秦始皇一统天下之后，不仅为自己建立了“皇帝”的称号，还为朝中确立了百官之职，我们常说的“三公九卿制”便源自秦始皇时期。
不过事实上秦朝并非真正的三公九卿制，因为太尉一职从未有人担任，在朝中有资格开府置僚属的也只有丞相和御史大夫。同时，御史大夫虽然号称“副丞相”，但地位无法与丞相相提并论。
丞相是金印，秩万石；御史大夫是银印，秩二千石。
也就是说，秦朝在皇帝之下其实是丞相总负责制。那么三公九卿制是如何形成的呢？
1、三公九卿制的形成
我们知道，秦朝的建立伴随的是世袭制的结束，而丞相的设立便是其中重要的一环，因为丞相不能世袭，也无法终身担任。
然而，由于丞相总领百官，从一开始便与皇权发生了严重的冲突，皇帝们总是想方设法的削弱相权。换句话说，丞相的设立之初便是其权力巅峰之时。
为了削弱丞相的权力，喜欢乾纲独断的汉武帝决定在宫中设立内朝（又称中朝），居首的为大将军，与以丞相为首的外朝相对。《汉旧仪》记载：
汉兴，置大将军，位丞相上。
但即便如此，皇帝对外朝的丞相还是不放心。于是到了汉成帝时期，御史大夫被改为大司空，同时也不再是丞相的副手，而是与丞相、大司马（即大将军）平起平坐，秩均为万石，这便是“三公”。至此，丞相的职权正式一分为三，三公体制正式建立。
王莽篡汉之后，定三公名号为大司马、大司徒、大司空，丞相这个名字也消失了。刘秀建立东汉之后，将三公分别改名为太尉、司徒、司空，并将三公变成了有名无实的虚衔。
也就是说，三公的形成，其实代表的是“丞相”相权的消失，从丞相衍生的三公变成了位高无权的虚职。
九卿与三公不同，九卿均为执行机构，对皇权没有威胁。秦汉时期，甚至到了南北朝时期，九卿的名称数量虽多有变化，但一直都是实职，比如
奉常，掌宗庙礼仪；郎中令，掌宫廷侍卫；卫尉，掌宫门卫屯兵；
太仆，掌车马驿站；廷尉，掌司法刑讯；典客，掌外交；宗正，掌皇族事务；
治粟内史，掌财政；少府，掌皇宫财务；中尉，掌京城警卫。
2、尚书省的形成
尚书的崛起，尚在三公形成之前。
尚书，本是九卿之一少府的属官，地位低微，其职责便是在皇帝和丞相之间传话，是皇帝的私人秘书。至于其成员，既可以是士人，也可以是宦官。
后来，汉武帝为了架空丞相之权，便利用尚书这一平台组建了内朝。从此，尚书成为皇帝的办公机构，朝臣的奏章必须通过尚书才能呈送给皇帝，尚书的职责是负责收发奏章，皇帝的诏令由尚书发到御史，再由御史发给丞相执行。
汉武帝之后，大将军的权力之所以能超越丞相，凭借的便是掌控了尚书这一内朝的核心。
大将军霍光
至东汉时期，尚书的权力进一步增大，拥有了草拟诏书之权，并可以直接向行政机关下令，由此开始从皇帝的办公机构变为帝国的最高行政机关。
因此，东汉只有加“录尚书事”的官员才是真宰相，三公完全是虚职。
从西汉成帝开始，尚书之下开始设立部曹，也就是分类的办事机构，最开始分为4曹，后来到南北朝时期变为5曹或6曹，比如
吏部，掌选拔官吏；左民，掌户籍；客曹，掌祭祀和礼仪；五兵，掌军事；度支，掌财政。
这是六部的雏形。
3、中书省的形成
中书，也就是中尚书，后宫内的尚书，与尚书一起产生于汉武帝时期。
随着尚书逐渐走向外朝，而皇帝大多都在后宫之中，于是汉武帝便又在后宫之中设立了中书，由宦官担任。尚书在朝中接纳奏章，然后转给中书，中书再呈送汉武帝。
不过，由于中书都是由宦官担任，遭到了天下士人的抨击，于是在汉成帝之时便撤销了中书，东汉也没有中书，尚书一家独大，同时掌握发布命令和行政执行，权力太大，逐渐威胁到了皇权。
于是，曹魏之时便重建了中书，重建后的中书分掉了尚书的发布命令权，中书正式成为皇帝与尚书之间的联络机关，尚书又变为单纯的执行机构。此时的中书，便相当于汉武帝之时尚书；此时的尚书，便相当于汉武帝之时的丞相。这又是一个轮回。
4、门下省的形成
与中书和尚书不同，门下在汉朝之时并非一个正式的行政机构，而只是皇帝的侍从，全称是“禁中黄门之下”。
门下的官吏之中最重要的是侍中，其职责主要有二：
其一，服侍皇帝，包括为皇帝端便器和痰盂。
其二，讨论政事，是皇帝的顾问。
所以，门下侍中是皇帝最亲近的人，其担任者也多为贵族子弟和博学多才者。也正是如此，门下的地位也越来越尊崇。
至汉灵帝之时，设侍中寺，汉献帝时又置侍中、给事黄门侍郎各6人，以评审尚书的奏章为主要职责，门下的行政机构正式形成。
晋朝时，该侍中寺为门下省，开始成为宰相。
5、三省六部制的形成
从上文我们可以知道，尚书、中书、门下三省至迟到晋朝时期便都出现了，只不过当时这一制度还没有正式确立。
至魏孝文帝改革之时，在朝中正式设立了尚书、门下、中书、秘书、集书、中侍中六省。其中，前三省为中央的行政机构，后三省主要服务后宫，这一制度后来被东魏~北齐沿袭了下来。
隋朝设立五省六曹制
隋朝一统天下之后，在北魏制度的基础之上，设立了五省六曹制。
五省，即为内史省、门下省、尚书省、秘书省和内侍省。其中，秘书省掌书籍历法，内侍省则掌管宦官，真正的政府中枢机关为内史、门下、尚书三省。
之后，在尚书省下设吏、度支、礼、兵、都官、工六曹，这便是五省六曹制。后来度支曹改称户部，都官曹那称刑部，六曹也改称六部，所以又称五省六部制。
唐朝设立三省六部制
唐朝建立之后，基本沿袭了隋朝的制度，将内史省改为中书省，并对三省进行了分工，正式确立了三省六部制：
中书省是决策机构，负责起草诏书；
门下省负责审核中书省起草的诏书，不当可以驳回；
尚书省是执行机构，其下设六部。
而由于六部与九卿的职掌重合，九卿逐渐退出了历史舞台。
至此，从汉武帝时期设立尚书开始，历经600多年，终于形成了三省六部制。同时，与我们常常想象的不同，三省六部制并非完全用来取代三公九卿制，因为尚书形成之时，尚无三公，而三公与三省一样，其本质都是为了削减丞相的权力。
