明神宗朱翊钩听到綦江失守，十分震惊，怪罪于原四川、贵州巡抚谭希思、江东之，削夺了他们的官职。同时加重总督李化龙的职权，“便宜讨贼”。李化龙刚到四川时，因各路军队未集，对杨应龙作出招抚的姿态，使杨应龙存有“冀曲赦如曩时”的错觉，不再进攻明军，延缓了军事行动，使局势渐趋稳定。
万历二十八年(1600年)春，明朝各路军队陆续抵达川贵两省，李化龙急速部署出剿，分八道进兵。从四川方面进攻分四路，总兵官刘纸由綦江，总兵官马孔英由南川，总兵官吴广由合江，副将曹希彬由永宁。从贵州方面进攻分三路，总兵官童元镇由乌江，参将朱鹤龄由沙溪，总兵官李应祥由兴隆。从湖广方面进攻的一路，分两翼，总兵官陈璘由偏桥，副总兵陈良玭由龙泉。“每路兵三万，官兵三之，土司七之”。杨应龙认为八路明军，以刘蜓所部最精锐，想先挫其锋，于是派他的儿子朝栋率劲兵去迎击，说：“尔破綦江，驰南川，尽焚积余，余无能为也。”结果被刘纸打得大败，“朝栋仅以身免”。
各路明军乘势猛攻，四川方面的明军从北面攻下了形势险要的娄山关。贵州、湖广出发的明军，很快攻下了乌江一线，逐渐缩小了包围圈。到五月十八日，八路明军会集于遵义北的海龙囤下，分批猛攻。海龙囤是杨应龙的老巢，地势险峻，直到六月五日才被攻下。杨应龙自缢死。其子朝栋、弟兆龙等被俘，后解至京师处死。这次明军自出师到平定杨应龙，前后历时一百十四天。在战争中，许多被杨应龙裹胁的当地人民也被明军所残杀。据记载，八路明军“共斩级二万余”。
明朝政府平定杨应龙的叛乱以后，就在播州地区“改土归流”,直接派遣“流官”管理。
播州原属四川省管辖，但明廷认为“黔瘠壤也，若乘此时，而割播地以附黔，则于蜀无损，于黔有裨”。“但尽属之黔，则地方千里，诸凡缔造，劳费尚多，亦黔所不能堪。”于是将播州地区设置二府二州八县，“分属黔蜀”。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县。平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。
这次明军自出师到平定杨应龙，前后历时一百十四天。在战争中，许多被杨应龙裹胁的当地人民也被明军所残杀。
据记载，八路明军“共斩级二万余”。明朝政府平定杨应龙的叛乱以后，就在播州地区“改土归流”,直接派遣“流官”管理。播州原属四川省管辖，但明廷认为“黔瘠壤也，若乘此时，而割播地以附黔，则于蜀无损，于黔有裨”。“但尽属之黔，则地方千里，诸凡缔造，劳费尚多，亦黔所不能堪。”于是将播州地区设置二府二州八县，“分属黔蜀”。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县。平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。
这次明军自出师到平定杨应龙，前后历时一百十四天。在战争中，许多被杨应龙裹胁的当地人民也被明军所残杀。据记载，八路明军“共斩级二万余”。明朝政府平定杨应龙的叛乱以后，就在播州地区“改土归流”,直接派遣“流官”管理。播州原属四川省管辖，但明廷认为“黔瘠壤也，若乘此时，而割播地以附黔，则于蜀无损，于黔有裨”。“但尽属之黔，则地方千里，诸凡缔造，劳费尚多，亦黔所不能堪。”于是将播州地区设置二府二州八县，“分属黔蜀”。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县。平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。
从此，结束了杨氏在播州长达二十九世七百余年的世袭统治，促进了播州与内地的联系，这对播州地区经济文化的发展起了推进作用。清世宗雍正五年(1727年),清朝政府又把四川的遵义府及其所属的州县，改由贵州省管辖。
