1661年的六月，正当郑成功在台湾和荷兰人对峙之时，明郑政权控制的铜山岛上发生了一件大事儿，那就是宣毅左镇万义，右冲镇万禄的叛乱。
这二人于六月初发动叛乱，勾结黄梧、许龙部清军，与之同守铜山岛的忠匡伯张进见岛上敌我力量悬殊，于是暗中向厦门求援，同时哄骗万禄万义二人说，自己早有归顺清朝的企图，让这两个人到自己的卧室来谈降清事宜，同时又在自己的卧室中放置数十桶火药，准备和这两个叛徒同归于尽，结果这两个叛徒疑心过重，拒绝进入张进的卧室，张进长叹一声，点燃火药，壮烈殉国，万禄万义二人领兵总共四千四百人以及家属上万人投降清朝，等到忠勇伯陈豹的讨伐军登岛时，这两个叛徒已经扬长而去。
张进也算是明郑军队中的一员老将，在1646年下半年郑成功正式起兵时，大约有90余壮士跟随，张进就是其中的一员，到1661年，张进已经追随国姓爷一同为大明奋战了15年，到此时却因为两个叛徒丢了性命，这无疑是一件令人悲伤的事情。
除了铜山岛之乱，在收复台湾之后，明郑内部还发生了陈豹事件“（1662年）三月，令周全斌调铜山、思明州兵攻南粤，欲擒陈豹。豹短小精悍，号「三尺陈」，守粤近二十年，许龙、苏利皆畏之。豹骄傲专恣，数违藩令。兵至，仓卒率众搬眷下船，不敢十分迎敌。扬帆入广东投诚，封为慕化伯。未几，病疫而死。”
收复台湾战役实际上是郑成功在大多数将领都不同意，只有少数人支持的情况之下发动的，因为17世纪的台湾的开发程度实际上很低，无法为上万郑军提供应有的补给，所以在整个围攻战期间，郑军的非战斗减员十分严重“初至，水土不服，瘴疠大作，病者十之七八，死者甚众”，甚至有饥饿的士兵开始投靠荷兰人，同时，郑成功也愈发暴躁。
咱们之前说过郑成功的性格本来就不是很好，因为家仇：母亲遇害，父亲被清廷哄骗北上，国恨：隆武政权灭亡，赏识自己的隆武帝死于清军之手，再加上战争情况下的一些因素，郑成功的性格愈发偏激，暴躁，在行事风格上也是愈发独断专行，总是以极其残酷的手段惩处犯罪的手下。《梅氏日记》终有对国姓爷的描写“我猜他年约四十岁，皮肤略白，面貌端正，眼睛又大又黑，那对眼睛很少静止的时候，不断到处闪现。嘴巴常常张开，嘴里有四五颗很长，磨得圆圆的，间隔大大的牙齿。胡子不多，长及胸部。他说话声音非常严厉，咆哮又激昂，说话时动作古怪，好像要用双手和双脚飞起来。”
关于他的一些行为，可以举一些例子，比如施琅事件中的吴芳。施琅在叛逃前夕实际上是被捉起来了，被交给忠定伯林习山关押，林习山命令自己的副将吴芳看守施琅，有一天有人来假传郑成功的命令，说要把犯人施琅提走审问，吴芳也不怀疑，带了几个人押着施琅就上了岸，结果施琅和假使者找了一个僻静的地方把吴芳和几个押送军卒全部打晕，然后逃之夭夭，之后藏到苏茂的家中，郑成功闻听此事之后，大怒，先想杀林习山，没有杀成，大概是有人求了情，那就拿他的副将撒气，把吴芳妻子儿女五人全部杀掉，然后逼迫吴芳再去追施琅，结果当然是没追到，吴芳作为犯罪将领就被关起来了。不得不说，这一手段确实太过极端，吴芳不过一个副将，也并不是存心要放叛将施琅逃走，结果居然全家被杀。
还有苏茂，这个人咱们之前说过，就是在揭阳战役之中战败的那位郑军将领，可能是跟施琅的关系比较好，于是就把他藏在自己的家中，倒没有因为这件事被处罚，后来因为揭阳战败被郑成功杀掉，按理说这事儿其实是没啥太大毛病，毕竟苏茂在战前自己说“不胜，愿依军令”，但是江日升在《台湾外纪》中记载说“茂因纵施郎，成功侦知，久蓄于怀，欲杀之而无由。今偶有揭阳之失，借此斩之。诸将士不知其故，咸有微言曰：论茂揭阳之败，无非天意；岂战之罪？虽不从郭遂第之言，其气可以吞敌，何至于死？况茂战功难以枚举，非他人所可比。藩主如此旅行，岂不令人寒心？成功知众心不服，即令厚殓设灵，养其妻孥”可见，在当时的郑军中，对苏茂被杀不满的人还是有很多的，黄梧叛逃前夕也说郑成功是“刻薄寡恩”。
攻台湾之时，明郑军队之中被郑成功诛杀的人越来越多，比如咱们之前提到过的吴豪，这人并非死于攻台之前，而是在1661年的五月，罪名是“投掠台湾百姓银两、盗匿粟石罪犯”，到十二月份，当初赞同郑成功攻台的杨朝栋也因为“小斗散粮”而被杀，全家都被株连，同时被杀的还有万年县知县祝敬，于是“人心惶惧，诸将解体”，连荷兰人都记载郑成功“经常处死很多人”。由此可见郑成功御下的手段，虽然说早期有一些可圈可点之处，比如收降姚国泰，但总体上来说还是比较拙劣的。
1662年，李定国病死，西南明军彻底覆灭，明清对峙的局面发生了重大变化，原先勉强算平分天下的南明政权手中一下子只剩下了几个小岛以及川秦楚三省交界处的几个县。在这种敌过强，我过弱的情况之下，作为东南沿海抗清义师的主帅，这时候应该更能容人，对手下的一些行为应该多几分包容。换句话说，在这种战局及其险恶的情况之下，根本不适合过分惩处部下，至少不能动辄诛杀部将，而郑成功却反其道而行之，这样的结果只能是让诸将与他这个“藩主”愈发离心离德。
包括前文说到的那个驻守南澳岛的忠勇伯陈豹，他叛变的原因和郑成功的行为也是关系的“至是有谮豹于成功者，成功遣伪将周全斌图之。豹奔广东，谐平南王尚可喜投诚”也就是说，陈豹的谋反根本就是子虚乌有，是有人在郑成功面前说他的坏话，说他想投降清朝，当然，被人说坏话跟陈豹平时的作风还是有关系“骄傲专恣，数违藩令”，但是在这种极端劣势的情况之下，郑成功不管三七二十一，也根本不管陈豹谋反的传言是真的还是假的，直接命令周全斌发兵征讨南澳，结果直接把陈豹逼到了清朝那一方。
郑成功军队的结构咱们之前也说过很多次了，主要是三部分，第一部分就是和他起兵的那些人，第二部分是一些地方势力归附，第三部分是反正的清军（这些人可以说是郑军的中坚力量），这支南明军队最鼎盛时，兵数曾经达到七八万人之多，是福建清军的两倍有余，但地盘上却十分可怜，没有相应的土地和人民，就没有充足的粮草，那为什么这支大军还能奋战十余年之久，除了郑成功自身的军事和组织才能，还有就是能团结在郑成功周边的将领，大多数仍有故国之思，不愿意接受清朝的统治，这些也就是郑军存在的基础，而现在，复兴明朝的希望已经几乎破灭，正是人心不稳之时，郑成功反倒大行诛杀，最后的结果就是“正月，赐姓严谕搬眷。郑泰、洪旭、黄廷等皆不欲行，于是不发一船至台湾。而差船来吊监纪洪初辟等十人，分管番社；皆留住不往，岛上信息隔绝”，郑成功与诸将离心离德，明郑政权在他死亡之后不到一年就开始走向崩溃，大量将领降清，除台湾之外，所有的据点全部丢失。
所以为何打得清朝心惊胆战的明郑大军在收台之后开始逐渐走向崩溃，第一，就是永历朝廷覆灭之后，明清两方过于悬殊的实力对比，第二就是郑成功本人的倒行逆施，当然，这一点有可能是郑成功自身的身体与精神由于一次又一次的刺激和军旅的劳累愈发不正常，以至于经常无法冷静思考，这点咱们之后会说到。
