见朱棣时破口大骂，被敲牙砍手脚，用钝刀慢慢割断脖颈而死。
齐泰欲南逃召集反燕力量，被燕军捕获，九族被诛，只剩下一个6岁的幼子。
黄子澄凌迟处死，祸及三族。
清除建文遗臣势力，朱棣虐杀一万余人，其中不乏老弱妇孺，就连同为皇族的朱家子孙也不放过，朱允炆三个弟弟：朱允熥、朱允熞被贬为庶人，囚禁凤阳至死，朱允煕废一字王位，5年后在家里被烧死。
朱允炆长子朱文奎，在宫中不知所踪，次子朱文圭被囚禁于广安宫，也有说被囚禁在凤阳，到明英宗时期才被赦免，时年五十七岁，如同痴呆，靖难时这两个小家伙，一个七岁，一个才两岁。
清洗完建文遗臣后，朝野为之一空，六部重位全被安排心腹填入，朱棣开始下令修筑《永乐大典》，安排郑和下西洋，塑造千古一帝的形象。
而对于诸王势力，朱棣清理起来比朱允炆要顺利得多，他手握当时大明最精锐的军队，有号令天下的地位，加上在他之前的三位哥哥已死，朱棣对于诸王的身份，不是弟弟就是侄子，家族身份强势，不像朱允炆那样尴尬。
因为是藩王起家，朱棣深知手握军权和战功的必要性，他下令将首都从南京搬到北京，这是他的龙兴之地，有着绝对的控制权，又靠近朱元璋时期所设置的塞边九王，形成一种绝对的压力。
塞边九王是朱元璋为防备北元南下的王室长城，是诸王中最有实力者，从西往东依次为：秦王朱樉、晋王朱棡、燕王朱棣、代王朱桂、肃王朱楧、辽王朱植、庆王朱栴、宁王朱权、谷王朱橞。
靖难开始时，朱樉、朱棡已经去世；
肃王朱楧，建文元年被迁往兰州；
代王朱桂被建文帝废为庶人，到永乐朝恢复；
辽王朱植，建文元年被召去南京，削掉三护卫，直到建文四年移藩荆州；
庆王朱栴，建文三年将王城迁往宁夏；
宁王朱权手里最强大的朵颜三卫在朱棣手里，自己也被裹挟着靖难；
谷王朱橞，建文四年改封长沙，靖难时与李景隆打开金川门，拥护燕王军入城。
在靖难之后，地位上能对朱棣造成威胁的，只剩下肃、代、庆、宁、谷五王，而他们在建文朝或多或少都被削减过军事力量，武备这块更不可能与朱棣对抗，何况他们对朱允炆削藩都有意见，也导致了五王在靖难时无能为力的窘况。
可就算这样，朱棣对他们也不放心，自己坐镇北方，将五王全部内迁到内陆，加以看管，九边重镇开始使用异族实行管理，辽东派了女真族人，设立奴儿干都司，西北秦王、晋王地界，设立七卫，削弱两王力量，自己带兵五征蒙古三部，最后死在了回师途中。
