明永乐十一年十一月份，蒙古瓦剌部首领马哈木，因为对明王朝特意准许阿鲁台入贡一事表达了强烈的不满情绪。便带领一支大军来到了克鲁伦河，表面上扬言要去袭击阿鲁台，实际上是跑去侵犯明王朝的边疆。
朱棣对此忍无可忍，于永乐十二年三月，决定带着五十万大军，从北京出发，北伐瓦剌，由此开启了第二次北征蒙古之旅。后来，成功于忽兰忽失温一带，击败了三万多瓦剌军，歼灭了数千多人，迫使马哈木带着其余部队狼狈北遁。随后，朱棣见好就收，下令班师回朝。
然而当朱棣回到京城后，负责监国的皇太子朱高炽却犯下了迎驾稍迟的错误。原本就不太喜欢这胖子的朱棣，当即龙颜大怒，但他也不好把气撒在太子朱高炽身上，毕竟迎驾稍迟顶多算是一个小错误而已。
于是乎，朱棣便以辅政无方为理由，把怒气都撒向了这帮东宫大臣身上，像黄淮这样的大臣，都因此而被逮捕入狱，唯有杨士奇一人暂时豁免。
后来，朱棣召问了杨士奇，向其询问起太子这件事情，杨士奇当即顿首表示：“皇太子还是像以前孝敬陛下您的，之所以出现迟迎的过错，完全不关太子的事，而是我们这些做大臣的罪过。”
朱棣听后，心气渐渐顺畅了，然而当时朝中很多大臣对于杨士奇豁免这件事情耿耿于怀，纷纷上奏表示杨士奇应该和黄淮等东宫官员一起关进监狱里，单独宽宥杨士奇一人，这明显是不公平的。为此，朱棣也觉得不妥，便下令将杨士奇逮捕入狱，但不久后便又将其给释放出来，而黄淮他们则一直被关在监狱里长达十年之，朱高炽继位为仁宗皇帝之后，才将其给释放出来。
“明年，帝北征。士奇仍辅太子居守。汉王谮太子益急。帝还，以迎驾缓，尽征东宫官黄淮等下狱。士奇后至，宥之。召问太子事。士奇顿首言：“太子孝敬如初。凡所稽迟，皆臣等罪。”帝意解。行在诸臣交章劾士奇不当独宥，遂下锦衣卫狱，寻释之。”《明史·列传三十六》
话说回杨士奇这边，他被朱棣从监狱里释放出来后，将其提拔为翰林学士，并兼任旧职。但到了永乐十八年的时候，杨士奇再度因为辅导太子朱高炽出现失职，而被逮捕入狱，但同上一次一样，很快就被释放出来！
