清朝入关以后，为了从法理上站稳脚跟，匆忙把明朝的历史定格在了崇祯十七年，即1644年。但实际上，北京失守以后，明朝政权并未崩盘，依然存在了17年之久。
为了避免把1644年以后的清军南下写成是和“空气”作战，清朝统治者在明朝君臣的称呼前皆加上了一个“伪”字，以区别于1644年之前的明朝，造成一种明朝已经灭亡的假象。
辛亥革命以后，史学家正式将这段历史称之为南明。
南明能在短时间内建立，一方面得感谢当年明成祖朱棣迁都时建立的“两京”制，在南京保留了一套完整的六部行政机构；另一方面，则不得不提到一个关键人物：马士英。
1644年三月十九日，崇祯皇帝自缢于煤山，十天后消息传至淮安，此时的大明不仅群龙无首，而且就连崇祯皇帝的诸子也都下落不明，既无皇帝也无储君。
以钱谦益为首的东林党人主张以“贤”论，立潞王朱常淓，而另一派则主张按血统亲疏，立福王朱由崧。事实上，所谓的贤明也好血统也罢，只不过是不同利益集团争权夺利的表面文章罢了。
不过，手握大权的第一重臣史可法却态度暧昧，未表明政治立场，这直接加剧了帝位之争。这个时候凤阳总督马士英力排众议，以重兵护卫福王朱由崧直奔仪真，使得福王继位成定局，弘光朝得以迅速建立，马士英也以拥立之功成为内阁首辅。
抛开立场不论，马士英的果决对于明朝局势的迅速稳定的确立下了大功。但马士英此后的所作所为却给了东林党讨伐的口实。
在成功上位之后，马士英为感谢当年任凤阳总督时阮大铖的举荐之恩，用自己的职权启用阮大铖为兵部尚书。由于阮大铖出身阉党，马士英很快遭到东林党人的抨击，在东林党人的造势下，马士英成为世人口中的“奸臣”。湖广巡按御史黄澍甚至鼓动左良玉起兵“清君侧”。
加上弘光政权的很快覆灭，明朝遗老纷纷将原因归结为马士英谋国不忠导致，可谓坐实了马士英“奸臣”之名。鲁王政权的张岱甚至说马士英还不如秦桧、贾似道等人。
而在清朝官修的《明史》当中也沿用了明朝遗老们对马士英的评价，说他是“为人贪鄙无远略，复引用大铖，日事报复，招权罔利，以迄于亡”。
不仅如此，在“奸臣”之外，清朝还给马士英安上了“叛臣”的罪名。因为按照清朝的说法，马士英降清后曾复通唐王政权，后事觉被杀。
由此，马士英成为明清两朝公认的奸佞小人，就连马士英的家乡贵州也耻于记载，而将其从地方志中删除。
但随着近年来新史料的不断出现，对马士英其人恐怕要重新评价。
马士英重用阮大铖致使本已风雨飘摇的大明王朝加速了腐化，但这只能算作谋私利，“奸”还远远谈不上。事实上，阮大铖是个典型的投机者，东林党人在活动周延儒复职时，也曾联合阮大铖，并由阮大铖捐资20万两。
在南京城失守后，无论是有阉党之名的阮大铖，还是东林党首钱谦益，都屈膝向清军投降，唯独这位背负奸臣骂名的马士英却选择继续“抵抗”。
在清朝留存的军情奏报中，从顺治二年十月到十二月，都有马士英带兵北犯的记录（此时弘光朝已灭亡五个月）。而鲁王政权的徐芳烈所写的《浙东纪略》中也有南京失守后马士英依然带兵在杭州一带与清军作战的记载，直至战败被杀（还有说法是战败后隐居四明山佛寺，后被清军擒杀）。
可见，马士英虽然不是救世之能臣，但也绝对算不上是奸臣。至少，在部分东林党人降清的时候，这位被指斥为祸国奸臣的内阁首辅始终在坚持抗清，也算是为国尽忠了。
著名明史专家毛佩琦就曾说过：“南明史是一段被抹杀的、被曲解的历史。马士英虽非救世能臣，亦非亡国罪魁，他虽然政治上失败了，但没有屈膝降清，晚节是值得肯定的。贵州山乡能够孕育出这样的风云人物，并非黔人的‘耻辱’，而是可引以为骄傲的”。
