司马曜即东晋孝武帝，他成为东晋开国江左以来最有权力的君主。但他耽于享乐，沉湎酒色，又与司马道子争权，形成"主相相持"的局面，造成朝政日趋昏暗。后因司马曜与宠姬张贵人酒后戏言，导致张贵人一怒之下叫来心腹宫人将熟睡中的司马曜用被子捂死，
317年，司马睿在江东称帝，却没能掌握实权。司马睿能立足江东，靠的是门阀士族的拥戴，当时王导、王敦专权，时人谓之王与马，共天下，他们相继主导朝政，皇帝就是个摆设。
司马睿作为开国皇帝，却被王敦控制，郁郁而终，其余皇帝可想而知。到了简文帝司马昱时，由于桓温掌权，并有取代晋朝的打算，简文帝临终前，居然想“禅让”皇位给桓温。
孝武帝，司马昌明，简文帝的儿子，在位24年。369年，桓温第三次北伐，希望借助北伐建立的战功，名正言顺的加九锡，取代东晋，结果被慕容垂击败，损失惨重。
北伐失败，桓温威望一落千丈。372年，为了树立威望，桓温废了司马奕（晋废帝），拥戴司马昱继位，是为简文帝。桓温高压下，司马昱没过一天安稳日子，8个月后驾崩。
简文帝为了保住家族性命，临终遗言：“桓温效仿周公摄政，如果司马昌明不能辅佐，你可以取而代之。”言外之意，桓温可以称帝，这是皇帝的“遗诏”。
简文帝懦弱无能，但门阀士族不答应，王坦之当面撕毁“遗诏”，让皇帝重新修改诏书：“桓温辅佐，扮演王导的角色”。接着，谢安、王坦之力排众议，没等桓温入京，直接让司马昌明继位，取得主动权。
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桓温能力强，但做事力求稳重，缺乏魄力。桓温希望简文帝能主动“禅让”，苦苦等待，谁知谢安、王坦之插手，自己与皇位失之交臂，但他并未放弃。
373年，桓温带兵入朝，谢安、王坦之严阵以待，摆出决战架势。桓温没能下定决心，只想让朝廷能加“九锡”，静观时变。桓温病重，谢安假装答应，却不断以文书“格式”错误为由，修改诏书内容，将桓温拖死。
桓温病逝，弟弟桓冲为人忠厚，且威望不足，孝武帝保住了皇位。考虑到外地将领手握重兵，谢安为了维持京师稳定，让谢玄去江北流民中招募士兵，组建一支直属朝廷的武装，即是“北府兵”。
383年，谢安以“北府兵”为主力，在淝水之战中以少胜多，击败了“前秦”皇帝苻坚率领的93万大军，保住了东晋国祚。
淝水之战后，孝武帝威望大大提高，他便以此为契机，削弱门阀力量。孝武帝让弟弟司马道子参与朝政，主持尚书省，分割谢安的权力；淝水之战获胜，孝武帝非但不赏赐谢安，还支持王氏家族对他发起挑战。
谢安有名士之风，不想挑起内战，主动率部北伐，旋即病逝。桓冲、谢玄等名将也先后病逝，门阀士族缺少精英，人才凋零。再则，北方重新陷入混战，东晋的压力减轻，孝武帝可以腾出手来，慢慢收拾门阀。
孝武帝、司马道子兄弟联手，荆州、寿春、京口、襄阳、兖州、姑孰等战略重镇都掌握在忠于皇室的将领手中。例如，殷仲堪担任荆州刺史，王恭（孝武帝的大舅哥）驻守京口，控遏上下游咽喉，孝武帝立于不败之地。
东晋开国七十多年后，门阀士族英才凋零，到了孝武帝后期，已经没有了类似王敦、王道、庾亮、庾翼、桓温、谢安等可以左右朝政的风云人物。如此，权力回归了“皇室”，孝武帝感受到了帝王的尊严。
但是，孝武帝掌握大权，并非自己雄才大略，而是门阀士族没了人才，是谢安还有名士之风，不想引起内战的结果。如果谢安不放弃朝政，效仿王敦、桓温，晋朝早就没了。
遗憾的是，大好局面下，孝武帝、司马道子兄弟没能抓住历史给予的“机会”。掌握大权后，兄弟俩不思进取，整天纵情享乐，并相互内斗，若非母亲李太后尚在，估计早就兵戎相见了。
396年，孝武帝在宫中饮酒，让张贵人作陪。酒过三巡，孝武帝开句玩笑话：“你入宫这么久，已经三十多岁了，没有昔日的容颜也就罢了，还没能生下一儿半女，我明天就废了你。
”
张贵人怀恨在心，她不断劝说孝武帝饮酒，还亲自给服侍的宦官倒酒，将他们全部灌醉，然后派人送他们回家。夜晚，张贵人侍寝，她找来几个宫女，用棉被将沉睡中的孝武帝闷死。
孝武帝死后，张贵人当即派人告知司马道子，说皇帝在梦中“魇崩”。司马道子看到劲敌驾崩，高兴还来不及，没有追究张贵人责任。继位的司马德宗，比司马衷还“愚痴”，更加不会去查清真相，张贵人活得逍遥自在。
史学家田余庆的评价是:"史籍所载，孝武帝是昏君，司马道子父子是乱臣，这些都是事实。但，在这些昏君、乱臣的某些行事中，却体现了门阀政治向皇权政治的转折。
