元顺帝的逃脱，一直是个谜。
朱元璋打败陈友谅，击溃张士诚，几乎把所有敌人都扫清了，只还剩下一个摇摇欲坠的元朝，一个只顾逃命的元顺帝，孛儿只斤·妥懽帖睦尔。元顺帝算不上是个英明神武的皇帝，否则也不会把整个天下搞得乌烟瘴气。
1368年，要“驱逐胡虏，恢复中华”的朱元璋在应天府称帝，国号大明， 年号洪武。随即朱元璋派徐达北伐，剿灭残元。当年七月，徐达的北伐军到达河北通州，距离元朝国都仅一步之遥。此时的元顺帝还在大都城内，只要徐达一声令下，攻入元大都，生擒元顺帝，就将立下不世功勋。
然而吊诡的是，徐达偏偏按兵不动，在通州啥也不干，安安稳稳待了七天。七天之中，不知所措的元顺帝缓过神来，半夜打开健德门，逃往上都，片刻不敢耽搁。然后，徐达才指挥大军前行，杀死元朝监国淮王，名正言顺占领了大都。
洪武二年（1369年），徐达率大军兵临开平（元上都）城下，本可将元顺帝瓮中捉鳖，可是徐达却将包围圈故意漏一个口子。元顺帝似乎明白了徐达的意思，又从缺口跑了。
“大将军达之蹙元帝于开平也，缺其围一角，使逸去。常开平怒亡大功。”
徐达连续两次故意放走元顺帝，白白丢失了活捉元帝的大功劳，开平王常遇春急了，质问徐达。
徐达却不慌不忙地解释：
“是虽夷狄，然尝久帝天下。吾主上又何加焉？将裂地而封之乎，抑遂甘心也？既皆不可，则纵之固便。”
徐达认为，元帝虽不过一介夷狄，但好歹也曾经是我们的皇上，管理中原那么久。如果真的逮住他，老大朱元璋该怎么处理他？难道封一块地盘给他？还是把他杀了才甘心？我觉得两者都不好，还不如把他放了最好。
徐达云淡风轻，暴脾气的常遇春却很不认同，心中颇有些怨气，班师回朝后专门向朱元璋告发，说徐达故意放走了元顺帝。元顺帝作为前朝皇帝，徐达的这种行为似乎是在“通敌卖国”，这顶“帽子”扣得很大，很多人都认为徐达这次要倒大霉了。然而，“
及归报，上亦不罪。
”朱元璋得知后，只是点点头，并没有怪罪徐达。
由此可见，朱元璋和徐达在处理元顺帝的问题上，是早有默契的。《明史》记载了君臣二人关于元顺帝去向问题做过交流，朱元璋在汴梁的时候，徐达曾秘密向朱元璋请示：元顺帝若逃跑，要不要乘胜追击？朱元璋回答说：把他赶到塞外就行了。
《元史》里也有证据，朱元璋认为他“知顺天命，退避而去”，勉强算是实现了元朝明朝的和平交接，鉴于此，因此封其为“顺帝”。在元朝那边，元顺帝被称为“元惠宗”。
朱元璋为何不不赶尽杀绝？这就体现出朱元璋聪明的政治头脑了。古代帝王对自己得来的政权都讲究“正统”二字，所谓正统，在古代多数都是以“禅让”的形式体现。不管是什么背景，只要是禅让的，都是合法的。不过对于直接起义的朱元璋来说，还是觉得自己的帝位得来的不正统，没有法理依据。
虽然元朝是朱元璋推翻的对象，但是对于元顺帝，无论是朱元璋还是徐达还是把他当成“君”，毕竟在当时历史条件下，君臣观念还是很重的。如隋炀帝，同样是被推翻的对象，但当他被杀于扬州之后，造反的李渊、窦建德等人都痛哭流涕，为其披麻戴孝；再如崇祯帝，是李自成推翻的对象，但李自成进京后还是厚葬了崇祯。
朱元璋这样做，首先是为了向天下宣扬君臣的理念，巩固自己的统治，因此，“弑君”之名是绝不能背上的。元顺帝一逃跑，相当于主动让出江山，朱元璋便可顺势宣扬“明兴元亡”，元朝灭亡，明朝兴起，是顺应天意、名正言顺、合理合法的。正如朱元璋自己所说：“ 元以北狄入主中国，四海内外罔不臣服。此岂人力，实乃天授。”
其次，元朝虽失去中原，但在草原还有势力。元顺帝个人能力差，并且在中原长大，对草原陌生，蒙古王爷们必然不怎么服他，元顺帝多活一年，蒙古王爷就多一份头疼。如果杀了他，换一个厉害的上台就不好办了，不杀他也利于分散蒙古的有生力量。
（参考资料：《明史》、《智囊·上智部》等）
