“有巢氏”是传说中的华夏始祖之一，相传他观察鸟类的生活习性，感悟到在高处筑巢而居的办法，带领原始状态的人类走出了穴居时代。这个称谓最早见于先秦诸子的著述中，像战国的庄子、韩非子等人都曾以他的故事来阐述自己的学术主张。不过这个人物却没有在司马迁著录的《史记.五帝本纪》中出现，直到唐朝司马贞补写《三皇本纪》之后才把这些古老的传说人物串连成一个上古圣王体系。和燧人氏、神农氏等一样，有巢氏应该也是古人对还处在人类蒙昧时期的造物先哲的一种追忆，是根据口头模糊流传的记忆编造出来的，不一定是真实的人物或者部族。
不过在西周和春秋早中期，在今日安徽的巢湖附近，的确有一个叫“巢国”的邦国存在，而且一度颇为兴盛，“巢湖”和“巢县”之类地名的得名都与它有关。关于这个国家的情况散见于各先秦典籍和极少数青铜器铭文，但记载都比较模糊，至少在当时还没有人将它和所谓“有巢氏”联系起来。这个国家在纳入姬周的分封体系、承认周天子的天下共主地位时，已经存在了非常久远的时间，而且在武王伐纣之前就和周人有相对密切的联系，结合考古发掘的情况看，巢湖附近早在夏商两代甚至更早的新石器时代，就出现了比较兴盛的人类聚落，他们可能在商代后期发展到了城邦时代，也是商王承认的南方方国之一。
不过西周时这个巢国究竟是当地新石器时代的文明中心发展而来，还是从更遥远的南方其他区域来到这里建邦立国的，现在还没有找到更多考古证据。近年来，有少数当代学者曾将它和浙江良渚遗址联系起来，认为巢国是良渚遗民迁徙到这里后建立的，而良渚地区可能在史前遭遇了大规模的水灾，不得不放弃耗费无数人力物力营建的堤坝和城邑，不得不逃到环境气候都和故土相似的巢湖一带。不过这样的设想终归是一种假说，有关西周巢国的文物出土得非常少，要证明它的居民和更古老的良渚存在联系恐怕非常困难。
同样的道理，巢国和传说中有巢氏的关联应该是汉代以后才逐渐出现的，很大程度上是望文生义，而且前文已经提到有巢氏不一定是实际存在的部族和人物，而是对人类蒙昧时代造物者们的模糊想象，没有任何证据表明它真实存在。事实上夏商周三代时期的华夏大地上，这样的古老城邦或城邦联盟广泛分布在南北各地，它们大多都是在被纳入周人的分封体系后，才慢慢遵循姬周仪礼，并且成为日后统一的华夏民族的一部分的。巢国从地方邦国到诸夏一员的过程是西周开始启动的，因为它正处于西周王朝向南方拓展的关键通道上，西周时期天子对荆楚等南方蛮夷之国的征讨加速了这一过程。
而楚国在西周后期完成楚族内部的初步整合后，也在积极向周边扩张，巢国在楚国和周王室的激烈冲突中艰难求存，先是被周天子强分为巢、庐两国，后来又饱受楚人压制，到了周王室权威扫地的春秋时代，渐渐沦为了楚国的附庸国。春秋后期吴国崛起后，也和楚国争夺过这一地区，并且最终将巢国吞并，巢国弱小的国力注定了它只能是列强争霸的牺牲品，在大国的夹缝中难以自立，空留下带有“巢”字的众多地名，并因此衍生出很多学术上的争议。
