当市场充斥着大量的高频交易，可会出现大量“老鼠仓”，同时会对买入股份数量十分之大的大型基金造成影响，因为他们的交易速度不及高频交易公司，故此难以用最佳的买入价去买入股份。但对散户而言，好像又没有多大影响似的，不过，专家指出，若然散户这样想便错了，高频交易对散户的影响可能更大。
Kaye表示，只要交易速度够快，在市场上就有很大优势，然后可运用更多赚钱的策略。例如在港股十分流行的牛熊证，假设B股票的价格上升，与B股票相关的牛证共有10只，理论上这10只牛证会按其实际杠杆比率而上升的。
假设B股票上升1%，某相关牛证理论上应由0.5元升至0.9元，但即使有些牛证的成交量小，按目前的规定，发行商仍需要将牛证的价格抬高，以反映正股的升幅。但若有些“有心人”刻意令牛证短时间内升幅不足，例如牛证只是由0.5元升至0.6元，然后等“合作伙伴”买入后，才再将价格抬升至0.9元。
“合作伙伴”在这情况下是百分百赚钱的，这无疑是不合法的行为，但若用高频交易来进行，那就很难察觉得到，对散户来说，交易牛熊证会变得更加不公平。当然并非指现时的发行商是这样做，只是举出一些有可能发生的例子，但当高频交易越来越普遍的时候，很多监管也有可能会出现漏洞。
