土司制度是中国古代中央朝廷在边疆少数民族地区施行的一种与内地经制有异的特殊地方政治制度。
近几年学界已经有人提出“土司学”这一概念，即在以往诸多前人相关研究的基础上整合出土司相关的系统学问。
土司制度是伴随着羁縻政策衰微过程中产生的更加适应民族地区发展状况和专制主义中央集权要求的一种民族政策的表现形式。它有其自身的起源、发展和衰微过程。
土官的设置与分布
《土官底簿》中所载土官按照云南、广西、四川、贵州、湖广、广东六省顺序排列，中间亦有错化。
如“广南府知府”和“宜良县汤匙巡检司巡检”两条在《土官底簿》中排列在广西条之后，但实际上，无论广南府还是宜良县都未曾属于广西，而应当属于云南。
此处所谓“六省”一般来说是布政使司辖区，但也有例外，如云南条目下的“澜沧卫军民指挥使司北胜州知州”、“金齿军民指挥使司水眼巡检司巡检”，四川条目下的“建昌卫军民指挥使司白水马骚土官驿丞”“、建昌卫军民使司使司庐沽驿驿丞”，贵州条目下的“贵州都司普安卫军民指挥使司安顺州同知”等。
云南土司
《明史云南土司》载：“明洪武十四年，大军至滇，梁王走死，遂置云南府。至是诸郡以次来归，垂及累世，规制咸定……”
明洪武十四年，明军平定云南，元代所设各州县土官随即渐次归附朝廷，明代土司制度有了进一步发展并逐步完备。
按《明史》所载，云南大理、临安一线以南，元江、永昌一线以北皆设府为治，其南的孟艮、孟定等离中原王朝更远的地区设各土司统治，此外新化、北胜等地则设直隶州统治。
这是明初平定云南时云南地方行政制度的基本概况。由此可见，明代的云南沿袭元代的土司制度，对云南地区各土官的统治仍就以比于内地的府州县模式统治之，但实际上，这种模式仅限于形式而已，其内部统治仍旧是土司制度的内核。
明代云南土司的设置规模非常大，袭荫曾在《中国土司制度》一书中做过统计，载有明一代云南总共设置土官332家：土宣慰使11，土宣抚使1土副宣抚使1，土安抚使2，土长官37……
可以大概看出云南土官设置的规模和地理分布，但这种统计缺乏一种时间断面的考量，因为资料的限制，尚不能从中看出在明代某一个时期云南土官设置的具体情形为何。
云南地区民族种类众多，分布复杂，关于这一问题的研究成果也有很多。关于云南土官的民族族属，《土官底簿》虽并非每家土官都有明确记载，但仍就有所涉及。
就其记载看来，云南土官的民族种类繁多，包括罗罗人，雙人，小百夷人，回回人，撒摩徒人，蒙古人、蒲人、和泥人等等。云南是土司制度实施的重要地区。
云南是土司制度这一特殊的地方行政制度实施的重要地区，土官的设置在云南各府都相当普遍，土州县的分布范围也十分广泛。
广西土司
广西境内少数民族众多，尤以壮族为主，是土司制度实行的重要地区。沿袭前代统治惯例，明初年即在广西少数民族分布地区普遍设立土官，实行土司制度。
《明史广西土司》载：“广西瑶、僮居多，盘万岭之中，当三江之险，六十三山倚为巢穴，三十六源跟其腹心……“
可见广西一省内部民族成分之复杂，地理环境之险恶，明代中央王朝只得借助当地土酋的势力对这些地区加以管控
关于广西土官的分布情况，袭荫在《中国土司制度》一书中统计明代广西土官最多时为342家，其中隶属吏部的土府州县土官有316家。《土官底簿》广西条目下所记土官共81家。
广西一地土官盘根错节，宗族姻亲关系繁杂，地方土官之间关系也尤为复杂，或两家相约攻汗其它土官，或因承袭受封招致族内仇杀。
四川土司
明洪武四年（明军由川北入川，之后渐次南行，最终平定四川。
按照明初制度定，凡是前来归附的少数民族首领皆以原官授职，当时四川的土官纷纷前来投降归附，并纷纷给明军供给军粮，指引道路，更有甚者会随军出征，屡立战功。
明代中央朝廷对先后归降的土官均授以官职并准许其世袭。
进一步加强对四川少数民族区的管控，明中央又增设了两百多家大小土官。
据袭荫统计，有明一代四川共计设置大小土司三百余家，从九品以上91家，其中各类武职土司有78家，未入流的小土司有多210家，土府州县系统的土官有13家。
由此统计可见，明代文武土官的数目庞大，但以武职土司和未入流的地方小土司为主，其中未入流的小土司占四川所设土官总数的三分之二左右，可见其数目庞大。
此外，武职土司也是明代四川所设土官的重要组成部分，占从九品以上土官的六分之五以上，而四川所设文职土官只有十余家。这与四川的特殊军事地理位置有莫大的关系。
贵州土司
明永乐十一年，贵州设省，将原本分属湖广、四川、云南三省的部分地区划归贵州统辖。
沿袭前代对这一地区的管控，明代依旧采取利用地方土酋管理少数民族地方的土司制度。
关于明代贵州的土司数量，袭荫的统计数目是225家，其中文职土官25家。
这家文职土官中，新贵县三家土官：土县丞宋氏、土主簿宁氏和土主簿庭氏系明万历十四年（1586）置新贵县时始设，龙泉县土县丞安氏设于明万历二十九年（1601），
其他地区土司
明代土司设置以云南、广西、四川、贵州数量最多，但土司制度的分布省份却不仅仅是这几个省份，龚荫中国土司制度中载明，现今的湖南省在元明清三代设置了59家土官，其中明代的文职土官3家，这三家土官与《土官底簿》所载一致。
明代在元代的基础上，在湖广少数民族区普遍设置土司，所设基本皆为武职，又杂以设置羁縻卫所，文职土官的设置则相对薄弱。
另外，土司制度在明代的广东行省也有实施，但史籍所见的广东土官只有寥寥数家。
袭荫在《中国土司制度》一书中通过对方志和调查资料的勾稽爬梳，统计出现今的广东和海南，即约相当于明代的广东行省有91家土官，其中有抚摇官、总官、黎官、揺总、傜首、峒长、山甲等并不见于其它地区的特殊土职称谓。
明代在西南少数民族分布地区普遍实行土司制度，土司制度的实施适应了当时西南少数民族的发展情况，其范围遍及云南、广西、贵州全省，四川、湖广和广东的部分地区。
土司世袭
洪武初年明军渐次平定云南，在对西南地区经营上，明朝廷采取踵元故事但又大为恢拓的攻守兼备之策，对西南的管控比元代时期有了更进一步扩展。为了迅速稳定西南边睡，“西南夷来归者，即用原官授之。”
此种令西南土酋赴京朝贡的政策，是他们向朝廷表明臣服顺化和朝廷赐予他们权力的重要一步。
这些受过元朝赐封的土酋在他们初次进京朝贡时，明朝廷会仪式性的重新授予他们原来的官职，承认他们为朝廷的臣民，并且会根据他们职位的高低分别赏赐不同的印信、朝服、冠带、浩敕等等。
土官授职，最初规定各土官需亲自赴京才能授予职位，但从《土官底簿》记载的情况看来，土官赴京授职的事例多发生在明初的洪武、永乐年间，之后土官授职多是通过上级官员勘察明白，通呈镇总抚按，土官免于进京而在直接地方就可袭替。
而实际上，就算是在明代初年，土官需亲自赴京授职的规定也没有被完全彻底的执行，为了迅速稳定西南地区，朝廷曾派出使节远赴云南招降土酋。
通过对这一政策的变通，明廷很快赢得了更多西南土酋的归顺和支持，在平定西南的过程中，不断有西南土酋率领所部供应粮草，随军出征，招抚夷人，并有很多土官在出征中立下战功，受到朝廷的封赏，如前文提到的官阶品秩的提升等。
土司的升授
前文述及，明代土司制度，土官归附时用原官设之。但土官授职之后，其职位并非固定不变。如内地官制，土官升授有其特定途径。凡立有功勋的土官，均能按办法进行升授。
此种土官升授之法并非在明代首创，元代史料中即有相关记载：“诸土官有能爱抚军民，境内宁溢者，三年一次，保勘升官。”明代时候，中央朝廷为了继续笼络土官，维稳地方，继续实行这一措施，并更加详尽细致。
纳粮升授
纳粮升授是明代土官职位升迁的重要途径之一。《土官底簿》中曾明确提到正统年间有官榜告示承认土官可以纳米升职，甚至土官纳米升级的标准都有明确数字记载，这表明土官纳米升授在明代是中央朝廷官方认可的。
纳木价升授
土官交纳木价，由工部开具已交木价的印信作为凭证，土官可以免于赴京而直接在其当地授职。
西南土司所在地区林木资源丰富，皇室廷庙修建需要大量的木材资源，明代荒木采办很大一部分是来自西南地区。
土官进献大木，即能请求袭替，服色，进阶，浩命等赏赐。这与前面论及的纳米实为同一性质。
对地方土官来说，这免去了往返京城的不便，土官自然乐意为之。同时对明中央朝廷来说，这也为其增加了一笔进项。
军功升授
明代西南不靖，土官叛服不常。随军出征立下战功成为土官升职的一条重要途径，甚至据统计看来，军功升授是《土官底簿》中所载土官晋升的最主要途径。
这固然与明代中央朝廷对西南边疆地方的征伐力度有关，更重要的是，明朝廷意识到中央在管控边疆地方时的鞭长莫及，而封授土官恰好弥补了中央的这一方面的不足，甚至是空缺。
照例升授
明代朝廷授与一土官职位并非只牵涉土官一家，因为地方势力要求某种平衡，土官授职变化也会引起地方势力的变化，继而产生一系列影响。
总结：
明代对西南边疆少数民族地区所实施的土司制度在是两汉以来形成的羁縻政策基础之上发展起来的。
明代中央王朝通过对少数民族区的恩威并济管控这些地区，土司制度的思想实质就是羁縻政策。但是明代的土司制度又有与前代不同的特征。
它在继承元代土司制度的基础上加以发展，将前代已经出现但不特殊用于土官职位的宣慰使司、宣抚使司、安抚使司、长官司等真正发展为土官特有的职位，这类性质的职官一般被称为土司。
明代又规定土官品秩一如流官，各品级官员设置亦有一定定额，这就使得土官整套体系真正建立起来。
此外，明代土官的授职、承袭、升迁、贡赋、乃至教育等都有相应的制度规定，正是由于这些举措才使得土司制度在明代达到鼎盛。
随着土司制度发展至鼎盛，中央亦可以通过世袭、升授等方法控制西南地方，并可以按规制在土官地区加派流官，将中央王朝的触手直接伸到了土司制度地区。
