天启六年（1626年）三月，明廷重新设立辽东巡抚，并以袁崇焕担任，魏忠贤派其党羽刘应坤、纪用一同前来镇守，袁崇焕上疏请求将其调离，但遭到拒绝，明廷又加袁崇焕为兵部右侍郎，子孙世荫锦衣千户。但不久之后，袁崇焕解了宁远之围，逐渐骄横起来，与大将满桂闹不和，于是袁崇焕上疏请求将满桂调往别处，明廷于是召满桂回朝。经略王之臣奏书请求留住满桂，袁崇焕又因此与王之臣闹不和。明廷担心这两个人闹矛盾会影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。同年八月，努尔哈赤病死，皇太极在激烈的竞争之后即位。袁崇焕派遣使者前往吊唁，以刺探虚实，皇太极遣使回报。袁崇焕想要和后金议和，于是自写书一封再次派遣使者前往。
天启七年（1627年）六月，皇太极攻“宁、锦”时毛文龙袭击昌城、辽阳，迫使了后金再次回师，宁远之围遂解。可以说毛对袁有救命之恩，因为毛文龙没有正规军，部队是辽东平民，宁锦大捷是毛文龙以自己的命作为筹码救了袁崇焕的命。还使得明军凭坚固守，以逸待劳，大败后金军于宁远、锦州城下，阻止了皇太极的继续西进。使京师得以转危为安。袁崇焕为毛文龙请功，在《三朝辽事实录》卷十八，天启七年八月，辽东巡抚袁崇焕奏言；《两朝从信录》卷三十一，天启七年八月，辽东巡抚袁崇焕上言：“孰知毛文龙径袭辽阳，旋兵相应，使非毛帅捣虚，锦宁又受敌矣！毛帅虽被创兵折，然数年牵制之功，此为最烈！”
