孙传庭出关时的大明与入狱前的大明完全不一样。
13年起，两京、山东、河南、山西、陕西、浙江大旱，蝗。入冬，又大饥，人吃人，草木皆尽。
14年，各地春疫又起，仅河南武安县10035户便死绝8028户，人丁20325名中逃死18450名，却要承担44795两税银和上万石粮米。以致有土无民，沃地荒芜。
同时张献忠和罗汝才再度起兵，李自成进入河南，局势开始失控。在四川，由于明军高层的错误布署，以致土地岭、竹笛坪和黄后谷诸战失利，汪之凤、张令、刘士杰和猛先捷等战死。
在河南，李自成卷土重来，破洛阳，杀福王，三围开封，兵势极盛。傅宗龙、猛如虎、刘光祚、汪乔年和姜名武等俱战死。而秦兵经历次大战，也所剩无几。
孙传庭复任后，奉旨斩杀贺人龙，整顿残兵，时值李闯三围开封，明廷催其出战，然而明军内部全部是新募兵，战斗力堪忧，但碍于皇命，孙传庭只得顶着压力出关。
第一次出关是为杮园之役，孙传庭以南北对进战术夹击闯军，却先为闯军击溃。两军于是又战于郏县，孙传庭以牛成虎诱敌，设下三道埋伏。闯军中计，被斩首千余，李自成亲自上阵，亦不能胜，连大纛和坐骑都丢了，全军向东溃败。
明军追击至塚头镇，闯军弃下大量金银以图延缓明军追击，孙传庭部队的新募秦兵争相抢夺财物，队伍混乱。
这时罗汝才，李自成开始反击，明军溃败，副将孙枝秀和黑尚仁以下78名将校和数千士卒阵亡，军马丧尽，而闯军亦丧精锐八千余人，为入豫以来第一败。
孙传庭根据王龙之言，认为在河南白地的李闯百万大军五月后必大饥，现在需要坚守潼关，保卫关中。
同时，孙传庭编练马步新兵五六万人，又赶制了两三万辆火车(集作战和后勤为一体的战车)。
但是，孙传庭繁重的军役令关中士大夫集团心生不满，他们造谣孙传庭养寇自重，又倡议于朝，称宜速出关。思宗疑虑，下手敕催战，关中官员又威胁孙传庭说再不出关，就有人来收拾你。
于是。。。孙传庭违心请战，朝中也有明白人，如刘理顺，他希望孙传庭不能就这样孤注一掷，拼掉明军最后的精华。
16年5月，朝廷加封孙传庭为七省督师和兵部尚书。8月初6，孙传庭师出潼关，李自成闻明军东进，于是调动荆襄全部的兵力，会师于河南。
孙传庭计划以牛成虎部为前锋，高杰部为中军，延绥和宁夏兵为后卫，又令四川明军策应，檄令左良玉出击汝宁。
李自成于襄城和樊城间筑20余土城，城上伏下大小火炮和弓箭手，城前挖出一二里沟壑，骑兵作为预备队在城中整装待发。
孙传庭有意放慢了行军速度，他吸取了以前明军战败的教训，步步为营，决定筑洛阳为长久计，明思宗不允，当时明军又粮断，孙传庭便下定决心快速进军进行主力决战，毕其功于一役。
8月21日，明军进逼汝州，守将李养纯投降，告诉孙传庭：李自成军主力在郏县和襄城，官吏驻地在宝丰，家属和粮草俱在唐县。
孙传庭便亲率主力攻宝丰，游击折增修袭唐县。9月初6，明军围宝丰。11日，明军与来支援的闯军激战2天，取得大胜。同时唐县也被拿下，缴获的粮草也增加了孙传庭决战李自成的信心。
13日，明军与闯军1万多精骑会战于郏县，闯军又大败，果毅将军、前营第二号大将谢君友被俘，大战中李自成的大纛再次被砍断，李闯王几乎也被俘虏，但幸运之神实在太眷顾他，令他躲过了一劫又一劫。
李自成又缩回了“襄郏防线”，大明失去了最后一次彻底歼灭农民军的机会。
大雨连下六日，道路泥泞不堪，明军粮车无法跟进，战胜所获又极为有限，孙传庭被迫在郏县停滞5天。
5天可以改变很多，比如。。。闯军突然行动，截断明军粮道。
孙传庭此时的安排极具水准，他令河南友军原地不动，白广恩从大路进军，亲率部队从小路进军，以求打通粮道。
可惜，看似滴水不漏的安排还是漏水。孙传庭和洪承畴一样，忽略了自己手下士兵的素养问题。秦兵开拔后，河南大兵们沸腾了，没天理啊，这帮龟孙要抛弃咱们了！河南部队于是纷纷晔变，总兵陈永福亦不能止。
李自成也沸腾了，他意识到这是个打着灯笼都找不着的好机会，他下令全军突击。
明军溃败，各部一昼夜西逃400余里，损失4万余人，物资尽丧。
孙传庭集结残部列阵潼关城下，闯军用缴获的督师大纛骗开关门，明军不敌，再次溃败，孙传庭见状悲愤难抑，他挥刀跃马冲击敌阵，马革裹尸，年五十一。
他为什么突然打不过李自成？原因很多，李自成不是当年的李自成，农民军不是当年的农民军，秦兵更不是当年的秦兵，思宗皇帝。。。不提了。
或许，他更缺的是粮食和兵员吧。经济基础决定上层建筑。
最后，用吴伟业《雁门尚书行》的一句诗结尾吧：
青史谁人哭藓碑，赤眉铜马知何处。
